KIMOR [PDF]

Citation preview

Jalur yang ditempuh oleh ion dalam sektor dihasilkan oleh adanya kesetimbangan dua gaya yang berlaku terhadap ion tersebut yaitu Gaya Magnetik dan Gaya Sentripental



13.



MALDI-TOF MS 13.1 Matrix assisted laser desorption ionization-time of flight (MALDI-TOF) ini diterapkan untuk: ● Mendeteksi senyawa yang khusus seperti fosfatidilkolin, yaitu molekul berukuran kecil yang hasil mencerna serta perkembangan dari reaksi enzimatiknya ● Untuk identifikasi protein tertentu. ● Menentukan identitas protein melalui Peptide Mass Fingerprinting (PMF). Teknik ini telah digunakan untuk mengidentifikasi sejumlah besar 2-D gel spot bakteri penyebab penyakit Pseudomonas aeruginosa. ● Banyak diterapkan untuk penemuan petanda biologis penyakit.



13.2 Kelebihan dan Kekurangan MALDI -TOF MS ● Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) memiliki kelebihan penerapan dan perolehan sampel yang



sederhana, daya pengerjaan yang berlebihan (lebih dari 1536 sampel setiap plate dapat dianalisis ulang, waktu yang singkat, toleran terhadap cemaran seperti: garam, deterjen dan bufer serta dapat menjangkau modifikasi pasca translasional. ● Kekurangan dari alat ini adalah banyak variabel persiapan sampel untuk analit yang berbeda-beda, ada tekanan isyarat, terdapat perbedaan puncak di sampel yang sama, bias terhadap protein yang terdapat dalam jumlah besar.



14.



MENENTUKAN STRUKTUR



PROTEIN



DENGAN



X-RAY



KRISTALOGRAFI ● Protein kristal, tidak seperti “table salt”, protein tidak terkristalisasi dengan mudah karena permukaannya yang tidak rata sehingga banyak percobaan yang dilakukan untuk membuat kristal ● Faktor-faktor yang mempengaruhi : 1. pH 2. Temperatur 3. Pelarut ● Perantara pengasaman seperti amonium sulfat dapat mengurangi kelarutan protein untuk membantu proses kristalisasi, tetapi diperlukan beberapa hari untuk membuat kristal yang cukup besar untuk dipakai ● Langkah-langkah : 1. Kristal protein dipasang dalam orientasi spesifik dan terkena sinar-x 2. Atom-atom dalam kristal menyebarkan sinar-x yang direkam pada film 3. Setiap atom dalam sampel sinar x terhamburkan, dan kekuatan hamburan sebanding dengan jumlah elektron dalam atom, sehingga setiap atom akhirnya bisa diidentifikasi 4. Apabila Anda tidak dapat memfokuskan sinar-x dengan lensa mata, gunakan metode yang berbeda yaitu menggunakan rumus matematika yang disebut transformasi Fourier yang dapat menafsirkan foto sinar-X untuk menghasilkan peta garis kerapatan elektron 5. Peta ini mewakili kerapatan elektron untuk bidang tertentu melalui kristal. Bagian puncak dan lembah sesuai dengan posisi atom



Heme dalam hemoglobin yang semua atomnya terletak pada bidang yang sama. Tonjolan di tengah merupakan atom besi. Karena protein merupakan struktur tiga dimensi, banyak peta yang masing-masing mewakili irisan molekul harus dirakit oleh komputer untuk membuat struktur tiga dimensi yang lengkap



15.



PROTEIN CRYSTALS ● Pengendapan dalam pemurnian protein -



Ammonium sulfat



-



Etanol (dingin)



-



Propanol dan isopropanol



-



Polyetilen glikol (PEG)



● Prinsip : peningkatan air sehingga mengurangi kelarutan protein ● Tahap – tahap kristalisasi: 1. Penentuan kemurnian protein 2. Kelarutan protein dalam pelarut yang cocok (biasanya larutan bufer) 3. Membawa larutan protein ke superjenuh (pembentukan inti kristal) 4. Setelah pembentukan inti, pertumbuhan kristal (pada derajat superjenuh rendah)



16.



PROTEIN CRYSTALLOGRAPHY



Langkah 1: Kristalisasi Identifikasi kristalisasi dan optimisasi multi-dimensi dari kondisi kristal: ● Pemutaran hingga 2000 kondisi pada suhu yang berbeda ● Pencitraan otomatis untuk evaluasi kristal ● Korelasi gambar & pengaturan eksperimental (database) ● Reproduksi dan optimalisasi multi-dimensi dari kondisi kristal



Langkah 2: Aplikasi Alat Pengoptimalan Kristal (teknologi platform FMS) Pelanggan memiliki akses melalui Proteros ke platform teknologi FMS miliknya untuk optimalisasi kristal protein dan peningkatan hunian Ligand: ● Sistem Pemasangan Bebas (FMSTM) ● FMS-Laser ● FMS-Pico-Dropper FMS adalah teknologi mapan untuk meningkatkan daya difraksi sinar-X dari kristal protein dengan mengendalikan kelembaban. Daya difraksi dimonitor secara online selama proses optimisasi (sumber x-ray anoda berputar) dan kristal dikonservasi untuk pengumpulan data synchrotron dengan pembekuan cryo setelah optimisasi. Selanjutnya dengan menerapkan kristal protein FMS-laser dapat mengalami dehidrasi.



Langkah 3: Analisis Struktur Protein Untuk setiap jenis proyek kami mempercepat pemrosesan data dan solusi struktur dengan program otomatis. Langkah-langkah penting - seperti pemasangan Ligand dan finalisasi struktur - dilakukan secara manual oleh ahli kristalografi berpengalaman kami. Para ahli kami berusaha keras untuk mendapatkan data dan interpretasi terbaik; mereka memverifikasi setiap struktur dengan cermat sebelum pengiriman.



TOPIK 7



1. ANALISIS KUANTITATIF KARBOHIDRAT Karbohidrat adalah molekul yang terdiri dari atom atom karbon, hidrogen, dan oksigen. Karbohidrat sendiri memiliki rumusan Cm(H2O)n. Karbohidrat juga nutrisi yang penting didalam makanan. Karbohidrat dapat dihasilkan dari proses fotosintesis. Kandungan karbohidrat dapat diuji dengan cara : 1. Uji Kelarutan 2. Uji Molisch 3. Uji Fehling 4. Uji Benedict 5. Uji Tollen 6. Uji Iodine