Laporan Bioteknologi Tanaman [PDF]

Citation preview

LAPORAN PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI TANAMAN PENGENALAN ALAT DAN BAHAN PADA ISOLASI DNA Diajukan untuk Memenuhi Salah Satu Syarat Mata Kuliah Bioteknologi Tanaman



Disusun oleh : Halimah 4442141969 VI C 3



JURUSAN AGROEKOTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS SULTAN AGENG TIRTAYASA 2016



KATA PENGANTAR Dengan menyebut nama Allah yang Maha Pengasih lagi Maha Penyayang, saya ucapkan puji syukur atas nikmat-Nya yang telah melimpahkan rahmat, taufik, dan hidayah-Nya sehingga dapat terselesaikannya penyusunan laporan mengenai “PENGENALAN ALAT DAN BAHAN PADA ISOLASI DNA” ini. Saya juga mengucapkan terima kasih kepada semua pihak yang telah membantu dalam pembuatan laporan ini. Saya menyadari sepenuhnya bahwa ada kekurangan dalam pembuatan laporan ini baik dari segi penyusunan bahasanya maupun yang lainnya. Oleh karena itu, saya membutuhkan kritik dan saran dari pembaca sehingga saya dapat memperbaiki laporan ini dengan baik dan benar. Semoga laporan ini dapat bermanfaat dan memberikan wawasan yang lebih luas kepada pembaca.



Serang, Maret 2017



Penyusun



1



DAFTAR ISI KATA PENGANTAR..............................................................................................i DAFTAR ISI...........................................................................................................ii DAFTAR TABEL..................................................................................................iii BAB I PENDAHULUAN 1.1. Latar Belakang......................................................................................1 1.2. Tujuan...................................................................................................1 BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Pengertian Bioteknologi.......................................................................2 2.2. Peran Bioteknologi...............................................................................2 2.3. Laboratorium Bioteknologi..................................................................3 2.4. Prinsip Kerja Praktikum.......................................................................4 BAB III METODOLOGI PRAKTIKUM 3.1. Waktu dan Tempat.................................................................................5 3.2. Alat dan Bahan......................................................................................5 3.3. Cara Kerja.............................................................................................5 BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1. Hasil......................................................................................................6 4.2. Pembahasan.........................................................................................10 BAB V PENUTUP 5.1. Simpulan.............................................................................................16 5.2. Saran...................................................................................................16 DAFTAR PUSTAKA...........................................................................................17 LAMPIRAN.........................................................................................................19



2



DAFTAR TABEL Tabel 1. Alat Pada Isolasi DNA...............................................................................6 Tabel 2. Bahan Pada Isolasi DNA............................................................................8



3



BAB I PENDAHULUAN 1.1.



Latar Belakang Seiring dengan kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi, maka setiap



bidang yang menyangkut ilmu pengetahuan dan teknologi pun akan mengalami perkembangan



dan



kemajuan.



Salah



satunya



adalah



bidang



pertanian.



Bioteknologi pertanian merupakan penerapan dari ilmu pengetahuan yang merupakan salah satu teknologi dalam bidang pertanian. Bioteknologi pertanian memiliki laboratorium tempat dimana kegiatan pembiakan dan perakitan tanaman dilakukan. Dalam laboratorium, terdapat berbagai macam alat yang memiliki kegunaan alat dan prinsip kerja yang berbeda. Pengenalan alat merupakan langkah pertama sebelum kita melakukan percobaan atau penelitian. Dengan mengenal alat, kita dapat mengetahui fungsi masing-masing bagian dari alat tersebut serta cara pengoperasian atau penggunaan alat-alat yang akan digunakan dalam percobaan atau penelitian yang dilakukan. Selain pemahaman akan alat, kita juga dituntut untuk terampil dalam alat-alat yang kita gunakan. Hal tersebut harus dibarengi dengan ketelitian dalam melakukan suatu percobaan ataupun penelitian sehingga didapatkan hasil yang maksimal. Berrdasarkan uraian di atas maka haruslah dilakukan praktikum pengenalan alat ini sehingga praktikan dapat mengetahui alat-alat yang akan digunakan dalam laboratorium bioteknologi dan cara-cara penggunaan alat tersebut. 1.2.



Tujuan Praktikum ini bertujuan untuk mengenali dan mengetahui alat-alat yang di



pakai dalam praktikum bioteknologi serta fungsi dan cara penggunaannya kepada mahasiswa sehingga tidak salah dalam menggunakan alat pada praktikum selanjutnya.



1



BAB II TINJAUAN PUSTAKA 2.1. Pengertian Bioteknologi Bioteknologi adalah cabang ilmu yang mempelajari pemanfaatan makhluk hidup (bakteri, jamur, virus, dan lain-lain) maupun produk dari makhluk hidup (enzim, alkohol) dalam proses produksi untuk menghasilkan barang dan jasa. (AnonimA, 2012). Bioteknologi adalah penerapan suatu prinsip-prinsip biologi, biokimia, dan rekayasa dalam pengolahan bahan dan memanfaatkan agensia jasad hidup dan komponen–komponennya untuk menghasilkan barang dan jasa. (AnonimB,



2012). Bioteknologi



adalah



cabang



ilmu



yang



mempelajari



pemanfaatan makhluk hidup (bakteri, fungi, virus, dan lain-lain) maupun produk dari makhluk hidup (enzim, alkahol) dalam proses produksi untuk menghasilkan barang dan jasa (Susilowarno, 2009). Menurut Jamsari (2013) defenisi tentang bioteknologi yang dikemukakan oleh K.Erky dinyatakan sebagai teknik yang bertujuan untuk menghasilkan produk dari bahan mentah dengan bantuan mahluk hidup. Jika definisi tersebut dicermati maka kegiatan bioteknologi sebenarnya telah dilakukan sejak zaman prasejarah, dimana manusia pemburu pada saat itu sudah mulai menetap, menanam tanman dan memuliakan ternaknya untuk keperluan pangan mereka. 2.2. Peran Bioteknologi Bioteknologi secara sederhana sudah dikenal oleh manusia sejak ribuan tahun yang lalu. Pada masa ini, bioteknologi berkembang sangat pesat, terutama di negara negara maju. Kemajuan ini ditandai dengan ditemukannya berbagai macam teknologi semisal rekayasa genetika, kultur jaringan, rekombinan DNA, pengembangbiakan selinduk, kloning, dan lain-lain. Dibidang pertanian dengan menggunakan teknologi rekayasa genetika, kultur jaringan dan rekombinan DNA, dapat dihasilkan tanaman dengan sifat dan produk unggul karena mengandung zat gizi yang lebih jika dibandingkan tanaman biasa, serta juga lebih tahan terhadap hama maupun tekanan lingkungan (AnonimC, 2013).



2



Peran bioteknologi sendiri sangat banyak, dibidang pangan misalnya. Di bidang pangan, dengan menggunakan teknologi rekayasa genetika, kultur jaringan dan DNA rekombinan, dapat dihasilkan tanaman dengan sifat dan produk unggul karena mengandung zat gizi yang lebih jika dibandingkan tanaman biasa, serta juga lebih tahan terhadap hama maupun tekanan lingkungan. Penerapan bioteknologi di masa ini juga dapat dijumpai pada pelestarian lingkungan hidup dari polusi. Sebagai contoh, pada penguraian minyak bumi yang tertumpah ke laut oleh bakteri, dan penguraian zat-zat yang bersifat toksik (racun) di sungai atau laut dengan menggunakan bakteri jenis baru (Susilowarno, 2009). Perkembangan dan kemajuan yang dicapai dalam bidang biologi molekuler telah melahirkan dan berkembangnya teknologi rekombinan DNA atau yang dikenal dengan sebutan rekayasa genetik. Rekayasa genetik atau rekombinan DNA adalah suatu kumpulan teknik - teknik eksperimental yang memungkinkan peneliti untuk mengisolasi, mengidentifiksi dan melipatgandaan suatu fragmen dari material genetik (DNA) dalam bentuk murninya. Manipulasi–manipulasi tersebut dilakukan secara in vitro, penggunaan kultur jaringan untuk pembiakan klonal didasarkan pada anggapan bahwa jaringan secara genetik tetap stabil jika dipisahkan dari tumbuhan induk dan ditempatkan dalam kultur. Pendapat ini sebahagian besar berlaku jika tumbuhan dibiakkan dengan kuncup ketiak atau tunas liar yang secara langsung dipisahkan dari tanaman. Walaupun demikian, apabila tunas terbentuk dari jaringan kalus, sering terjadi penyimpangan (Choundhary 2008). 2.3. Laboratorium Bioteknologi Bioteknologi pertanian memiliki laboratorium tempat dimana kegiatan pembiakan dan perakitan tanaman dilakukan. Dalam laboratorium tersebut, terdapat berbagai macam alat yang memiliki fungsi cara penggunaan yang beranekaragam. Materi dalam rekayasa gentika diantaranya isolasi DNA bakteri, PCR, transformasi dan kloning gen, isolasi plasmid rekombinan dan aplikasi bioinformatika. Semua materi yang akan dipelajari memerlukan alat dan bahan yang ada di laboratorium bioteknologi (Triwibowo, 2008).



3



Alat dan bahan yang digunakan dalam kegiatan di laboratorium memerlukan perlakuan khusus sesuai sifat dan karakteristik masing-masing. Perlakuan yang salah dalam membawa, menggunakan dan menyimpan alat dan bahan di Laboratorium dapat menyebabkan kerusakan alat dan bahan, terjadinya kecelakaan kerja serta dapat menimbulkan penyakit. Cara memperlakukan alat dan bahan di Laboratorium secara tepat dapat menentukan keberhasilan dan kelancaran kegiatan. Adapun perlakuan terhadap alat-alat di laboratorium seperti membawa alat sesuai petunjuk penggunaan, menggunakan alat sesuai petunjuk penggunaan, menjaga kebersihan alat, dan menyimpan alat (suryo, 1992). 2.4. Prinsip Kerja Praktikum Prinsip kerja yang steril dan aseptis merupakan prinsip kerja yang harus dilakukan pada saat melakukan praktikum atau penelitian di laboratorium. Kerja yang steril berarti kerja pada kondisi bebas dari semua bentuk hidup mikroorganisme, termasuk endospora dan virus. Namun, kondisi steril tidak terbebas dari kehadiran prion. Proses atau tahapan kerja untuk menghilangkan atau mematikan seluruh bentuk hidup mikroorganisme dan virus disebut sterilisasi. Sterilisasi dapat dilakukan dengan berbagai metode, baik metode fisik maupun kimia (Nester dkk., 2004). Menurut (Daisy, 1994), Standar keselamatan kerja di laboratorium bioteknologi yaitu: 1.



Batasi paparan terhadap bahan kimia, jangan sampai bahan kimia laboratorium bersentuhan langsung dengan tubuh, dan menggunakan



2. 3.



pelindung diri seperti masker dan sarung tangan Jangan meremehkan resiko Bersiaplah terhadap kecelakaan, sebelum memulai eksperimen ketahui tindakan tertentu yang harus diambil jika terjadi pelepasan zat berbahaya



4.



secara tidak sengaja. Ketahui letak semua peralatan keselamatan. Bersiaplah memberikan tindakan darurat dasar, selalu beritahukan aktivitas anda kepada rekan anda agar mereka dapat menanggapi secara cepat dan tepat.



4



BAB III METODOLOGI PRAKTIKUM



3.1.



Waktu dan Tempat Praktikum “PENGENALAN ALAT DAN BAHAN PADA ISOLASI



DNA” dilaksanakan pada hari Selasa, tanggal 7 Maret 2017, pukul 10.00-12.00 WIB, bertempat di Laboratorium Bioteknologi, Fakultas Pertanian, Universitas Sultan Ageng Tirtayasa. 3.2.



Alat dan Bahan Adapun alat dan bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah alat tulis



serta alat dan bahan praktikum bioteknologi yang tersedia 3.3. Cara Kerja 1. Siapkan alat tulis. 2. Perhatikan asisten laboratorium yang menjelaskan alat dan bahan yang akan digunakan. 3. Catat apa yang perlu dicatat.



5



BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN 4.1.



Hasil



Tabel 1. Alat Pada Isolasi DNA No



Nama



Foto



. 1.



Mikropipet



2.



Tips



3.



Mikrotube



4.



Vortex



5.



Mesin PCR



6.



Elektroforesis



6



7.



Sentrifugator



8.



Autoklaf



9.



Timbangan Analitik



10.



Oven



11.



Waterbaths



12.



Gel Doc



Tabel 2. Bahan Pada Isolasi DNA No



Nama



Foto



7



. 1.



Acrilamide



2.



Cloroform



3.



Isopropanol



4.



Ethidium Bromida



5.



Phenol



6.



Buffer TE



7.



CTAB



8



8.



DDH2O



9.



Na Asetat pH 5.2



10.



UV



11.



Mercaptoetanol



12.



Sodium Asetat



13.



Etanol 70% 90%



4.2.



Pembahasan Berdasarkan hasil pengamatan yang telah dilakukan pada praktikum kali



ini, dapat diketahui beberapa alat dan bahan yang yang digunakan untuk mengisolasi DNA. Selain itu, dapat diketahui pula fungsi dari alat dan bahan tersebut.



9



Pada laboratorium Bioteknologi Fakultas Pertanian Untirta, alat pertama yang diperkenalkan adalah mikropipet. Mikropipet terdiri dari tiga jenis berdasarkan ukuran, yaitu 0,1-2,5 µ, 10-100 µ, 100-1000 µ. Agar dapat mengoperasikan mikropipet, kita harus melengkapi alat tersebut dengan dengan tips baru untuk setiap sampel yang berbeda. Tips baru diperuntukkan untuk menghindari terjadinya kontaminasi. Secara umum, fungsi dari mikropipet adalah untuk mengambil cairan yang ukurannya sangat kecil (dalam ukuran mikro) dalam hal ini mengambil sampel



DNA.



Menurut



Khopkar



(1990),



mikropipet untuk



mengambil dan menghomogenkan sampel DNA dan loading dye. Mikropipet



dapat



dibedakan



menjadi



singel,



channel,



multichannel serta adjustable dan fix. Ada beberapa macam merek



mikropipet



yang



beredar



dipasaran



seperti



Gilson,



Pipetman, dan lain-lain. Selain tips, adapula mikrotube yang dibutuhkan dalam prinsip kerja mikropipet. Microtube disebut dengan E-tube,



yang



merupakan



kependekan



istilah



dari Eppendorf tube. Ada 4 macam ukurannya yaitu 2 ml, 1.5 ml, 0.5 ml, dan 0.2 ml (AnonimD, 2009). Alat selanjutnya adalah vortex. Dengan menggunakan vortex, kita dapat menghomogenkan berbagai bahan yang dibutuhkan melalui cara kerja alat tersebut. Hal ini sependapat dengan Collins & Lyne (2004) yang menyatakan bahwa vortex merupakan alat yang digunakan untuk mencampur sejumlah bahan dalam suatu botol. Prinsip kerja dari vortex adalah dengan memberikan putaran atau guncangan pada botol sehingga berbagai campuran bahan yang ada di dalam botol tersebut menjadi tercampur secara merata. Proses pencampuran bahan pada vortex harus dilakukan di ruangan mikrobiological safety cabinet untuk mencegah terjadinya kontaminasi. Berikutnya adalah mesin PCR yang diperkenalkan. Mesin polymerase chain reaction (PCR) adalah sebuah teknologi laboratorium yang utama dalam biologi mokuler. PCR mempunyai derajat spesifisitas dan sensitivitas yang cukup



10



tinggi. Dengan teknik PCR ini, dalam hitungan menit kita bisa menghasilkan jutaan copy DNA. Fungsi dari mesin PCR adalah amplifikasi urutan nukleotida dan menentukan kondisi urutan nukleotida dari suatu DNA yang mengalami mutasi. Prinsip kerja dari alat ini adalah membentuk cetakan DNA secara berulang kali dengan menggunakan prosedur dan waktu tertentu. PCR menggunakan tehnik amplifikasi (perbanyakan) secara spesifik pada suatu segmen DNA secara in vitro dengan menggunakan DNA polymerase, cetakan, DNA genom, dan primer oligonukleotida yang akan menempel pada segmen yang akan diamplifikasi. Reaksi rantai polymerase (PCR) merupakan teknik ilmiah dalam biologi molekuler untuk memperkuat satu atau beberapa salinan potongan DNA dan dapat menghasilkan ribuan sampai jutaan salinan urutan DNA tertentu. Proses PCR ada tiga tahapan yaitu Denaturasi, Anneling dan Ekstansi (John, 2011). Selanjutnya adalah alat yang dinamakan elektroforesis. Menurut John (2011), Elektroforesis merupakan suatu teknik yang mengukur laju perpindahan atau pergerakan partikel bermuatan dalam suatu medan listrik. Teknik elektroforesis mempergunakan medium yang terbuat dari gel. Perpindahan partikel pada medium gel tersebut dipengaruhi oleh faktor-faktor seperti ukuran partikel, komposisi dan konsentrasi gel, densitas muatan, kuat medan listrik dan sebagainya. Semakin kecil partikel tesebut, maka pergerakan atau migrasinya akan semakin cepat, karena matriks gel mengandung jaringan kompleks berupa pori-pori sehingga partikel-partikel tersebut dapat bergerak melalui matriks tersebut. Elektroforesis memiliki fungsi untuk mengukur laju perpindahan atau pergerakan partikel-pertikel bermuatan dalam suatu medan listrik. Prinsip kerjanya adalah berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan negatif, dalam hal ini DNA yang bergerak menuju kutub positif sedangkan partikelpartikel bermuatan positif akan bergerak menuju kutub negatif. Berikutnya adalah alat yang bernama gel doc. Gel dov berfungsi untuk mendokumentasikan



hasil



elektroforesis.



Memvisualisasi



gel



dengan



menggunakan UV transluminator dan mendokumentasikan dengan menggunakan computer yang terhubung dengan alat atau dengan menggunakan kamera adalah prinsip kerja dari gel doc (David, 2009).



11



Pada praktikum, dapat diketahui bahwa fungsi sentrifugator adalah alat untuk memutar sampel dengan kecepatan tinggi yang berukuran molekuler sehingga molekul DNA yang berukuran lebih besar akan mengendap di bawah. Prinsip kerjanya adalah didasarkan pada pemisahan molekuler dari sel atau organel subseluler. Sentrifugator dapat dibedakan berdasarkan ukuran, kapasitas, dan kecepatan. Clinical centrifuge digunakan untuk separasi serum dan urinalisa. Hal ini sesuai dengan pernyataan Campbell & Reece (2009) bahwa sentrifugator adalah alat yang digunakan untuk mempelajari struktur dan fungsi suatu komponen sel. Prinsip kerjanya adalah dengan memisahkan atau memfraksionasi setiap komponen sel berdasarkan berat jenis dari tiap komponen sel. Alat tersebut memberikan gaya sentrifugal sehingga substansi yang lebih berat akan mengendap dan substansi yang lebih ringan akan berada di atas. Jika kecepatan sentrifugator semakin meningkat, komponen yang lebih ringan akan mengendap di dasar. Komponen sel yang mengendap disebut pellet, dan komponen sel yang tersuspensi di atasnya disebut supernatan. Pellet yang berhasil didapatkan nantinya akan dipelajari lebih lanjut untuk diketahui fungsinya. Selain itu, Suryowinoto (1991) juga menyatakan bahwa centrifuge berfungsi untuk memisahkan padatan larutan. Berdasarkan hasil praktikum, di dalam laboratorium bioteknologi umumnya dapat ditemui autoklaf. Autoklaf diidentifikasi sebagai alat untuk mensterilkan alat dan bahan. Hal ini sesuai dengan pernyataan Menurut Collins & Lyne (2004) dan Black (2008) bahwa autoklaf adalah sebuaha alat yang digunakan untuk melakukan sterilisasi dengan memanfaatkan panas uap air di bawah tekanan. Temperatur panas uap air pada tekanan atmosfer hanya mencapai 100°C. Akan tetapi, temperatur akan meningkat dengan adanya tekanan, misalnya pada tekanan 1 bar (kira-kira 15 lb/in2) temperatur menjadi 121°C. Bakteri akan dibunuh pada temperatur tersebut kurang lebih selama 15-20 menit. Menurut Cappuccino & Sherman (2002), autoklaf dapat digunakan untuk sterilisasi kultur media, jarum suntik, dan larutan yang termostabil. Timbangan analatik adalah alat selanjutnya yang digunakan dalam praktikum bioteknologi. Fungsi dari alat ini adalah untuk menimbang zat yang



12



butuh ketelitian tinggi dan dalam skala kecil/mikro (biasanya hingga 4 desimal 0,0001 gram) (Suryowinoto, 1991). Berikutnya adalah alat yang tidak kalah penting dalam laboratorium. Alat tersebut adalah oven. Oven adalah alat yang digunakan pula dalam melakukan sterilisasi. Berbeda dengan autoklaf, oven tidak memanfaatkan panas uap air untuk melakukan sterilisasi. Oven dapat mensterilkan barang-barang dengan memanfaatkan aliran udara panas. Aliran udara panas tersebut didapatkan secara elektrik. Barang-barang yang disterilkan oleh oven antara lain cawan petri, labu erlenmeyer, pipet, dan objek metal (Collins & Lyne, 2004). Barang pecah belah tersebut akan tergores dan rusak apabila diberikan panas uap air. Kelemahan sterilisasi menggunakan oven adalah waktu yang diperlukan untuk melakukan sterilisasi cukup lama, yaitu sekitar dua jam. Temperatur yang diizinkan untuk melakukan sterilisasi pada oven, berkisar antara 160-170 °C. Apabila lebih dari 180 °C, barang yang disterilisasi akan menjadi gosong (Harley & Prescott, 2002). Alat terakhir yang diperkenalkan dalam praktikum kali ini adalah Waterbaths. Fungsi dari waterbaths adalah untuk menciptakan suhu yang konstan dan digunakan untuk inkubasi pada analisis mikrobiologi. Serta digunakan untuk melebur basis, menguapkan ekstrak atau tingtur, pemanasan untuk mempercepat kelarutan (Zalfa, 2014). Waterbath merupakan salah satu tipe dari Inkubator. Hal ini sesuai dengan Patching & Rose (1970) yang menyatakan bahwa inkubator memiliki banyak tipe, misalnya inkubator statis, inkubator kocok, dan inkubator waterbath shaker. Mirip dengan Heating Block, Waterbaths juga digunakan untuk keperluan inkubasi dan lain-lain, atau bahkan bisa menggantikan heating block. Bedanya hanya ada media berupa air untuk pemanasan (AnonimD, 2009). Selanjutnya adalah bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum bioteknologi. Bahan yang pertama adalah akrilamida (atau amida akrilat) adalah senyawa berbahaya



organik bagi



sederhana



denganrumus



kesehatan



(menyebabkan



kimia C3H5NO dan kanker atau



berpotensi



karsinogenik).



Nama IUPAC-nya adalah 2-propenamida. Dalam bentuk murni ia berwujud padatan kristal putih dan tidak berbau. Pada suhu ruang, akrilamida larut dalam air, etanol, eter, dan kloroform. Ia tidak kompatibel dengan asam,basa, agen pengoksidasi, dan besi (dan garamnya). Dalam keadaan normal ia akan 13



terdekomposisi



menjadi amonia tanpa



pemanasan,



atau



menjadikarbon



dioksida, karbon monoksida, dan oksida nitrogen dengan pemanasan (AnonimE, 2013). Bahan selanjutnya adalah klorofrom. Klorofrom berfungsi untuk mengekstrak dan mengendapkan komponen polisakarida di dalam buffer ekstraksi yang mengkontaminasi larutan DNA (Ningrum, 2008). Lalu bahan lainnya adalah fenol. Fenol berfungsi untuk menghilangkan protein dan pengotor-pengotor lain dalam larutan. Fenol akan mengikat, menarik, dan mempresipitasi protein sehingga fase air yang terpisah akan mengandung DNA (Sambrook & Russell 2006). Menurut Setyawati (2014), buffer TE berfungsi untuk melarutkan DNA yang dihasilkan dan menjaga DNA agar tidak mudah rusak dan simpan pada suhu -200C. Buffer TE adalah bahan yang juga tidak kalah penting dalam praktikum bioteknologi. Selanjutnya adalah bahan praktikum yang bernama CTAB. CTAB merupakan sejenis deterjen yang dapat mendegradasi dinding sel, denaturasi protein, memisahkan karbohidrat (Kaidah dan Suprapto, 2003), merusak membran sel dan melarutkan DNA (Purwantara, 2001). Apabila dinding sel terdegradasi, maka semua isi sel dapat keluar termasuk DNA dan dilepaskan ke dalam buffer ekstraksi. Berikutnya adalah larutan ddH2O. Larutan ini memiliki fungsi agar endapan DNA yang dihasilkan didapat dengan konsentrasi yang cukup tinggi. Larutan di vortex untuk memudahkan bakteri tersuspensi. Bakteri yang telah diendapkan tersebut kana lisis dengan penambahan larutan buffer. Agar proses lisisnya bakteri sempurna maka larutan dibolak-balik secara halus. Bakteri yang telah lisis ini ditandai dengan munculnya lendir. Cairan DNA yang dihasilkan kemudina dipisahkan dari endapannya. Cairan ini ditambahkan RNase untuk melisiskan RNA supaya hasil yang diisolasi berupa DNA murni (Campbell, 2002). Selanjutnya adalah bahan Na-asetat. Na-asetat dengan pH 4.8 akan mengakibatkan



terjadinya



renaturasi



plasmid



dan



mengendapnya single



strand DNA karena molekulnya yang besar dan tidak dapat larut dalam larutan dengan kadar garam yang tinggi. (Waliyuddin, M., 2013). DNA kromosom akan 14



menggumpal dan dinetralisir dengan natrium asetat (Rempak, 2013). Pada praktikum kali ini, pH Na-asetat adalah 5.2 Lalu ada bahan yang sudah lazim kita dengar. Bahan tersebut adalah etanol. Menurut Brown (2010), tujuan penambahan etanol yaitu untuk membersihkan sisa-sisa larutan yang digunakan untuk mengendapkan plasmid sebelumnya sehingga diperoleh plasmid yang murni. Proses terkahir yaitu penambahan dH2O sampai DNA plasmid yang mengendap itu bercampur. Berikutnya adalah dua bahan yang digunakan secara beriringan. Bahan tersebut adalah sinar UV dan Ethidium bromide (EtBr). Sinar UV yang dipancarkan akan memendarkan Ethidium bromide (EtBr) yang menempel pada DNA sehingga visualisasi DNA bisa terlihat lewat pancaran yang berwarna orange keputihan tersebut (AnonimD, 2009). Dalam proses isolasi DNA tanaman, penambahan senyawa pereduksi seperti mercaptoetanol. Mercaptoetanol merupakan bahan berikutnya yang berfungsi



untuk



mencegah



proses



oksidasi



senyawa



fenolik



sehingga



menghambat aktivitas radikal bebas yang dihasilkan oleh oksidasi fenol terhadap asam



nukleat



(Wilkins



dan



Smart,



1996).



Menurut



Milligan



(1992),



mercaptoetanol juga berfungsi untuk melindungi RNA dari senyawa quinon, disulphide, peroksida, poliphenoksidase, dan protein. Berikutnya ada sodium asetat yang berfungsi sebagai senyawa berbentuk larutan untuk presipitasi yakni mengendapkan DNA (Alviana, 2013). Dan terakhir adalah bahan isopropanol. Presipitasi (pemekatan) DNA dilakukan menggunakan



isopropanol



dingin



yang



bertujuan



agar



DNA



tersebut



mengendap/mengumpul sekaligus memisahkannya dari garam-garam mineral sisa CTAB. (Lab Biomol, 2012).



15



BAB V PENUTUP 5.1.



Simpulan Dalam laboratorium bioteknologi, terdapat berbagai macam alat dan bahan



yang bisa digunakan dalam praktikum. Alat-alat tersebut antara lain mikropipet, tips, mikrotube, vortex, mesin PCR, elektroforesis, gel doc, sentirufugator, autoklaf, timbangan analitik, oven, dan waterbath. Sedangkan bahan yang digunakan adalah acrilamide, cloroform, isopropanol, ethidium bromida, phenol, buffer TE, CTAB, Dc H20, Na Asestat pH 5.2, UV, mercaptoetanol, sodium asetat, dan etanol 70% serta 90%. Semua alat dan bahan tersebut memiliki fungsi yang penting. Selain itu, masing-masing alat juga memiliki prinsip kerja atau cara penggunaan yang berbeda. Namun, bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum kali ini tidak dijelaskan dengan detail oleh asisten laboratorium sehingga ada beberapa alat ataupun bahan yang tidak diterangkan praktikan cari secara keseluruhan melalui internet. 5.2.



Saran Pada saat praktikum pengamatan alat dan bahan bioteknologi, seharusnya



asisten praktikum menjelaskan dengan detail alat dan bahan yang ada. Terlebih pada bahan yang hanya dijelaskan sekilas oleh asisten laboratorium. Praktikan juga harus lebih cermat lagi dalam memperhatikan jalannya praktikum karena alat dan bahan yang digunakan memiliki fungsi dan penggunaan yang berbeda-beda.



16



DAFTAR PUSTAKA Alviana. 2013. BAHAN dan FUNGSINYA dalam ISOLASI DNA. http://andrianderi-alviana.blogspot.co.id. Diakses pada tanggal 14 Maret 2017 pukul 04.08 WIB. Black, J. G. 2008. MICROBIOLOGY. 7th ed. Campbell, N. A. & J. B. Reece. 2009. BIOLOGY. 8th ed. Cappuccino, J. G. & N. Sherman. 2002. MICROBIOLOGY. A laboratory manual. Choudhary, M.I., 2008. KESELAMATAN DAN KEAMANAN LABORATORIUM KIMIA. Yudsitira: Jakarta. Collins, C. H. & P. M. Lyne. 2004. COLLINS & LYNE'S MICROBIOLOGICAL METHODS. Daisy, Ami. 1994. NAMA FUNGSI DAN CARA KERJA ALAT ALAT LABORATORIUM MIKROBIOLOGI. Penerbit Kanisius: Yogyakarta. David G. Watson. 2009. ANALISIS FARMASI. Egc: Jakarta. Harley & Prescott. 2002. LABORATORY EXERCISES IN MICROBIOLOGY, 5th ed. Jamsari. 2013. REKAYSA GENETIKA, UNTUK ANALISIS GENOM DAN PRODUKSI ORGANISME TRANSGENIC. UR Press Pekan Baru: Riau. John dan Rachmawati. 2011. CHEMISTRY 3A. Erlangga: Jakarta Khopkar, S. M. 1990. KONSEP DASAR KIMIA ANALITIK. UI-Press: Jakarta. LAB Biomol. 2012. ISOLASI DNA. http://labbiomol.blogspot.co.id/2012/12/vbehaviorurldefaultvmlo_17.html. Diakses pada tanggal 14 Maret 2017 pukul 04.10 WIB Nester, E. W., D. G. Anderson, C. E. Roberts, N. N. Pearsall & M. T. Nester. 2004. MICROBIOLOGY: A human perspective, 4th ed. Patching, J. W. & A. H. Rose. 1970. THE EFFECTS AND CONTROL OF TEMPERATURE. Dalam: Norris, J. R. & D. W. Ribbons (eds.). 1970. METHODS IN MICROBIOLOGY. Volume 2. Suryo. 1992. LAPORAN BIOTEKNOLOGI. Gadjah Mada University Press: Jakarta.



17



Suryowinoto.



1991.



KULTUR



JARINGAN.



http://mail.uns.ac.id/~subagiya/struktur. Diakses pada tanggal 11 Maret 2017 pukul 18.15 WIB. Susilowarno, G.R., 2009. SIAP MENGHADAPI UJIAN NASIONAL 2010. BIOLOGI SMA/MA. Grasindo: Jakarta. Triwibowo, Yuwono. 2008. Bioteknologi Pertanian. Gadjah Mada University Press:Yogyakarta. Zalfa.



2014.



WATERBATH.



http://www.alatkesehatan.info/laboratorium/waterbath/ Diakses pada tanggal 9 Maret 2017 pukul 13.43 WIB.



18



LAMPIRAN



Mikropipet



PCR



Gel Doc



Elektroforesis



Sentrifugator



Vortex



19