Laporan Praktikum Kimia Medisinal Dinamika [PDF]

  • 0 0 0
  • Suka dengan makalah ini dan mengunduhnya? Anda bisa menerbitkan file PDF Anda sendiri secara online secara gratis dalam beberapa menit saja! Sign Up
File loading please wait...
Citation preview

LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA MEDISINAL “Memperkirakan Konfigurasi Dengan Energi Minimum dan Dinamika Suatu Molekul”



Disusun oleh : Nurul Hidayati Afriwany



13171033



Gelombang 2 Kelas : Matrikulasi FA 1



PROGRAM STUDI S1 FARMASI SEKOLAH TINGGI FARMASI BANDUNG 2018



“Memperkirakan Konfigurasi Dengan Energi Minimum dan Dinamika Suatu Molekul”



I.



Tujuan Memperkirakan konfigurasi dengan energi minimum dan pergerakan dinamika dari suatu molekul dengan menggunakan aplikasi Chem 3D.



II. Prosedur 1. Gambarlah keempat struktur molekul pada aplikasi ChemDraw. 2. Tandai/blok struktur pertama lalu di copy paste ke file kosong pada aplikasi Chem 3D. 3. Pilih menu Calculations pilih sub menu MM2 lalu klik minimize energy dan klik run. Amati dan gambar/print konfigurasi yang ditampilkan. 4. Kemudian pilih sub menu MM2 dan klik molecular dynamis. Amati bagian dari molekul yang paling dinamis dan relatif stabil. 5. Ulangi langkah tersebut untuk molekul yang lain. III. Hasil Pengamatan



IV. Pembahasan Pada praktikum kali ini memperkirakan konfigurasi dengan energi minimum dan dinamika suatu molekul. Konfigurasi suatu molekul terutama yang berikatan dengan pusat kiral merupakan faktor lain yang menentukan aktivitas biologi suatu obat. Konfigurasi merupakan susunan dalam ruang dari atom-atom dalam suatu molekul. Konfigurasi dengan energi paling minimum merupakan konfigurasi yang paling stabil, dan reaktivitas senyawa rendah. Reaktivitas merupakan suatu senyawa yang berikatan dengan reseptor sehingga dapat



menghasilkan suatu aktivitas biologi, sedangkan stabilitas adalah kemampuan senyawa mempertahankan gugus farmakofor. Agar obat dapat menghasilkan aktivitas biologi maka obat tersebut harus stabil dan reaktiv. Pada percobaan kali ini memperkirakan konfigurasi dengan energi minimum dengan empat senyawa. Didapat total energi dari ke empat senyawa yaitu senyawa (S)-2-(6methoxynaphtalen-2-yl)propanoic acid = 2,3824 kcal/mol, total energi senyawa 2-(2-((2,6dichlorophenyl)amino)phenyl)acetimidic acid = 32,2124 kcal/mol, senyawa (3aS,6aS)octahydropentalene-1,4-diyl dinitrate = 18,0474 kcal/mol, dan senyawa dimethyl 2,6dimethyl-4-(2-nitrosophenyl)pyridine-3,5-dicarboxylate = 80,1370. Jika diurutkan dari total energi yang paling minimum yaitu (S)-2-(6-methoxynaphtalen-2-yl)propanoic acid, (3aS,6aS)-octahydropentalene-1,4-diyldinitrate, 2-(2-((2,6-dichlorophenyl) amino)phenyl) acetimidic



acid,



dimethyl



2,6-dimethyl-4-(2-nitrosophenyl)pyridine-3,5-dicarboxylate.



Senyawa yang memiliki total energi minimum paling rendah maka senyawa tersebut lebih stabil dan kurang reaktif sehingga kurang mampu berinteraksi dengan reseptor untuk menghasilkan suatu aktivitas biologi. Sebaliknya, jika senyawa memiliki total energi minimum nya tinggi maka senyawa kurang stabil dan reaktif nya tinggi sehingga lebih mampu berinteraksi dengan reseptor untuk menghasilkan suatu aktivitas biologi Dari ke 4 senyawa tersebut, dilanjutkan dengan memperkirakan dinamika suatu molekul yang dilihat dari pergerakan molekul tersebut. Senyawa (S)-2-(6-methoxynaphtalen-2yl)propanoic acid menunjukkan pergerakan yang cepat dan menunjukkan bahwa senyawa tersebut kurang dinamis, merupakan bagian yang paling stabil dan tidak mudah putus atau lepas dengan gugusnya dan mampu mempertahankan gugus kromofornya dibandingkan senyawa lainnya. Sedangkan senyawa dimethyl 2,6-dimethyl-4-(2-nitrosophenyl)pyridine3,5-dicarboxylate menunjukkan pergerakan molekul yang lama dan menunjukkan bahwa senyawa tersebut dinamis dan kurang stabil dan cenderung mudah putus atau lepas dengan gugusnya dibandingkan senyawa lain. V. Kesimpulan 1. Dari ke empat senyawa tersebut, senyawa (S)-2-(6-methoxynaphtalen-2-yl)propanoic acid memiliki total energi minimum lebih rendah dari yang lainnya = 2,3824. Maka senyawa tersebut lebih stabil cenderung mempertahankan gugus kromofornya dan reaktivitasnya rendah. Dan menunjukkan pergerakan molekul yang cepat dan kurang dinamis. 2. Dari ke



empat



senyawa



tersebut,



senyawa



dimethyl



2,6-dimethyl-4-(2-



nitrosophenyl)pyridine-3,5-dicarboxylate memiliki total energi minimum lebih tinggi dari yang lainnya = 80,1370. Maka senyawa tersebut tidak stabil cenderung mudah



melepaskan ikatan gugus dan reaktivitasnya tinggi. Dan menunjukkan pergerakan molekul yang lama dan dinamis.