Skrining Primer [PDF]

Citation preview

Laporan Praktikum Mikrobiologi Skrining Primer untuk memperoleh Mikrobia Penghasil Antibiotik



Pembahasan Melakukan skrining primer diawali dengan mencari sumber mikrobia , yaitu tanah. Tanah banyak mengandung mikroorganisme karena banyak mengandung zat yang dapat menjadi makanan bagi mikroorganisme. Jenis dan jumlah mikroorganisme dalam tanah berbeda-beda tergantung kondisi dan kandungan tanah. Semakin banyak kandungannya, maka mikroorganisme yang tumbuh di tanah tersebut jugaakan semakin banyak. Oleh karena itu, untuk praktikum dianjurkan menggunakan tanah yng berada di sekitar tempat pembuangan sampah, dekat selokan, dekat kandang ternak, atau di kebun bagian dekat pembuangan sampah. Tanah yang digunakan kelompok kami berasal dari dekat pembuangan sampah dalam kebun yang diambil sesegera mungkin sebelum praktikum, yaitu pukul 7.00 pada hari praktikum agar tanah masih dlaam keadaan segar sehingga mikroorganisme yang ada akan tetap hidup. Tanah dipilih yang tidak basah maupun lembab, namun yang kering agar tidak ada mikroorganisme lain , misalnya karena terbawa oleh air dari tempat lain, dan ikut hidup di tanah tersebut. Hal itu dapat membiaskan hasil pengamatan karena organisme tersebut tidak asli dari tanah tersebut. Anah yang kami peroleh adalah tanah berpasir dan berkerikil. Warnanya coklat dan terasa gembur. Tanah ditimbang sebanyak 1,00 gram lalu disuspensikan dengan 10 ml NaCl 0,9% steril. Penyuspensian ini bertujuan memindahkan mikroorganiskme dari tanah ke media cair, sehingga dapat ditumbuhkan dalam media agar yang sesuai. Cairan yang digunakan adalah NaCl 0,9% karena cairan tersebut yang sesuai dengan cairan fisiologis manusia. Cairan ini harus steril agar tidak terjadi kontaminasi oleh mikroorganismelain yang berasal dari NaCl yang tidak steril ikut tumbuh, sehingga membiaskan hasil pengamatan. Suspensi tanah dengan konsentrasi 1,00 gram / 10 mL tersebut diencerkan dengan NaCl 0,9% steril sampai konsentrasinya 0,01 gram / 10 mLdengan cara menambahkn 1mL suspensi ke dalam 9 mL NaCl 0,9% steril, lalu 1 mL pengenceran tersebut ditambahkan ke 9 mL NaCl 0,9% steril. Pengenceran ini dilakukan untuk mengurangi jumlah mikroorganisme yang tumbuh agar lebih mudah diamati. Suspensi yang diambil adalah bagian yang jernih setelah pengocokantanpa ada butiran tanah. Engocokan bertujuan agar mikroorganisme dai tanah berpinda dan menyebar ke cairan. Karena berat jenis tanah lebih besar daripada ikroorganisme, otomatis tanah akan mengendap lebh dahulu sedangkan mikroorganisme masih melayang dalam cairan NaCl 0,9% yang nampak oleh mata sebagai bagian yang jernih. Butiran tanah yang ikut terambil dapat menyumbat pipet dan mengganggu pengamatan. 0,5 mL suspensi degan konsentrasi 0,01 gram / 10 mL dipindah ke media pertumbuhan agar steril czapex dox yang mengandung antibiotic lalu diratakan dengan cara menggoyang-goyangkan petri. Pemindahan bertujuan menumbuhkan mikroorganisme pada



media yang banyak mengandung nutrisi czapex dox dan menggunakan media padat agar dapat diamati dengan mudah. Antibiotic yang terkandung dalam media bertujuan menyeleksi mikroorganisme agar hanya mikroorganisme yang kuat dan tahan terhadap antibiotic saja yang tumbuh. Suspensi diratakan agar pertumbuhan mikroorganisme menyebar, tidka tumpang tindih sehingga mudah diamati. Media kemudian diinkubasi pada suhu kamar selama 7 hari untuk memberi kesempatan tumbuh pada suhu seperti suhu asalnya. Tahapan ini dilakukan di ruangan laborat biasa, tidak di LAF karena tanah tidak steril namun tetap perlu pengerjaan secara cepat dan bersih untuk mencegah masuknya kontaminan dari udara. Setelah diinkubasi, seluruh koloni yang tumbuh dicatat warna, jenis, bentuk, dan cirri lainnya. Hal ini dapat berguna untuk mengetahui mikroorganisme asli tanah yang dipakai sehingga bila terdapat kontainasi di tahap selanjutnya dapat ketahuan. Pada tahap ini dipilih salah satu koloni yang diduga memiliki potensi menghasilkan antibiotic untuk ditumbuhkan atau disebut juga proses isolasi atau pemurnian sehingga koloni yang diduga tadi tumbuh terpisah dari koloni lainnya. Mikroorganisme yng berpotensi biasanya koloni yang dominan berwarna cerah, besar, dan tumbuh banyak. Untuk menghindari resiko tercampur dengan koloni lain, dipilih koloni yang tidak berdekatan dengan koloni lain sehingga koloni terduga dapat tumbuh benar-benar murni. Dari sejumlah koloni yang hidup dari tahap 1 , dipilih koloni putih dan koloni kuning untuk diisolas karena koloni putih banyak tumbuh di petri 1 dan koloni kuning, selain warnanya cerah juga cukup banyak tumbuh di petri 2. Koloni yang diambil boleh berasal dari petri yang sama atau yang berbeda. Koloni terpilih kemudian dipindah secara aseptis di dalam LAF ke media padat steril czapex dox dengan bantuan ose bulat. Tahap ini dilakukan secara aseptis karena pemindahan mikrobia dari media steril ke media steril, sehingga perlu dicegah masuknya kontaminan. Media tidak mengandung antibiotic karena tahap ini bertujuan untuk menumbuhkan saja mikrobia terpilih secara terpisah dari koloni lain. Media yang digunakan adaah czapex dox lagi agar fase lag mikroorganisme singkat. Fase lag adalah masa adaptasi mikroorganisme terhadap lingkungan yang baru, sehingga tidak melakukan pertumbuhan dan jumlahnya tetap, sehingga termasuk fase yang merugikan. Sebab, semakin lama fase lag, semakin lama pula waktu yang dibutuhkan mikrobia untuk tumbuh, maka semakin sedikit mikroorganisme yang berhasil ditumbuhkan. Semakin mirip media asal dengan media baru, fas lag akan semakin singkat. Media kemudian diinkubasi pada suhu kamar selama 7 harigar mikroorganisme tetap tumbuh dalam suhu seperti suhu lingkungan asalnya. Hasil inkubasi kebali dicatat untuk mengetahui apakah koloni yang tumbuh benar-benar murni, atau ada koloni lain, atau malah hanya ada koloni lain. Koloni yang diisolasi di petri 1 adalah koloni putih, setelah inkubasi , koloni putih banyak tumbuh, namun di sekelilingnya terdapat koloni hijau dan hitam. Koloni putih tersebut tetap dapat digunakan untuk tahap selanjutnya, yaitu tahap pengujian. Pad petri kedua, koloni yang diisolasi adalah koloni kuning, ternyata hnya sedikit tumbuh, sehingga untuk tahap berkutnya, dipilih koloni lain yang memang ada dari tahpa sebelumnya, sehingga



tetap merupakan koloni asli dari tanah yang digunakan, yaitu koloni hijau yang cukup banyak tumbuh. Bukan mikroorganisme yang baru ada di tahap itu, karna bisa jadi merupakan kontaminan yang masuk pada proses isolasi. Koloni yang dipiliha tadi dibuat irisan (plug) lalu dipindah ke media nutrient agar yang mengandung bakteri secara aseptis di LAF untuk menguji kemampuannya menghasilkan antibiotic. Sebba dalam nutrient agar tersebut nutrisinya berbeda dan lebih sedikit dibandingkan czapex dox, maka dalam keadaan stress tersebt mikroorganisme cenderung akan mengahasilkan metabolit sekunder untuk membunuh mikroorganisme lain di sekitarnya untuk mengecilkan kompetisi memperoleh nutrisi dan efisiensi makanan. Metabolit itu yang disebut antibiotic. Potensi antibiotic berbeda terhadap bakteri yang berbeda, maka untuk membandingkan, dalam praktikum ini digunakan 3 macam bakteriyaitu Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, dan Escherichia coli. Media diinkubasi pada suhu 37oC selama 18-24 jam agar bakteri mencapai fase pertumbuhannya, sehinga pengujian potensi antibiotic akurat karena bakteri tidak di fase lag, stationery, atau death sehingga jumlahnya tetap. suhu tersebut dgunakan untuk mengondisikan suhu lingkungan pertumbuhan bakteri seperti suhu dalam tubuh manusia yang normalnya 37 derjat selsius. Setelah diinkubasi mikrobia yang berpotensi akan menghasilkan daerah jernih karena dpat menghambat pertumbuhan sekaligus membunuh bakteri yang disebut zona radikal, atau daerah agak jernih karena antibiotic yang dihasilkan hanya dapat mnghambat pertumbuhan bakteri namun tidak membunuhnya yang disebut zona iradikal. Pada pengamatan, koloni putih tidak dapat menghasilkan zona radikal maupun iradikal, sendangkan koloni hijau dapat menghasilkan zona radikal terhadap Staphylococcus aureus,dan Bacillus subtilis, walaupun sangat kecil. Namun tidak dapat menghasilkan zona hambat terhadap Escherichia coli.