Laporan Praktikum Kimia Organik [PDF]

Citation preview

LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA ORGANIK PENGGUNAAN SOFTWARE KIMIA DALAM PENGGAMBARAN STRUKTUR MOLEKUL Tujuan Percobaan



:Mempelajari dan mengaplikasikan pengetahuan dan keterampilan



menggambar struktur molekul senyawa kimia menggunakan software ChemSketch.



Pendahuluan Globalisasi merupakan suatu perkembangan zaman dimana segala sesuatu sangat cepat mengalami perubahan. Perubahan itu diantaranya seperti kemajuan teknologi. Kemajuan teknologi tersebut terjadi diberbagai bidang, yaitu elektronik, kedokteran, pertanian, sains, dan lain-lain. Kemajuan ini juga berpengaruh dalam bidang Kimia baik peralatan di laboratorium yang mendukung, maupun software Kimia. Software kimia diciptakan untuk mempermudah dalam mempelajari Ilmu Kimia. ChemSketch adalah salah satu contoh software kimia yang sangat bermanfaat bagi siswa atau mahasiswa yang menekuni ilmu kimia karena pada dasarnya pembelajaran secara langsung lebih mudah dimengerti dan mudah dipahami. ChemSketch dapat membuat rumus-rumus kimia yang kompleks dengan mudah digambarkan menggunakan template yang disediakan. ChemSketch bukan hanya untuk menuliskan rumus-rumus kimia yang kemudian diekspor sebagai file grafik, namun juga senyawa yang dihasilkan dapat diperiksa kebenarannya dengan menghitung sifat-sifat fisiknya (Ziyyana, 2016). Model



molekul



pada



mulanya



diajarkan



dengan



menggunakan



model tiga dimensional yaitu dengan menggunakan alat peraga yang berbentuk bola-bola dari bahan plastik atau kayu. Perkembangan teknologi komputer pada saat ini baik dari segi perangkat keras maupun perangkat lunak memungkinkan untuk pemodelan molekul dengan menggunakan komputer. Perangkat lunak yang tersedia di pasaran saat ini dapat digunakan untuk keperluan visualisasi model molekul (State University of New York, 2009). Aplikasi ACD ChemSketch (ACD = Advanced Chemistry Development) adalah aplikasi penampil struktur molekul termasuk molekul organik, polimer, dan struktur Markush yang bersifat freeware (dapat diunduh secara gratis). ACD juga dilengkapi fitur seperti perhitungan sifat molekul (misalnya, berat molekul, kepadatan, reaktivitas, dll). Software ChemSketch dapat menggambarkan struktur kimia dalam bentuk 2D dan 3D. Struktur kimia 3D yang telah digambar melalui software ChemSketch dapat dilihat dari sudut manapun. Software ini dapat digunakan untuk membuat struktur dan diagram yang baik. Software ini sangat mudah digunakan hanya dengan mengklik dan mendrag tool-tool



yang tersedia untuk menggambar struktur yang diinginkan. Program ini juga menyediakan struktur asam amino, alkaloid, karbohidrat, asam nukleat, peralatan laboratorium yang berupa gelas, orbital, steroid, terpen dan lain-lain yang tersimpan dalam menu templates. Software ini juga menyediakan penggambaran kurva dan grafik (ACD/Labs, 2016). Cara mendownload hingga menjalankan aplikasi ChemSketch, sebagai berikut: 1.



Masuk ke Situs ACD



Download ChemSkech dari situs Advanced Chemical Development (http://www.acdlabs.com/download/chemsk.html) 2.



Daftar Dulu



Pendaftaran dilakukan terlebih dahulu dengan memasukkan informasi pribadi sebelum mendownload aplikasi ChemSketch. Setalah itu kembali ke halaman login dan download chemsk50.exe. 3.



Instalasi ChemSketch



Instalasi ChemSketch cukup dengan double click pada ikon chemsk50 dan proses instalasi akan berjalan secara otomatis. Langkah-langkahnya diikuti sampai selesai. 4.



Menjalankan ChemSketch



ChemSketch dijalankan dengan memilih Start > Programs > ADCLabs Freeware 5.0 dan pilih ChemSketch akan tampil format file yang di-support. Klik keduanya dan pilih OK. (NeoTek, 2002) Cara menggambar bentuk molekul bentuk 3D (misalkan molekul CH4) dapat dilakukan rotasi untuk memberikan gambaran yang utuh dapat dilakukan dengan cara berikut 1.



Buka aplikasi Chemsketch yang telah terinstal



2.



Klik Atom C pada Mode Struktur yang ada di tool kiri dan klik sekali pada area kerja hingga menghasilkan rumus molekul CH4. Add explicite hydrogen dari menu Tools untuk membuat bentangan rumus struktur, seleksi rumus struktur, klik menu Tools dan pilih Strucutre Properties maka akan muncul menu pop up dan pada tab Common beri centang All Show Carbons



3.



Optimisasi struktur 3D dengan cara klik menu Tools kemudian klik 3D strktur optimisasi, jika ada pilihan (klik yes untuk menghilangkan atom H saat optimisasi 3Dnya), setelah itu buka 3D Viewer Acd Lab dari Start menu



4.



Kembali ke Chemsketch 2D untuk mengkopi 2D ke 3D



5.



Merotasi untuk dapat menunjukkan berbagai properties bentuk molekul seperti bentuk



molekul sepanjang ikatan dan sudut yang dibentuk oleh 3 buah atom dengan ChemSketch (Martoprawiro, 2008). ChemSketch memiliki dua mode operasi yaitu Structure dan Draw. Mode operasi Structure hanya dapat digunakan untuk menggambar rumus struktur 2D dan 3D suatu molekul. Mode operasi Draw untuk menambahkan beberapa teks pendek (biasanya untuk memberi nama suatu molekul), simbol, tabel, dan lain sebagainya. Struktur molekul yang telah berhasil dibuat dapat disimpan dalam berbagai format. Caranya klik tombol menu File di pojok kiri atas, kemudian beri nama dan klik Save. Untuk dapat menyimpan dalam format lain klik Save As Type setelah memberi nama. Contoh format penyimpanannya seperti *.mol dan *.s3d (State University of New York, 2009).



Alat dan Bahan Laptop dan aplikasi ACD ChemSketch.



Prosedur Kerja Langkah-langkah dalam menggunakan aplikasi ChemSketch adalah membuka aplikasi Chemsketch yang telah diinstal sebelumnya. File ChemSketch dipilih dan diklik. Struktur molekul mulai dibuat/digambarkan sesuai dengan petunjuk asisten praktikum.



Waktu yang dibutuhkan No.



Kegiatan



Pukul



Waktu



1.



Pengenalan aplikasi ChemSketch



07.00 – 07.45



45 menit



2.



Membuat



menggunanakan 07.45 – 09.00



75 menit



Menyalin struktur yang telah dibuat ke 09.00 – 09.15



15 menit



struktur



ChemSketch 3.



Ms.Word



Hasil No



Nama



1



Propana



Struktur Kekule



H3C



CH3



Struktur-3D (Ball and Stick)



2



3



Butanol



Propanon



H3C



OH



CH3



H3C O



O H3C



4



Asam Asetat OH



5



Butanal



6



Metil Metanoat



H3C



O



O H3C



H3C



7



CH3



2-butanamina H2N



Cl



8



2-klorofenol OH



NO 2



9



Nitrobenzene



10



Naftalena



Pembahasan Hasil Praktikum mengenai penggunaan software kimia dalam penggambaran struktur molekul dilakukan dengan menggunakan aplikasi ChemSketch dengan tujuan mempelajari dan mengaplikasikan pengetahuan dan ketrampilan menggambar struktur molekul senyawa kimia menggunakan software ChemSketch. Aplikasi ChemSketch



memudahkan dalam



penggambaran struktur molekul sederhana sampai dengan penggambaran yang rumit. Aplikasi ini dapat menggambarkan struktur molekul kimia dalam bentuk 2D atau 3D. Software yang dikeluarkan oleh ACD/Labs.com dan dapat diunduh secara gratis ini sangat mudah digunakan hanya dengan mengklik dan mendrag tool-tool yang tersedia untuk menggambar struktur yang diinginkan. Penggambaran struktur molekul dimulai dari kursor yang bertuliskan C-C, lalu mulai menggambar sesuai dengan keinginan, jika ingin mengetahui nama struktur tersebut, struktur yang sudah digambar di blok terlebih dahulu dengan mengklik ikon select move lalu tekan shift+ctrl+I. Selain itu, gambar yang sudah kita beri nama bisa dilihat 3dimensi dengan



cara mengklik 3D viewer. Aplikasi ChemSketch bisa digunakan untuk



menggambarkan sebuah reaksi, struktur lewis, dan polimer. Penggambaran struktur molekul yang pertama yaitu menggambar struktur propana dengan menggambar struktur sederhana dengan rantai hidrokarbon yang dibuat dengan jumlah atom C sebanyak 3 atom, setelah praktikan mengetahui struktur lengkapnya, praktikan dapat menampilan struktur tersebut dengan 3D viewernya, seperti contoh di bawah ini : H3C



CH3



Petunjuk penggambaran struktur tersebut dapat juga digunakan untuk menggambar senyawa butanol, propanon, asam asetat, butanal, metil metanoat, 2-butanamina. Penggambaran struktur molekul klorofenol, nitrobenzena, dan naftalena sedikit berbeda dengan penggambaran struktur sebelumnya, struktur ini melibatkan langsung senyawa benzena pada aplikasi ChemSketch. Petunjuk dalam penggambaran ini sama halnya seperti petunjuk sebelumnya, yaitu dengan klik tool ikon



dan



disesuaikan



dengan rumus struktur molekul nya. Senyawa benzena juga dapat diaplikasikan pada 3D viewer dengan klik ikon 3D viewer, seperti contoh dibawah ini yaitu penggambaran struktur molekul Naftalena,



Kesimpulan Aplikasi ChemSkatch sangat berguna untuk penggambaran struktur molekul yang sederhana samapai struktur molekul yang rumit. Senyawa propana, butanol, propanon, asam asetat, butanal, metil metanoat, 2-butanamina dapat menggunakan rantai hidrokarbon sesuai yang diinginkan, sedangkan penggambaran struktur molekul seperti 2-klorofenol, Nitrobenzea, dan Naftalena melibatkan langsung tool ikon



dan



semua



senyawa



tersebut dapat diaplikasikan menggunakan 3D viewer.



Referensi ACD/Labs.2016.ACD/ChemSketch for Academic and Personal Use. [serial online]. http://www.acdlabs.com/sources/freeware/ChemSketch/. 5 Oktober 2016. NeoTek.2002.



Rumus



Molekul



dengan



ChemSketch.[serial



online].



www.edu.2000.org/ChemSketch/02044647.pdf. 5 Oktober 2016 State University of New York at Oswego Chemistry



Department.2009.ChemSketch



Tutorial. [serial online]. http://www.oswego.edu./2levefre/ChemSketchpdf.2. 5 Oktober 2016. Tim Penyusun.2016.Petunjuk Praktikum Kimia Organik. Jember:Universitas Jember. Ziyyana.2013.ChemSketch.[serialonline]. http://www.erfolgkimia.com/2013/10/ChemSketch.html. 5 Oktober 2016.



Saran Saran untuk praktikum kali ini diantaranya, yaitu file struktur molekul yang telah digambar menggunakan aplikasi ChemSketch sebaiknya disimpan terlebih dahulu agar apabila terjadi masalah pada aplikasi tersebut secara tiba-tiba, hasil sturktur molekul yang telah dibuat tidak hilang. Praktikan seharusnya lebih teliti dalam memperhatikan asisten praktikum yang sedang menjelaskan tentang penggunaan aplikasi ChemSketch agar dapat terus mengikuti dan memahami materi yang dijelaskan. Praktikan sebaiknya mencatat halhal penting saat praktikum dilakukan agar materi bisa diperoleh secara keseluruhan dan tidak ada yang tertinggal.



Nama Praktikan Bella Junica Zhentya 151810301026