Nur Afni Helia Dewi - 191810401002 - Acara 3 [PDF]

Citation preview

LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER PREPARASI SAMPEL UNTUK BEKERJA DENGAN TEKNIK MOLEKULER (PREPARASI SAMPEL MIKROBA)



Nama : Nur Afni Helia Dewi NIM : 191810401002



Laboratorium Bioteknologi Jurusan Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember 2020



I.



Judul : Preparasi Sampel Untuk Bekerja Dengan Teknik Molekuler (Preparasi Sampel Mikroba).



II. Tujuan Praktikum : Mahasiswa mampu memahami proses pembuatan sampel mikroba sebelum dilakukan suatu uji sehingga dapat menghasilkan DNA yang murni.



III. Alat dan Bahan 3.1 Preparasi Media 3.1.1 Alat :



1. Cawan petridish 2. Hot plate dan magnetic stirer plate 3. Erlenmeyer 250 ml 4. Timbangan analitik 5. Gelas ukur 6. Autoklaf



3.1.2 Bahan : 1. Bakto agar dan nutrisi 2. Akuades 100 ml



3.2 Preparasi Media Bakteri 3.2.1 Alat : 1. Inokulum 2. Erlenmeyer 3. Bunsen 4. Shaker 3.2.2 Bahan : 1. Media cair 2. Biakan bakteri 3. Alumunium foil



3.3 Preparasi Media Fungi 3.3.1 Alat : 1. Cord borer 2. Erlenmeyer



3. Bunsen 4. Gelas ukur 5. Hot plate 6. Oven 7. Tabung sampel 3.3.2 Bahan : 1. Akuades 2. Biakan jamur 3. Brown sugar 4. Madu 5. Penisilin



IV. Skema Kerja 4.1 Preparasi Media Ditimbang



bakto agar dan nutrisi 5,2 g



Dipindahkan ke erlemeyer 250 ml



Ditambahkan



akuades 75 ml , dihomogenkan



Ditambahkan



akuades 25 ml setelah 2 menit, dihomgenkan



Disterilkan dengan autoklaf, 121ºC, 1 atm, 17 menit



Dituangkan ke dalam cawan petridish



Hasil



4.2 Preparasi Media Bakteri Disterilkan mulut erlenmeyer dan tabung media cair dengan bunsen



Dituangkan



media cair



ke dalam erlenmeyer



Dipanaskan inokulum hingga berpijar, diatas bunsen



Diinokulasikan pada biakan bakteri, diletakkan ke dalam erlenmeyer



Disterilkan kembali mulut erlenmeyer dan tabung media cair dengan bunsen



Ditutup dengan alumunium foil



Diinkubasi dengan Shaker, satu malam



Hasil 4.3 Preparasi Media Fungi Diisi gelas ukur dengan



Ditambahkan



madu 3 g



dan



akuades



brown sugar 5 g, diaduk



Diletakkan ke dalam erlenmeyer, disterilkan dengan dioven



Diletakkan ke dalam tabung sampel, ditambahkan



penisilin



, dikocok



Dipanaskan cord borer diatas bunsen



Dipotong biakan jamur, dipindahkan ke tabung sampel



Diinkubasi 29ºC, selama 7 hari



Hasil



V. Pembahasan Praktikum kali ini dengan acara preparasi sampel untuk bekerja dengan teknik molekuler akan membahas mengenai proses preparasi sampel mikroba serta fungsi dari setiap perlakuan. Bahan yang digunakan pada acara ini adalah biakan bakteri dan biakan jamur. Isolasi DNA genom adalah tahap awal yang menentukan dalam studi molekuler dan genetika suatu spesies. Tahap tersebut dibutuhkan dengan preparasi sampel terlebih dahulu untuk memperoleh DNA dengan kualitas yang baik. Preparasi sampel akan digunakan dalam analisis molekuler atau manipulasi genetik. Isolasi atau pengambilan DNA terdapat beberapa tahapan yaitu



penghancuran sel, penghilangan RNA serta protein, dan pemurnian serta pengendapan DNA (Sambrook and Maniatis, 1989). Menurut Syafaruddin (2011), ekstraksi yang merupakan proses pemisahan berdasarkan perbedaan kelarutan. Ekstraksi sering digunakan dalam studi molekuler dan rekayasa genetika. Langkah utama yang digunakan dalam mengekstraksi DNA yaitu perusakan dinding sel, pemisahan DNA dan pemurnian DNA. Pembuatan media mikroba pada praktikum kali ini dibutuhkan bakto agar (padat) dengan nutrisi yang ditimbang terlebih dahulu dengan timbangan analitik. Menurut Hidayat, dkk (2006), Media pertumbuhan mikroba harus terdiri dari capuran zat-zat makanan (nutrisi) yang diperlukan mikroorganisme untuk pertumbuhan. Mikroorganisme akan memanfaatkan nutrisi pada media berupa molekul-molekul kecil untuk menyusun komponen sel. Menurut Surawiria (1986), media dapat disusun atas bahan alami maupun buatan. Media yang disusun atas bahan buatan tersusun atas senyawa kimia organik atau anorganik yang akan digunakan untuk pertumbuhan dan perkembangbiakan mikroba. Nutrisi dapat diartikan sebagai bahan-bahan organik atau anorganik yang berfungsi sebagai sumber energi atau penerima elektron bagi organisme. Bakto agar yang akan dilarutkan dengan akuades pada erlenmeyer akan dihomogenkan dengan bantuan alat hot plate dan magnetic stirer plate kemudian akan di autoklaf 121ºC dengan tekanan 1 atm selama 17 menit. Menurut Suarjana, dkk (2017), penggunaan alat hot plate dan magnetic stirer plate berfungsi dalam menghomogenkan larutan atau sampel. Magnetic stirer plate digunakan untuk pengadukan dengan adanya magnet didalamnya sehingga mempercepat proses homogenisasi. Menurut Andriani (2016), autoklaf digunakan untuk mensterilkan media yang akan digunakan dengan menggunakan uap air panas bertekanan. Media yang telah sterilisasi akan dituangkan pada cawan petridish. Menurut Napitupulu, dkk (2019), media yang sudah dituangkan secara aseptic kedalam petridish akan didiamkan hingga mengeras dan ditutup dengan cling wrap agar tidak terkontaminasi.



Preparasi media pada bakteri dilakukan menggunakan media cair yang nantinya akan diinkubasi dengan shaker selama satu malam. Proses dalam pembuatan media bakteri dilakukan inokulasi pada biakan bakteri ke dalam media cair yang ada pada erlenmeyer. Inokulasi biakan bakteri digunakan dengan alat inokulum yang terlebih dahulu di panaskan di atas bunsen hingga berpijar agar tetap steril, kemudian dinokulasikan pada biakan bakteri dengan meletakkan terlebih dahulu pada media agarnya agar pada saat inokulum menyentuh bakteri suhu tidak terlalu panas yang akan mengakibatkan bakteri mati. Proses inkubasi dilakukan dengan alat shaker, Menurut Pujawati dan Nawfa (2016), penggunaan shaker incubator betujuan agar dapat memelihara atau menjaga bakteri pada jam tertentu serta menjaga kadar oksigen tetap ada didalam atau lingkungan media. Preparasi media pada jamur dilakukan dengan media cair seperti pada preparasi media bakteri. Perbedaan pada preparasi media pada jamur yaitu penggunaan madu dan brown sugar dalam pembuatan medianya. Menurut Huda (2013), selain digunakan sebagai nutrisi pada pertumbuhan jamur, madu merupakan bahan alami antibakteri yang mengandung senyawa hydrogen peroksida (H₂O₂) yang dapat membunuh dan menghambat pertumbuhan bakteri baik bakteri gram positif maupun gram negative. Penggunaan brown sugar sebagai sumber energi serta memenuhi kebutuhan karbon dalam pertumbuhan jamur. Menurut Suarjana, dkk (2017), media biakan dibutuhkan kandungan sumber energi ,karbon, nitrogen, sulfur, fosfor dan vitamin. Proses preparasi sampel media pada jamur dengan mecampurkan akuades dengan madu 3 g dan brown sugar 5 g pada gelas ukur yang nantinya dipindahkan ke dalam erlenmeyer untuk di sterilkan dengan alat oven. Menurut Andriani (2016), oven digunakan sebagai alat sterilisasi fisik dengan suhu sekitar 180ºC. Media cair pada erlenmeyer dipindahkan ke tabung sampel kemudian ditambahkan dengan penisilin. Menurut Rachman, dkk (2016), penisilin sangat dibutuhkan pada preparasi sampel media jamur karena penisilin mengandung antibiotika β-laktam yang mempunyai kemampuan mengatasi infeksi oleh bakteri. Proses inokulasi biakan jamur menggunakan cord borer yang telah disterilkan diatas bunsen terlebih dahulu. Cord borer digunakan untuk memotong biakan



jamur, kemudian dipindahkan ke atas permukaan tabung sampel dan selanjutnya diinkubasikan selama 7 hari. Menurut Singleton dan Sainbry (2001), teknik aseptis dapat menentukan hasil preparasi sampel mikrob agar tidak terkontaminasi. Sistem cara kerja harus sterilitas untuk mencegah kontaminan terhadap mikroorganisme yang diinginkan. Teknik aseptis digunakan sepanjang kegiatan berlangsung baik alat, bahan dan lingkungan sekitar. Mikroba dapat tumbuh dan berkembang dengan baik didalam media dengan syarat media harus mengandung nutrisi untuk pertumbuhan mikroba, media harus memiliki tekanan osmotis, tegangan permukaan, pH yang sesuai dengan mikroba dan media harus dalam keadaan steril.



VI. Kesimpulan Praktikum kali ini dengan acara preparasi sampel untuk bekerja dengan teknik molekuler khususnya preparasi sampel mikroba dapat ditarik kesimpulan bahwa dalam preparasi mikroba yang meliputi bakteri dan jamur membutuhkan media cair sebagai pertumbuhan dan perkembangannya. Preparasi sampel bakteri diperlukan inkubasi satu malam menggunakan alat shaker incubator untuk memelihara atau menjaga bakteri. Preparasi sampel fungi diperlukan inkubasi selama 7 hari untuk mendapatkan miselium.



DAFTAR PUSTAKA Andriani, R. 2016. Pengenalan Alat-alat Laboratorium Mikrobiologi Untuk Mengatasi Keselamatan



Kerja



dan Keberhasilan Praktikum.



Jurnal



Mikrobiologi, (1) 1: 1-7. Hidayat,N. dkk. 2006. Mikrobiologi Industri. Yogyakarta: Andi Offset. Huda, M. 2013. Pengaruh Madu Terhadap Pertumbuhan Bakteri Gram Positif (Staphylococcus aureus) Dan Bakteri Gram Negatif (Escherichia coli). Jurnal Analisis Kesehatan, (2) 2: 250-259. Napitupulu, G. H. dkk. 2019. Bacillus sp. Sebagai Agensia Pengurai Dalam Pemeliharaan Brachionus rotundiformis Yang Menggunakan Ikan Mentah Sebagai Sumber Nutrisi. Jurnal Ilmiah Platax, (7)1: 158-169. Pujawati, A. S. P. dan Nawfa, R. 2016. Studi Produksi Plastik PHA dengan Pengaruh Penggunaan Media Minimal Cair dan Glukosa oleh Ralstonia pickettii. Jurnal Sains dan Seni ITS, (5) 1: 6-9. Rachman, D. S. dkk. 2016. Produksi Penisilin Oleh Penicillium chrysogenum L112 Dengan Variasi Kecepatan Agitasi Pada Fermentor 1 L. Jurnal Ilmiah Farmasi, (4) 2: 1-6. Sambrook, J. E. F. and T. Maniatis. 1989. Molecular Cloning, A Laboratory Manual. Second Edition. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. Singleton, P. dan Sainbry, D. 2001. Dictionary of Microbiology and Molekular Edition 3. New York: LDT. Suarjana, K. G. I. dkk. 2017. Modul Isolasi Dan Identifikasi Bakteri. Bali: Universitas Udayana Fakultas Kedokteran Hewan. Surawiria, U. 1986. Mikrobiologi. Jakarta: Karunika Universitas Terbuka. Syafaruddin, S. dan Santoso, J. 2011. Optimasi Teknik Isolasi Dan Purifikasi DNA Yang Efisien Dan Efektif Pada Kemiri Sunan (Reutalis trisperma (Blanco) Airy Shaw). Jurnal Littri, (17) 1: 11-17.