Laprak - Acara1 - Ilham Jasir [PDF]

Citation preview

LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA REKOMBINAN



ACARA PRAKTIKUM KE : I PENGENALAN ALAT, PENGGUNAAN MIKROPIPET, DAN PELABELAN Nama



: Muhammad Ilham Jasir



NIM



: 24020118120028



Kelompok



:4



Hari, tanggal



: Kamis, 10 September 2020



Asisten



: Rizayu Winarsari



LABORATORIUM BIOTEKNOLOGI DEPARTEMEN BIOLOGI FAKULTAS SAINS DAN MATEMATIKA UNIVERSITAS DIPONEGORO 2020



ACARA I PENGENALAN ALAT, PENGGUNAAN MIKROPIPET, DAN PELABELAN I. Tujuan I.1 Mampu mengetahui fungsi dan cara kerja dari penggunaan alat dalam Genetika Rekombinan. I.2 Mampu memahami cara menggunakan mikropipet dalam penelitian Genetika Rekombinan. I.3 Mampu melakukan pelabelan secara benar.



II. Tinjauan Pustaka II.1 Alat Laboratorium dalam Penelitian Genetika Rekombinan Pengenalan alat- alat praktikum penting dilakukan guna untuk keselamatan kerja dalam melakukan proses penelitian. Selain itu juga pengenalan alat praktikum bertujuan agar mahasiswa mengetahui nama dan fungsi dari alat-alat tersebut. Beberapa alat yang umum digunakan dan harus dikenal serta diketahui cara penggunaannya antara lain PCR, elektroforesis, nanodrop spektrofotometer, UV transluminator, shaker, mikropipet, hot plate, stirrer, mortar and pastle, mikrosentrifuge, vortex dan lain sebagainya .Alat-alat praktikum sangat dibutuhkan dalam proses penelitian ataupun praktikum terutama dalam proses praktikum kimia banyak sekali alat-alat yang digunakan dan mempunyai fungsi masing-masing didalam bidang keilmuan atau pun proses penelitian, tentu alat-alat ini sangat dibutuhkan sekali alat-alat laboratorium juga dapat berbahasa jika terjadi kesalahan dalam prosedur pemakaiannya maka diperlukan pengenalan alat-alat laboratorium agar penggunaan alat tersebut dapat dipergunakan dengan fungsi dan prosedur yang baik dan benar, sehingga kesalahan yang terjadi dapat diminimalisir sedikit mungkin. Hal ini penting



agar mendapatkan hasil penelitian yang baik dan benar, data-data yang tepat akan meningkatkan kualitas penelitian seseorang (Hokayuruke, 2013). Secara umum peralatan yang digunakan didalam laboratorium kimia dikelompokkan menjadi tiga, yaitu peralatan gelas, peralatan non gelas, dan peralatan mekanik/elektronik. Peralatan laboratorium kimia sebagian besar terbuat dari gelas. Gelas dipilih sebagai bahan pembuatan peralatan karena mempunyai sifat-sifat yang menguntungkan. Sifat-sifat gelas yang menguntungkan antara lain: tembus cahaya atau tembus pandang kaku (riqid), tidak mudah bereaksi dengan bahan kimia, mempunyai titik didih tinggi sehingga tidak mudah meleleh terutama pada masa pemanasan dibawah 100oC. Peralatan non gelas merupakan peralatan yang biasanya digunakan dalam percobaan di laboratorium kimia. Peralatan non gelas ini bukanlah merupakan peralatan utama, apabila tidak tersedia peralatan ini dapat diusahakan peralatan lain yang dapat menggantikan fungsinya. Namun demikian peralatan non gelas harus sedapat mungkin diusahakan keberadaannya agar percobaan dan kegiatan di laboratorium kimia dapat berjalan dengan berjalan dengan lancar (Baharuddin, 2013).



II.2 Penggunaan Mikropipet dalam Penelitian Genetika Rekombinan Mikropipet merupakan alat yang memungkinkan pengukuran volume secara akurat dalam satuan μl. Mikropipet sangat peka, mahal, dan penting terutama dalam pengerjaan DNA. Alat ini menggunakan pengisapan yang bisa mengatur berapa volume yang ingin diambil. Prinsip awal pembuatan mikropipet ditemukan oleh Warren Gilson dan Henry Lardy, Professor bidang biochemistry di University of Wisconsin-Madison. Pada awalnya, mereka membuat sebuah mesin untuk mengukur berapa volume oksigen yang dibutuhkan saat pertumbuhan suatu sel. Alat ini bekerja dengan menggerakkan piston untuk menjaga tekanan udara konstan saat oksigen digunakan. Tiga hal terpenting yang diperhatikan saat



itu adalah, ukuran kecil piston, akurasi pengukuran dan pengaturan (University of Wisconsin, 2013). Mikropipet (micropipet) adalah suatu alat yang digunakan untuk memindahkan cairan dalam jumlah kecil secara akurat. Sehingga pada pemindahan cairan dengan volume kecil kurang dari 1000 mikroliter, orang cenderung menggunakan mikropipet, biasa juga disebut dengan pipet otomatis. Pipet otomatis ini mempunyai akuraritas dan presisi yang lebih baik dari pada pipet gelas. Disamping itu setiap pipet dapat diset berapapun volumenya selama dalam range volume pipet. Meskipun produk mikropipet telah dirancang akurat dan presisi oleh pabriknya, alat tersebut tetap harus dikalibrasi jika digunakan untuk laboratorium yang terakreditasi. Kalibrasi dilakukan untuk mengetahui nilai ketepatan dan penyimpangan. Kalibrasi akan menjamin akurasi. Ada beberapa macam merek mikropipet yang beredar dipasaran seperti Gilson, Pipetman, dll. Namun yang biasa dipakai di laboratorium, seperti misalnya merk Gilson ada tertulis P20, P200 dan P1000 pada kepala pipet (Ikmal, 2008). II.3 Pentingnya Pelabelan pada Sampel Penelitian Spesimen atau sampel yang telah diambil dari pasien akan diberi label barcode yang merupakan identitas pasien untuk mencegah tertukar dengan spesimen atau sampel lain, selanjutnya diproses sesuai dengan persyaratan masing-masing pemeriksaannya. Sampel adalah spesimen yang telah melalui proses lanjutan dan siap untuk diperiksa. Hal-hal lain yang harus diperhatikan selama penanganan sampel adalah suhu, cahaya, pelabelan, pengemasan. Untuk sampel darah, misalnya, setelah diambil dari vena pasien, harus didiamkan selama 30 menit sebelum diputar (disentrifugasi), dan dipisahkan serumnya. Selanjutnya, serum diperiksa, cadangan disimpan atau untuk pemeriksaan khusus maka serum dirujuk atau dikirim ke pusat rujukan. Setelah sampel dianggap layak periksa sesuai dengan persyaratan, maka akan segera dilakukan pemeriksaan laboratorium. Selain strategi



pemeriksaan, pada proses pemeriksaan anti HIV perlu adanya jaminan kerahasiaan dari pasien. Sesuai tujuan pemeriksaan, untuk menjaga kerahasiaan ini, dilakukan beberapa metode pendekatan tes HIV yang diimplementasikan pada pengambilan dan pelabelan spesimen yaitu dengan mandatory, voluntary confidential atau linked confidential dan unlinked anonymous (Ratih, 2012).



III. Metode III.1



Pengenalan Alat-Alat Laboratorium



III.1.1 Alat 1. Hp 2. Laptop 3. Alat tulis III.1.2 Bahan 1. Mikropipet 2. Mikrosentrifuge 3. Vortex 4. Mortar dan Pestle 5. Nanodrop Spectrofotometer 6. PCR 7. Elektroforesis 8. UV Trasluminator III.1.3 Cara Kerja 1. Alat dan bahan disiapkan 2. Alat – alat dalam laboratorium yang digunakan dalam genetika rekombinan dicari gambarnya melalui internet 3. Gambar alat kemudian dilampirkan pada laporan sementara dan diberi keterangan meliputi bagian-bagian alat, prinsip kerja dan fungsi. III.2



Penggunaan Mikropipet



III.2.1 Alat 1. Hp 2. Laptop 3. Alat tulis III.2.2 Bahan 1. Mikropipet 2. Tip 3. Mikropipet tiruan III.2.3 Cara Kerja



III.2.3.1



Gunakan Alat Pelindung Diri (APD), seperti Handscon, Masker, dan baju lab.



III.2.3.2



Pasang pipet tips pada mikropipet yang anda gunakan, pastikan gunakan yang sesuai (blue tip, yellow tip, white tip).



III.2.3.3



Tekan Plunger sampai pada posisi pemberhentian pertama (First Stop), dan tahan menggunakan Ibu Jari.



III.2.3.4



Celupkan ujung pipet tip ke dalam cairan, pastikan posisinya berada di tengah cairan, tidak terlalu ke atas, tidak terlalu ke dasar wadah.



III.2.3.5



Kemudian lepaskan tekanan pada ibu jari terhadap plunger secara perlahan lahan sampai cairan masuk memenuhi pipet tip anda.



III.2.3.6



Angkat mikropipet anda sampai pipet tip terangkat dari cairan.



III.2.3.7



Arahkan ujung pipet tip ke dinding wadah penampungan cairan.



III.2.3.8



Sebaiknya miringkan wadah penampung agar cairan tidak langsung menghantam dasar wadah, melainkan melalui dinding, dan posisi mikropipet tetap tegak lurus.



III.2.3.9



Tekan kembali plunger perlahan lahan sampai semua cairan keluar dari pipet tip sampai pemberhentian pertama (First Stop)



III.2.3.10 Setelah sampai pada pemberhentian pertama, dan masih ada sisa sedikit cairan, maka lanjutkan menekan plunger sampai pada pemberhentian kedua (Second stop), guna Second stop adalah untuk mengeluarkan cairan yang tersisa sedikit di ujung pipet tips. III.2.3.11 Setelah cairan berhasil dituang ke wadah penampung, maka bila pipet tip sudah terkontaminasi, maka sebaiknya pipet tip dibuang ke wadah penampungan limbah. III.2.3.12 Tekan tuas yang berguna untuk melepaskan pipet tip secara langsung. III.2.3.13 Pastikan arah pipet tip sudah menuju ke pembuangan limbah, kemudian tekan tuasnya, dan pipet tip langsung masuk ke pembuangan limbah. III.2.3.14 Kembalikan mikropipet ke posisi tegak lurus menggunakan pipet stand. Jika tidak ada, maka letakkan di tempat yang bersih dan kering. III.3



Pelabelan pada Microtube



III.3.1 Alat 1. Hp 2. Laptop 3. Alat tulis



III.3.2 Bahan 1. Microtube III.3.3 Cara Kerja III.3.3.1



Peganglah tabung mikro dengan benar



III.3.3.2



Pelabelan yang benar dilakukan di 2 tempat yaitu di tutup tabung dan di sisi tabung Menggunakan pena yang tidak hilang/luntur.



IV. Hasil Pengamatan IV.1 NO 1



2



Pengenalan Alat-Alat Laboratorium GAMBAR REFFERENSI



KETERANGAN 1. Rotor tempat untuk meletakkan tabung 2. Drive shaft merupakan sisi untuk menopang rotor dan tersambung dengan motor 3. Motor merupakan alat yang memiliki kontrol untuk menyalakan rotor Prinsip kerja mikrosentrifuge memisahkan partikel yang terkandung dalam suatu larutan menurut ukuran , bentuk kerapatan molekul, viskositas dari medium serta kecepatan rotor



1. Mortar dan Pestle alat yang digunakan untuk menghancurkan suatu bahan atau sample untuk tujuan isolasi DNA, RNA, atau protein. Prinsip kerjanya masukkan bahan yang ingin ditumbuk kedalam mortal lalu tumbuklah dengan pestle.



3



1. Nanodrop Spektrofotometer berfungsi untuk pengukuran DNA secara kuantitatif, dimana alat yang digunakan untuk mengetahui nilai absorbansi dan konsentrasi larutan.



4



1. Mesin Elektroforesis untuk pemisahan komponen atau molekul bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik. Prinsipnya, melibatkan fase stasioner (gel agarose) dan fase gerak berupa buffer Tris-acetate EDTA (TAE)



5



1. UV Transilluminators digunakan untuk men-visual-kan DNA setelah di loading atau running dalam DNA elektroforesis. Prinsip kerja dari alat ini adalah sinar UV yang dipancarkan akan memendarkan Ethidium bromide (EtBr) yang menempel pada DNA



6



1. Thermal Cycler adalah alat laboratorium yang sangat umum digunakan untuk melakukan aktivitas memperbanyak segmen DNA melalui Polymerase Chain Reaction (PCR).



7



1. Vortex untuk menghomogenkan suspensi atau larutan dengan prinsip aliran listrik yang menimbulkan getaran sehingga dapat menghomogenkan suspensi



8



1. Mikropipet berfungsi untuk memindahkan cairan dalam jumlah kecil secara akurat



IV.2 NO 1



Penggunaan Mikropipet GAMBAR REFFERENSI 1.



2.



3.



4. 5. 6. Dok. Pribadi (2020)



KETERANGAN Tekan Plunger sampai pada posisi pemberhentian pertama (First Stop) *, dan tahan menggunakan Ibu Jari anda. Celupkan ujung pipet tip ke dalam cairan, pastikan posisinya berada di tengah cairan, tidak terlalu ke atas, tidak terlalu ke dasar wadah. Kemudian lepaskan tekanan pada ibu jari anda terhadapn plunger secara perlahan lahan sampai cairan masuk memenuhi pipet tip anda. Angkat mikropipet anda sampai pipet tip terangkat dari cairan. Arahkan ujung pipet tip ke dinding wadah penampungan cairan. Sebaiknya miringkan wadah penampung agar cairan tidak langsung menghantam dasar wadah, melainkan melalui dinding, dan posisi mikropipet



tetap tegak lurus. 7. Tekan kembali plunger perlahan lahan sampai semua cairan keluar dari pipet tip sampai pemberhentian pertama (First Stop) 8. Setelah anda sampai pada pemberhentian pertama, dan masih ada sisa sedikit cairan, maka lanjutkan menekan plunger sampai pada pemberhentian kedua (Second stop), guna Second stop adalah untuk mengeluarkan cairan yang tersisa sedikit di ujung pipet tips.



(Dawan, 2019)



IV.3 NO 2



Pelabelan pada Microtube GAMBAR REFFERENSI



KETERANGAN 1. Pelabelan di tutup tabung 2. Pelabelan di sisi tabung 3. penulisan dengan tinta yang tidak mudah luntur



V. Pembahasan Praktikum Genetika Rekombinan Acara I yang berjudul, “Pengenalan Alat, Penggunaan Mikropipet, dan Pelabelan”. Praktikum ini telah dilaksanakan pada hari Kamis, 10 September 2020 pukul 07.30 WIB - selesai secara online via Microsoft Teams dan WhatsApp. Tujuan praktikum agar mampu mengetahui fungsi dan cara kerja dari penggunaan alat dalam Genetika Rekombinan, mampu memahami cara menggunakan mikropipet yang baik dan benar serta mampu melakukan pelabelan secara benar.Adapun alat yang digunakan meliputi buku panduan praktikum, alat tulis, laptop, Microsoft Teams, dan koneksi internet. Sedangkan bahan yang digunakan meliputi mikropipet, microsentrifuge, vortex, mortar dan pestle, nanodrop spektrofotometer, mesin elektroforesis, UV transilluminator, dan Thermal Cycler. Cara kerja praktikum diawali dengan alat dan bahan disiapkan, Microsoft Teams dibuka, kegunaan masingmasing alat laboratorium mikrobiologi dijelaskan oleh asisten, kemudian hasil pengamatan dicatat. V.1Alat Laboratorium dalam Penelitian Genetika Rekombinan Alat laboratorium adalah suatu benda yang digunakan dalam melakukan kegiatan ilmiah di laboratorium. Hal ini sesuai dengan pendapat Ahmad (2013), alat laboratorium adalah suatu benda yang digunakan untuk membantu memperlancar kegiatan praktikum berupa penelitian, pengamatan, eksperimen, pengukuran dan pelatihan ilmiah di sebuah tempat riset yakni laboratorium. Rekayasa genetik atau rekombinan DNA adalah kumpulan teknik mengisolasi, mengidentifikasi, dan melipatgandakan suatu fragmen materi genetik dalam bentuk murninya. Ini sejalan dengan pendapat Sutarno (2016), bahwa rekayasa genetik atau rekombinan DNA merupakan kumpulan teknik-teknik eksperimental yang memungkinkan peneliti untuk mengisolasi, mengidentifikasi, dan melipatgandakan suatu fragmen dari materi genetika (DNA) dalam bentuk murninya. Di dalam penelitian genetika rekombinan diperlukan alat-alat laboratorium untuk membantu peneliti melakukan



penelitian, diantaranya adalah mikropipet, microsentrifuge, vortex, mortar dan pestle, nanodrop spektrofotometer, mesin elektroforesis, UV transilluminator, dan thermal cycler. V.1.1 Mikropipet Mikropipet adalah alat yang digunakan untuk memindahkan larutan dalam skala mikroliter. Hal ini sesuai dengan Sanders (2012), bahwa mikropipet ini berfungsi untuk mentransfer larutan secara tepat dalam skala µL yang pada ujungnya terdapat tip untuk tempat larutan. Mikropipet terdiri dari beberapa ukuran yaitu P2 untuk ukuran 0,2-2 µL, P10 untuk 1-10 µL, P20 untuk 2-20 µL, P200 untuk 20-200 µL, dan P1000 untuk ukuran 200-1000 µL. Bagian-bagian mikropipet terdiri dari plunger, tip eject button, volume adjustment, volume readout, tip eject shaft, tip attachment, pipette barrel, dan pipette channel. Hal ini sesuai University of Queensland (2017), bahwa bagianbagian mikropipet terdiri dari plunger, tip eject button, volume adjustment, volume readout, tip eject shaft, dan tip attachment. Cara kerja alat ini adalah dengan mengatur volume terlebih dahulu, memasang tip, lalu mengambil larutan, kemudian mengeluarkan larutan. Ini sejalan dengan www.kimiafi.com (2018), bahwa cara menggunakan mikropipet yang benar adalah sebagai berikut: Pengaturan volume, atur volume larutan yang hendak diambil dengan cara memutar-mutar bagian kepala pipet dan perhatikan angka yang tercantum pada bagian tengah mikropipet. Pemasangan Tip, pasang Tip sesuai ukuran. Biasanya Tip sudah diletakkan dalam wadahnya untuk memudahkan pengambilannya. Pemegangan, pegang mikropipet, posisi tangan ibarat tombol like Facebook. Pengambilan dan mengeluarkan larutan, tekan penyedot sampai hambatan pertama (jangan dilepas), ingat jangan sampai menekannya lebih dalam lagi karena jumlah mengambilan larutannya akan berbeda. Selanjutnya, celupkan atau masukkan



Tip pada larutan yang hendak diambil. Lepaskan jempol dari tombol penekan secara perlahan dan tahan mikropipet beberapa saat untuk memastikan cairan terambil sempurna (tidak ada gelembung). Pindahkan larutan ke dalam wadah lainnya dengan cara menekan tombol penekan sampai hambatan kedua (tekanan penuh). Tekan tombol ejektor untuk melepasakan Tip yang terpasang di mikropipet. Terakhir, kembalikan skala volume ke yang paling kecil setelah selesai menggunakan agar pir tombol penekan mikropipet tidak cepat rusak. V.1.2 Mikrosentrifus Centrifuge adalah alat yang digunakan untuk memisahkan organel berdasarkan massa jenisnya melalui proses pengendapan. Centrifuge sendiri memiliki berbagai macam ukuran berdasarkan ukuran volume sampel yang disentrifuge. Microsentifuge memiliki ukuran tube berkisar 0,5-2ml. Hal ini sesuai dengan pendapat Chai (2019) bahwa centrifuge adalah alat yang menempatkan objek dalam rotor berotasi pada sumbu tetap dan menerapkan potensi gaya tegak lurus terhadap sumbu spin (luar). Centrifuge merupakan alat yang digunakan untuk memisahkan partikel-partikel objek berdasarkan perbedaan massa jenis dengan proses sedimentasi. Ukuran centrifuge beragam tegantung pada banyak sampel yang dapat diproses dan ukuran tube yang dapat didukung. Microsentifuge memiliki ukuran tube berkisar 0,5-2ml. Bagian-bagian dari mikrosentrifuge adalah motor sebagai penggerak, rotor sebagai tempat meletakkan tube, lid untuk menutup sentrifuge saat akan dioperasikan, control panel untuk mengatur suhu, kecepatan putaran, dan waktu. Hal ini sesuai dengan Sianturi (2016) bahwa motor sentrifuge memiliki kecepatan yang dapat diatur oleh control panel. Sentrifuge biasanya memiliki pengatur suhu dan pengatur waktu. Ukuran rotor menentukan jumlah sampel yang dapat diproses. Bagian penutup sentrifuge biasanya dilengkapi dengan pengunci sehingga tidak dapat dibuka saat dioperasikan. Cara kerja sentrifuge yaitu letakkan tabung yang berisi cairan yang dengan volume Sama antara tabung satu dengan yang lainnya pada tempat yang berseberangan. Tutup penutup centrifuge sampai terkunci. Pilih kecepatan yang diinginkan pada tombol kecepatan. Pilih waktu pemutaran yang diinginkan pada



tombol waktu. Tekan start untuk centrifuge yang memiliki tombol start, yang tidak memiliki tombol star begitu tombol waktu diputar centrifuge langsung berputar. Segera setelah berhenti, penutup dibuka langsung atau perlu menekan tombol berhenti. Ambil tabung dari centrifuge. Hal ini sesuai dengan pendapat Sianturi (2016) bahwa tabung yang dimasukkan ke dalam sentrifuge diletakkan secara bersilang berlawanan. Namun hal ini tidak perlu dilakukan jika semua lubang pada centrifuge terisi penuh oleh tabung larutan yang akan dimurnikan.Keseimbangan diperlukan selama sentrifugasi, karena bila tidak seimbang maka akan terjadi getaran. Getaran ini akan semakin hebat pada saat percepatan dan perlambatan. Apabila hal ini terjadi selain mengakibatkan sedimen yang terbentuk dapat terurai kembali juga akan mempercepat rusaknya alat. V.1.3 Vortex Vortex Mixer adalah alat sederhana yang umumnya digunakan di laboratorium untuk menghomogenkan (mencampurkan) larutan dalam wadah kecil. Wadah kecil yang dimaksud di sini biasanya ependorf, tabung sentrifuse, falkon, tabung reaksi, dan lain-lain. Hal ini sesuai dengan Astuti (2019) bahwa Vortex Mixer adalah perangkat sederhana yang umum digunakan dilaboratorium untuk mencampur larutan dalam tabung reaksi. Pada Vortex mixer dilaboratorium pada umumnya, berbasis digital dan didalam Vortex mixer tersebut tidak terdapat indikator waktu timer, dan buzzer. Bagian-bagian dari Vortex adalah rubber cup yang terbuat dari karet, motor sebagai penggerak, speed control untuk mengatur kecepatan getaran. Hal ini didukung oleh pendapat Astuti (2019) bahwa alat ini terdiri dari sebuah motor listrik dengan drive shaft yang berorienasi vertikal dan melekat pada sepotong karet yang dipasang sedikit keluar dari pusat. Sebagai alat yang berjalan,potongan karet berisolasi cepat dengan gerakan melingkar. Motor akan memberikan putaran tabung reaksi sehingga dapat terjadi proses menghomogenkan larutan. Cara kerja vortex diawali menyambungkan kabel ke sumber listrik. Lalu tekan saklar di posisi 'ON'. Atur kecepatan putaran sesuai keinginan. Nanti alatnya akan mulai berputar secara kontinyu. Pegang sampel dalam wadah yang kuat, kemudian tempelkan (tekan) ke bagian Vortex Mixer yang berputar, bisa di tengah



atau di samping, untuk menghomogenkan larutan yang ada di dalamnya. Hal ini sesuai dengan Astuti (2019) bahwa Sampel yang berwujud cairan ditempatkan dalam wadah tertentu seperti gelas piala, erlemeyer, labu kocok, tabung reaksi ataupun alat gelas lainnya. Selanjutnya, sampel dalam wadah akan diaduk (digoyang) secara orbital atau secara linear. V.1.4 Mortar dan Pestle Mortar dan Pestle adalah alat yang digunakan untuk menghancurkan suatu bahan atau sample seperti daun, akar, seedling, biji, dan lain-lain, untuk tujuan isolasi DNA, RNA, atau protein. Mortar adalah bagian wadahnya, sedangkan pestle adalah bagian batang yang dipegang. Lama Penggerusan sangat tergantung jenis bahan, kekuatan penggerus, dan keahlian menggunakan alat tersebut. Hal ini sesuai dengan pendapat Ruchi (2019) bahwa mortar dan pestle digunakan untuk menggerus sampel yang akan diisolasi DNAnya. DNA hasil isolasi kemudian dianalisis kuantitas serta kualitasnya. Hasil kuantifikasi dengan menghitung konsentrasi dan tingkat kemurnian menggunakan alat nanodrop. Bagian dari Mortar dan pestle adalah mortar merupakan wadah cekung sebagai tempat sampel digerus. Sedangkan pestle digunakan untuk menggerus sampel yang berada didalam mortar. Hal ini didukung oleh Singh (2018) bahwa alat ini terdiri dari mangkuk (mortar) dan benda tumpul yang berat (pestle), yang ujungnya digunakan untuk menghancurkan dan menggiling bahan atau zat menjadi pasta atau bubuk halus. Penggilingan mortar pestle biasa untuk menghasilkan alkohol amino-b dalam hasil yang baik hingga sangat baik. Cara kerja mortar pestle yaitu sampel dimasukkan dalam mortar. Lalu pestle ditekan pada sampel hingga sampel menjadi halus. Hal ini sesuai dengan Singh (2018) bahwa pada awalnya, stirena oksida dan anilin dipilih sebagai model substrat untuk penggilingan mortarepestle dengan adanya dua tetes air. Kemajuan yang wajar dari reaksi diamati, yang memberi kita klarifikasi bahwa penggilingan dalam kondisi berair bisa menjadi kombinasi yang lebih baik untuk pembukaan cincin epoksida. V.1.5 Nanodrop Spectrofotometer Nanodrop adalah salah satu jenis spektrofotometer yang biasanya digunakan untuk mengukur konsentrasi DNA yang terkandung dalam sampel. Sampel yang dimaksud adalah sampel hasil ekstraksi DNA. Hal ini sesuai dengan pendapat Yu (2017) bahwa Uji dengan spektrofotometer atau nanodrop pada prinsipnya adalah



dengan menghitung perbedaan penyerapan cahaya UV dimana pita ganda DNA dapat menyerap cahaya UV pada 260 nm, sedang kontaminan protein atau phenol dapat menyerap cahaya pada 280 nm. Nilai kemurnian DNA dihitung dengan cara absorbansi 260 nm dibagi dengan nilai absorbansi 280 (Å260/Å280), dan nilai kemurnian DNA berkisar antara 1.8- 2.0. Bagian bagian dari nanodrop adalah tutup dan optical surface. Tutup digunakan untuk menutup sampel. Optical surface merupakan bagian dimana cahaya akan dipancarkan melewati sampel yang telah diteteskan. Hal ini sesuai dengan pendapat Yu (2017) bahwa optical surface akan memancarakan cahaya melewti sampel. Sebelumnya dilakukan penyesuaian larutan blanko. Cara kerja nanodrop yaitu dengan lengan terbuka, sampel dipipet langsung ke pedestal. Setelah lengan ditutup, kolom sampel dibentuk. Lalu jalankan aplikasi nandrop, lakukan kalibrasi blanko terlebih dahulu. Saat pengukuran selesai, permukaan dibersihkan dengan lap lab bebas serat sebelum melanjutkan ke sampel berikutnya. Hal ini sesuai dengan Yu (2017) bahwa saat pengukuran selesai, permukaan dibersihkan dengan lap lab bebas serat sebelum melanjutkan ke sampel berikutnya. Nanodrop sendiri akan membandingkan antara blank dan sample. Hasil konsentrasi akan tertera pada aplikasi nanodrop. V.1.6 PCR Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah teknik sintesis dan amplifikasi DNA secara in vitro yang digunakan untuk menyalin segmen DNA hingga jutaan kali dalam waktu yang cukup singkat. Hal ini sesuai dengan Mendoza-Gallegos (2018) bahwa Termocyclers atau thermal cyclers adalah perangkat yang telah dikembangkan untuk perubahan suhu siklik dari polymerase chain reaction (PCR). PCR adalah teknik in vitro untuk amplifikasi target bagian asam deoksiribonukleat (DNA). PCR membutuhkan matriks DNA dan dua urutan DNA singkat yang dikenal yang disebut oligonukleotida atau primer. Bagian bagian PCR adalah Lid sebagai penutup, sample block sebagai tempat meletakkan sampel, peltier element untuk menghasilkan panas. Hal ini didukung oleh pendapat Wu (2020) bahwa Mesin thermal cycler yang terkini lebih simple. Kondisi ini didukungdengan tahan



panas.



Mesin



ditemukannya



enzim



polymerase



yang



terbarumenggunakan dasar Peltier effect, yang



memungkinkan Blok dalam mesin PCRmelakukan pemanasan dan pendinginan



tabung PCR dengan Cara pembalikan araharus listrik. Untuk mencegah teradinya penguapan, mesin tersebut dilengkapidengan pemanas pada tutupnya. Suhu pemanas pada tutup tersebut bisa diatur; biasanya pada suhu 105°C. Cara kerja PCR yaituAlat dinyalakan selama 10 menit Block dibuka untuk menyimpan tabung mikro yang akan dianalisis. Block ditutup. Tombol menu dibuka. Tentukan waktu runing yang sesuai dengan kebutuhan analisis. Tombol enter ditekan. Tombol run ditekan. Tunggu sampai selesai. Pilih tombol stop. Kembali ke main menu. Tombol off ditekan. Setelah selesai block dibuka. Tabung diambil, disimpan di Freezer. Hal ini sesuai dengan Wu (2020) bahwa Setelah alat diatur sedemikian rupa, akan terjadi perubahan suhu pada bagian sampel blok. Alat ini akan menerapkan prinsip PCR yaitu denaturasi, annealing, dan elongasi. V.1.7 Elektroforesis Elektroforesis digunakan untuk mengamati hasil amplifikasi dari DNA. Prinsip kerja dari elektroforesis berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan negatif (anion), dalam hal tersebut DNA, yang bergerak menuju dari kutub negatif ke kutub positif .Hal ini sesuai dengan pendapat Harahap (2018) bahwa Elektroforesis digunakan untuk mengamati hasil amplifikasi dari DNA. Prinsip kerja dari elektroforesis berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan negatif (anion), dalam hal tersebut DNA, yang bergerak menuju dari kutub negatif ke kutub positif. Hasil elektroforesis yang terlihat adalah terbentuknya band yang merupakan fragmen DNA hasil amplifikasi dan menunjukkan potongan-potongan jumlah pasangan basanya. Elektroforesis menggunakan media berupa gel dari agarose ataupun akrilamid dengan pelarut menggunkan buffet Tris Asetat EDTA (TAE) atau Tris Borat EDTA (TBE). Gel dibuat dengan melarutkan agarose atau akrilamid dengan salah satu buffer tersebut dengan menggunakan cetakan khusus dan terdapat sumuran/ whell untuk menempatkan hasil PCR yang akan dirunning elektroforesis. Bagian bagian elektroforesis adalah cetakan gel yang digunakan untuk membuat gel agarosa. tempat memasukkan DNA ke dalam gel. Tangki elektroforesis dan Sumber arus. Hal ini sesuai dengan Harahap (2018) bahwa kelengkapan alat elektroforesis terdiri dari gel slab, glass, plastic clip box, male connector, platinum electrode, support platform, power source, buffer, electrolyte solution. Hasil elektroforesis divisualisasi dengan UV transiluminator dengan sinar infra red. Jika amplifikasi terjadi maka akan terlihat pita pita DNA yang berpendar oleh sinar infra



red. Cara Kerja Elektroforesis yaitu letakkan pencetak sumur pada cetakan gel. Buat campuran gel dan tuang pada cetakan. Letakkan cetakan gel pada alat elektroforesis, tuang bufer TAE 1 hingga mencapai tinggi 1mm diatas gel. Lepaskan pencetak sumur. Buat ruler dengan campuran loading dye biru, gel red, dan gen ruler. Preparasi larutan yang akan dielektroforesis. Atur arus dan hubungkan sumber arus. Setelah itu gel dilihat dengan sinar UV. Hal ini sesuai dengan Harahap (2018) bahwa hasil elektroforesis dapat divisualisasi dengan menggunakan pewarna fluoresensi ethidium bromide (EtBr). Secara teknis, setelah proses running, gel direndam dalam larutan buffer TBE atau TAE yang mengandung ethidium bromide, selanjutnya ethidium bromide akan berdifusi ke dalam gel dan berasosiasi dengan DNA. V.1.8 UV Transluminator UV Transluminator memiliki fungsi untuk memvisualkan DNA setelah diloading atau running dalam DNA elektroforesis. Hal ini sesuai dengan pendapat Maftuchah dkk (2014), bahwa UV transiluminator berfungsi untuk membantu mendeteksi pita-pita DNA hasil separasi (running) elektroforesis, sehingga pita DNA yang teramati dengan sinar UV dapat langsung direkam melalui koneksi langsung dengan computer. Bagian-bagian UV transiluminator yaitu berupa kaca penutup untuk akses kepermukaan, filter cahaya UV dan cahaya putih tombol daya, tombol kontrol pemilihan UV atau cahaya putih, platform, photo filter, gel surface, extender piece, dan imaging enclosure. Hal ini sesuai dengan pendapat Khanzadeh dan Mahdi (2011), bahwa pada alat UV transilluminator terdapat UV Blocking cover untuk akses ke transiluminator permukaan, Long life filters UV dan cahaya putih area berdampingan, tombol saklar daya, tombol kontrol untuk pemiliha sinar UV atau putih. Cara kerja UV transiluminator yaitu alat dan bahan disiapkan, gel yang telah di elektroforesis ditiriskan lalu diletakkan pada bagian kotak hitam pada alat UV transluminator. Setelah itu menutup kaca UV dan menekan tombol ON kemudian hasil gel elektroforesis diamati dan didokumentasikan. Setelah melakukan proses pengamatan dan dokumentasi gel hasil pengamatan dibuang ke tempat yang telah disediakan. Hal ini sesuai dengan pendapat Fitriatin dan Abdul (2015), bahwa langkah visualisasi DNA mengguakan UV transluminator yaitu gel hasil elektroforesis yang telah direndam dengan larutan EtBr, kemudian dimasukkan



dalam alat UV doc atau UV Transluminator. Setelah UV Transluminator dinyalakan, pita DNA akan berpendar. Hasil dari sampel dapat dilihat dilayar monitor yang terhubung dengan UV Transluminator. Band atau pita DNA yang muncul pada sampel dibandingkan dengan band yang muncul pada kontrol positif. Sampel yang dinyatakan positif VNN apabila band sampel ada pada ukuran 294 bp atau sejajar dengan band pada kontrol positif. V.2Penggunaan Mikropipet Mikropipet merupakan alat yang memungkinkan pengukuran volume secara akurat dalam satuan μl. Mikropipet sangat peka, mahal, dan penting terutama dalam pengerjaan DNA. Alat ini menggunakan pengisapan yang bisa mengatur berapa volume yang ingin diambil. Prinsip awal pembuatan mikropipet ditemukan oleh Warren Gilson dan Henry Lardy, Professor bidang biochemistry di University of Wisconsin-Madison. Pada awalnya, mereka membuat sebuah mesin untuk mengukur berapa volume oksigen yang dibutuhkan saat pertumbuhan suatu sel. Alat ini bekerja dengan menggerakkan piston untuk menjaga tekanan udara konstan saat oksigen digunakan. Tiga hal terpenting yang diperhatikan saat itu adalah, ukuran kecil piston, akurasi pengukuran dan pengaturan. Hal ini sesuai University of Wisconsin (2013) bahwa mikropipet merupakan alat yang memungkinkan pengukuran volume secara akurat dalam satuan μl dan menggunakan pengisapan yang bisa mengatur berapa volume yang ingin diambil. Prinsip awal membuat sebuah mesin untuk mengukur berapa volume oksigen yang dibutuhkan saat pertumbuhan suatu sel. Alat ini bekerja dengan menggerakkan piston untuk menjaga tekanan udara konstan saat oksigen digunakan. Mikropipet (micropipet) adalah suatu alat yang digunakan untuk memindahkan cairan dalam jumlah kecil secara akurat. Sehingga pada pemindahan cairan dengan volume kecil kurang dari 1000 mikroliter, orang cenderung menggunakan mikropipet, biasa juga disebut dengan pipet otomatis. Pipet otomatis ini mempunyai akuraritas dan presisi yang lebih baik dari pada pipet gelas. Disamping itu setiap pipet dapat diset berapapun



volumenya selama dalam range volume pipet. Meskipun produk mikropipet telah dirancang akurat dan presisi oleh pabriknya, alat tersebut tetap harus dikalibrasi jika digunakan untuk laboratorium yang terakreditasi. Kalibrasi dilakukan untuk mengetahui nilai ketepatan dan penyimpangan. Kalibrasi akan menjamin akurasi. Ada beberapa macam merek mikropipet yang beredar dipasaran seperti Gilson, Pipetman, dll. Namun yang biasa dipakai di laboratorium, seperti misalnya merk Gilson ada tertulis P20, P200 dan P1000 pada kepala pipet. Hal ini sesuai Ikmal (2008) bahwa walaupun produk mikropipet telah dirancang akurat dan presisi oleh pabriknya, alat tersebut tetap harus dikalibrasi jika digunakan untuk laboratorium yang terakreditasi. Kalibrasi dilakukan untuk mengetahui nilai ketepatan dan penyimpangan. Kalibrasi akan menjamin akurasi. V.3Pelabelan pada Microtube Penempelan sebuah label pada mikrotube bertujuan untuk memberi informasi tentang sampel yang berada didalam mikrotube. Selain itu pelabelan dimaksudkan agar lebih mudah membedakan antara sampel satu dengan yang lainnya. Hal ini sesuai dengan pendapat Spector (2020), bahwa tabung eppendorf adalah standar emas tabung microcentrifuge di laboratorium yang menangani cairan dalam volume kecil. Dalam ilmu hayat dan laboratorium biologi, tabung microcentrifuge digunakan untuk semua jenis aplikasi dari penyimpanan sampel hingga reaksi yang berjalan dan memutar atau memisahkan sampel. Eksperimen apa pun yang dilakukan, jika bekerja dengan volume kecil 5 Ml atau kurang, kemungkinan besar membutuhkan tabung microcentrifuge di laboratorium. Salah satu keuntungan dari tabung mikro ini yaitu permukaan tutup tabung datar untuk memudahkan pelabelan nomor sampel. Pelabelan pada mikrotube yang benar yaitu dilakukan di bagian tutup tabung maupun bagian sisi tabung. Selain itu, pelabelan harus dilakukan dengan bolpen yang tidak mudah luntur atau hilang. Dengan demikian, keterangan sampel tidak akan hilang selama



reaksi di dalam alat berlangsung. Pada label berisi informasi nama ataupun nomor tertentu sesuai sampel pada mikrotube yang dimaksud. Hal ini sesuai dengan pendapat Blaney dan Howard (2013), yang menyatakan bahwa label sampel minimal harus mencantumkan 2 identitas, yaitu nama lengkap pasien dan nomor catatan medik. Standar pelabelan sampel yang lengkap harus mencantumkan nama lengkap pasien, nomor rekam medik, tanggal pengambilan sampel, tanda tangan dan inisial nama petugas pengambil sampel. Hal lain yang perlu diperhatikan pada label adalah label harus terbaca dan tidak terhapus.



VI. Kesimpulan 6.1 Alat yang digunakan dalam genetika rekombinan antara lain mikropipet yang berfungsi untuk mengambil cairan dengan volume µ, microsentrifuse digunakan untuk memisahkan molekul atau senyawa berdasarkan berat massanya dengan ukuran volume tabung yang kecil, vortex berfungsi untuk menghomogenkan larutan dalam wadah kecil seperti tabung reaksi, mortar dan pestle digunakan untuk menghancurkan bahan yang akan digunakan untuk isolasi DNA, nanodrop spektrofotometer berfungsi untuk mengukur nilai kuantitatif atau uji kuantitatif DNA, PCR atau thermal Cycler berfungsi untuk memperbanyak segmen DNA menggunak metode PCR, elektroforesis berfungsi untuk memisahkan komponen DNA berdasarkan tingkat migrasinya melalui sebuah medan listrik, dan UV Transluminator berfungsi untuk menvisualkan DNA yang telah di running oleh elektroforesis. 6.2. Cara menggunakan mikropipet yang benar adalah dengan menggunakan mikropipet dan tip dengan volume yang sesuai. Tekan tombol plunger sampai pada pemberhentian pertama, celupkan tip ke dalam cairan tidak terlalu dalam dan dangkal dengan posisi mikropipet tegak lurus, Tarik plunger secara perlahan hingga cairan masuk ke dalam tip. untuk mengeluarkan cairan ke dalam tabung atau wadah yang telah disediakan, tempelkan tip pada dinding wadah, agar posisi mikropipet tetap tegak lurus maka miringkan wadah atau tabung cairan kemudian tekan tombol plunger sampai pemberhentian kedua. Terakhir untuk melepaskan tip, tekan tombol tip ejector dan setelah tip terlepas buang tip ke tempat pembuangan. 6.3. Cara memberi pelabelan yang benar pada microtube yaitu dengan memberi label pada tutup microtube dan di samping/sisi microtube.



DAFTAR PUSTAKA Ahmad, R., 2013. Akurasi Alat-Alat Ukur Volume yang Digunakan dalam Praktikum danPenelitian di Laboratorium Kimia FMIPA Unimed. Jurnal Agroment Indonesia, Astuti, L. (2019). VORTEX



21 (2): 39-45.



MIXER OTOMATIS BERBASIS MIKROKONTROLER



ATmega328. Jurnal TEMIK (Teknik Elektromedik), 3(3), 22-39. Baharuddin, M. dan Asis, F. 2014. Modul Manajemen Laboratorium. Jurusan Kimia UIN Alauddin Makasar: Gowa. Blaney, K.D., Howard, P.R. 2013. Antibody Detection and Identification. Basic & Applied Conceppts of Blood Banking and Transfusion Practices Third Edition.



United



States:



Elsevier Mosby. p. 158-187. Chai, Y., Chen, H., Gao, G., Liu, X., & Lu, C. (2019). Identification of new interferences leached from plastic microcentrifuge tubes in electrospray ionization mass spectrometry. Rapid Communications in Mass Spectrometry, 33(10), 969-977 Fitriatin, Elly., dan Abdul, Manan. 2015. Pemeriksaan Viral Nervous Necrosis (VNN) pada Ikan dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Jurnal Ilmiah Perikanan dan Kelautan. 7(2): 149-152. Harahap, M. R. (2018). Elektroforesis: Analisis Elektronika Terhadap Biokimia Genetika. CIRCUIT: Jurnal Ilmiah Pendidikan Teknik Elektro, 2(1). Hokayuruke, 2013. Penuntun Praktikum Mikrobiologi Industri. Fakultas Pertanian Universitas Lambung Mangkurat. Banjarbaru. Iqmal. 2008. Paper Seri Manajemen Laboratorium. Penerbit UGM: Yogyakarta. Khanzadeh, A. Farhang & Mahdi J. Blourchian. 2011. Ultraviolet Radiation Exposure from UVTransilluminators. Journal of Occupational and Environmental Hygiene. 2(10): 293-496. Maftuchah, A. Winaya, dan A. Zainudin. 2014. Teknik Dasar Analisis Biologi Molekuler. Yogyakarta: Deepublish. Ratih, W. U. (2012). Strategi Pemeriksaan Laboratorium Antihiv. Jurnal Farmasi Sains dan Komunitas (Journal of Pharmaceutical Sciences and Community), 9(2).



Ruchi, W., Putri, D. H., Anhar, A., & Farma, S. A. (2019). Comparison of Three Different DNA Isolation Methods To Degradate The Trichoderma Fungi Cell Wall. Bioscience, 3(1), 50-59. Sanders, E. R. 2012. Aseptic Laboratory Techniques: Volume Transfers with Serological Pipettes and Micropipettors. Journal of Visualized Experiment, 63(2754). Sianturi, S. S. (2016). RANCANG BANGUN PROTOTYPESISTEM PENGGERAK MOTOR CENTRIFUGE



BERBASIS



MIKROKONTROLER



ARDUINO



NANO



(Doctoral



dissertation, Universitas Sari Mutiara Indonesia). Singh, N., Rai, V. K., & Kumar, A. (2018). Aqueous mortar–pestle grinding: An efficient, attractive, and viable technique for the regioselective synthesis of β-amino alcohols. Comptes Rendus Chimie, 21(2), 71-79. Spector, Alex. 2020. The Eppendorf Tube-Simple and Safe Sample Preparation with



the



“Eppi” Tube. California: Pipette The Feel Good Company. Sutarno, S. 2016. Rekayasa Genetik dan Perkembangan Bioteknologi di Bidang Proceeding Biology Education Conference: Biology, Science,



Peternakan.



Enviromental,



In and



Learning, 13 (1): 23-27. Wu, H., Zhang, S., Chen, Y., Qian, C., Liu, Y., Shen, H., ... & Chen, H. (2020). Progress in molecular detection with high-speed nucleic acids thermocyclers. Journal of Pharmaceutical and Biomedical Analysis, 113489.



LEMBAR PENGESAHAN



Lumajang ,10 September 2020



Mengetahui Asisten



Praktikan



Rizayu Winarsari



Muhammad Ilham Jasir



24020117130088



24020118120028