Laporan Praktikum Burung Takwan [PDF]

Citation preview

LAPORAN PRAKTIKUM TAKSONOMI HEWAN BW-2101 Metode Cluster Analysis Hirarkial dengan Menggunakan MVSP dan R Studio pada Taksa Burung Oleh : Shofy Anandya Fitri 11514039 Kelompok 6 Agus Muhammad Maulana 11513033



PROGRAM STUDI REKAYASA KEHUTANAN SEKOLAH ILMU DAN TEKNOLOGI HAYATI INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG 2015



Interpretasi Berdasarkan hasil dendogram, terlihat diantara beberapa jenis burung terdapat dua jenis burung yang memiliki kekerabatan yang paling dekat, yaitu Halycon cyanoventris dengan Todirhamphus chloris. Hal ini dikarenakan, kedua jenis burung ini memiliki karakter yang sama yaitu pada tipe paruh pemakan ikan, tipe kaki bertengger, hhabitat di tegakan/pohon, memiliki tipe suara call dan song, dan postur tubuh bertengger vertikal. Pada cluster kelas aves ini menggunakan dua koefisien yaitu jaccard koefisien dan Sorensen koefisien. Perbedaan dari kedua koefisien ini adalah di bagian penilaiannya yaitu apabila jaccard koefisien perhitungan lebih simple dan cara menilainya secara objektif dan subjektif. Sementara untuk Sorensen koefisien perhitungan lebih rumit dan cara menilainya lebih subjektif, tidak memperhitungkan nilai objektif. Untuk Sorensen koefisien dapat menggunakan rumus : (Danny W, 2008) SS = 2a / ( 2a + b + c ), di mana SS= Sørensen koefisien kesamaan a = jumlah spesies yang umum baik kuadrat b = jumlah spesies unik dengan kuadrat pertama c = jumlah spesies unik untuk kuadrat kedua SS biasanya dikalikan dengan 100 % (yaitu , SS = 67 % ) , dan dapat diwakili dalam hal perbedaan (yaitu , DS = 1,0 - SS ) Untuk menghitung jaccard koefisien yang menghitung berdasarkan nilai perbedaan antar spesies. Untuk menggunakan jaccard koefisien dapat menggunakan rumus yaitu : (Real & Vargas, 1996). SJ = a / ( a + b + c ) di mana SJ = koefisien Jaccard kesamaan a = jumlah spesies umum untuk ( bersama oleh ) petak b = jumlah spesies unik dengan kuadrat pertama dan c = jumlah spesies unik untuk kuadrat kedua Jaccard koefisien ini digunakan untuk kajian konservasi spesies, sehingga digunakan untuk dalam menentukan keterkaitan antara spesies dan area, dan untuk menentukan ukuran optimal suatu cagar alam (Higgs & Usher, 1980). R yang awalnya diperuntukkan untuk analisis statistik, saat ini telah berkembang aplikasinya hingga dapat melakukan manipulasi data GIS serta menampilkannya. Ditambah lagi dengan era data analysis atau akrab disebut big data, maka perkembangan R menjadi tidak terbendung lagi. Aplikasi R yang terus meluas didukung oleh berkembangnya bahasa pemrograman lainnya, seperti python, Ruby. Salah satu contohnya adalah R markdown. Bahasa markup (markup language) yang lebih mudah dari LaTeX atau html sekalipun. R beroperasi pada suatu struktur data, contoh yang paling sederhana adalah vektor numerik, yakni suatu entitas tunggal yang terdiri dari koleksi terurut bilanganbilangan. Misalkan pembuatan vektor numerik x yang mempunyai enam bilangan 11.0, 16.2, 7.2, 1.3, 8.3, 3.6. Perintah yang digunakan pada prompt (>) R sebagai berikut: > x c(11.0, 16.2, 7.2, 1.3, 8.3) −> x Fitur Dasar R BAB IV 23 Perintah berikut: > y y [1] 11.0 16.2 7.2 1.3 8.3 0.0 11.0 16.2 7.2 1.3 8.3 akan meng-assign vektor y dengan panjang 11 elemen, yang merupakan penggabungan (concatanation) vektor x, angka 0 dan vektor x (Hendri,2003). Pada intinya adalah bahwa R studio merupakan aplikasi yang berbasiskan pengkodingan bahasa R. Adanya perbedaan antara R sudio dengan Sorensen dan jaccard adalah bahwa R studio menggunakan prinsipprinsip pengkodingan, contohnya adalah vector, matriks dan array yang dapat diperhitungankan dalam melihat cluster analysis. Sementara untuk Sorensen dengan jaccard adalah bahwa terletak pada perbedaan rumus yang digunakan, dan jaccard perhitungannya lebih mengutamakan nilai subjektif dan objektifnya. Pada hasil menggunakan jaccard di R studio, skalanya sengaja dibalikkan agar bisa dibandingkan dengan hasil yang menggunakan metode MVSP, sehingga terlihat bahwa skala yang menggunakan R studio dengan MVSP. Adapun perbedaan skala yang antara ketiga metode tersebut. Hal ini dikarenakan adanya perbedaan penilaian terhadap cluster analysis, yaitu apabila R studio menggunakan prinsip pengkodingan yang terdapat perhitungan dengan menggunakan matriks, array, dan vector. Sedangkan jaccard memiliki rumus dengan mengutamakan penilain subjektif dan objektif, dan untuk Sorensen menilai secara sesubjektif mungkin, sehingga dari ketiga metode tersebut adanya sedikit perbedaan nilai. Analisis kluster menggunakan bahasa pemograman R untuk kajian ekologi. Analisis kluster bertujuan untuk mengelompokan variable kedalam kelompok berdasarkan kesamaan tertentu. Pemograman dengan bahasa R dapat mengolah data untuk klasifikasi kluster dengan metode hirarki dan ditampilkan dalam bentuk diagram dendogram. Package R yang diperlukan adalah vegan. Fungsi-fungsi penting yang digunakan adalah hclust, plot, dan cutree, sedangkan fungsi yang terdapat dalam vegan yang digunakan adalah vegdist. (Alfian A, 2013). Pengertian vegan adalah untuk menghitung indeks perbedaan yang sangat berguna untuk komunitas ekologi. Semua indeks menggunakan kuantatif data, walaupun datanya akan menggunakan indeks biner, kita bisa menghitung indeks binernya menggunakan argumen yang sesuai. Indeks Gower, Bray-Curtis dan Jaccard sangat bagus dalam mendeteksi dasar dari gradien ekologi. Penggunaan package vegan dalam program ini karena memiliki beragam fungsifungsi yang terkait dengan kajian ekologi. Pada package ini metode jarak dapat diakses menggunakan fungsi vegadist, sedangkan fungsi yang digunakan untuk mengelompokan tegakan melalui fungsi hclust (Dixon P, 2009). Metode jarak tersedia dan digunakan untuk indeks similiaritas di dalam fungsi vegdist adalah : manhattan, Euclidean, Canberra, bray, kulczynski, jaccard, gower, altGower, morisita, horn, raup, binomial, dan chao yang menjadi default Bray-Curtis (McCoy et al., 1986 dalam Real & Vargas, 1996).



Daftar Pustaka Alfian, A. 2013. Laporan PKL Ekologi Hewan. Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Makasar. Danny, W. 2008 : Kebijakan Pemanfaatan Jasa Lingkungan Hutan. Direktorat Pemanfaatan Jasa Lingkungan Dan Wisata Alam. Direktorat Jenderal Perlindungan Hutan dan Konservasi Alam. Departemen Kehutan. Dixon, P. 2009. VEGAN, a package of R function for community ecology, Journal of Vegetation Science, Vol. 14 Issue 6, pages 927-930. Hendri. 2003. Cepat Mahir Phyton. Kuliah Umum IlmuKomputer.com. IlmuKomputer.com. Higgs, A.J., & M.B. Usher. 1980. Should reserves be large or small? Nature 285:568-569 Real, R, & J.M. Vargas. 1996. The Probabilistic Basis of Jaccard’s Index of Similiarity. Syst. Biol. 45(3): 380-385.