Tugas Biokimia [PDF]

Citation preview

Nama : Yuli Lestari Nim : 06101181722010 1. Hasil sekuensing DNA, diperoleh pada gambar 1 disamping, berdasarkan gambar 1 tersebut susunlah urutan DNA hasil sekuensing tersebut.



2. Dari suatu urutan DNA sebagai berikut 5’



ATG GTG CAT TAC ACT CCT GAG GAG A*AG T*CT GCC GTT ACT GCC CTG TGG GGC AAG GTG AAC GTG GAT GAA GTT GGT GGT GAG GCC CTG GGC AGG CTG CTG GTG GTC TAC CCT TGG ACC CAG AGG TTC TTT GAG TCC TTT GGG GAT CTG TCC ACT CCT GAT GCT GTT ATG GGC AAC CCT AAG GTG AAG GCT CAT GGC AAG AAA GTG CTC GGT GCC TTT AGT GAT GGC CTG GCT CAC CTG GAC AAC CTC AAG GGC ACC TTT GCC ACA CTG AGT GAG CTG CAC TGT GAC AAG CTG CAC GTG GAT CCT GAG AAC TTC AGG CTC CTG GGC AAC GTG CTG GTC TGT GTG CTG GCC CAT CAC TTT GGC AAA GAA TTC ACC CCA CCA GTG CAG GCT GCC TAT CAG AAA GTG GTG GCT GGT GTG GCT AAT GCC CTG GCC CAC AAG TAT CAC TAA 3’ Pertanyaan: a. Jelaskan dan tuliskan sistem translasinya b. Jika A* pada keadaan normalnya diganti (subtitusi) dengan T, jelakan dan tuliskan apa yang terjadi. c. Jika T* pada keadaan normalnya dihilangkan (delisi), jelakan dan tuliskan apa yang terjadi. Jawab:



1. Pembacaan kodon dimulai dari atas ke bawah *DNA TCG AAA CAG AGA CCG TTG TAG ACC TAA TAG CAA GTG TCT TAA GGA GAG CTA GTA TAC TCA ACG CTA TTG GAG CTG AAC TTC CGG *mRNA AGC UUU GUC UCU GGC AAC AUC UGG AUU AUC GUU CAC AGA AUU CCU CUC GAU CAU AUG AGU UGC GAU AAC CUC GAC UUG AGG GCC



2. a.



Translasi dalam genetika dan biologi



TTA CTA TCT CTC



CTG AAG AGA GGT



AAU GAU AGA GAG



GAC UUC UCU CCA



molekular adalah



proses



penerjemahan



urutan nukleotida yang ada pada molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein. Dalam proses translasi DNA, dibagi menjadi tiga tahap, yakni Inisiasi, Elongasi, dan terminasi.



 mRNA dan Asam Aminonya 5’



UAC CAC GUA AUG UGA GGA CUC CUC UUC AGA CGG CAA UGA CGG Tyr – His – Val – Met – End – Gly – Leu – Leu – Phe – Arg – Arg – Gln – End – Arg



GAC ACC CCG UUC CAC UUG CAC CUA CUU CAA CCA CCA CUC CGG GAC Asp – Thr – Pro – Phe -His – Leu – His – Leu – Leu – Gln – Pro – Pro – Leu – Arg – Asp CCG UCC GAC GAC CAC CAG AUG GGA ACC UGA GUC UCC AAG AAA CUC Pro – Ser – Asp – Asp – His – Gln – Met – Gly – Thr – End – Val – Ser – Lys – Lys -Leu AGG AAA CCC GUA GAC AGG UGA GGA CUA CGA CAA UAC CCG UUG GGA Ag – Lys – Pro – Leu – Asp -Arg – End – Gly – Leu – Arg – Gln – Tyr – Pro – Leu - Gly UUC CAC UUC CGA GUA CCG UUC UUU CAC GAG CCA CGG AAA UCA CUA Phe – His – Phe – Arg – Val – Pro – Phe – Phe – His – Glu – Pro – Arg – Lys – Ser – Leu CCG GAC CGA GUG GAC CUG UUG GAG UUC CCG UGG AAA CGG UGU GAC Pro – Asp – Ag – Val – Asp – Leu – Glu – Phe – His – Glu – Pro – Arg – Lys – Ser - Leu UCA CUC GAC GUG ACA CUG UUC GAC GUG CAC CUA GGA CUC UUG AAG



Ser – Leu – Asp – Val – Thr – Leu – Phe – Asp – Val – His – Leu – Gly – Leu – Leu-Lys UCC GAG GAC CCG UUG CAC GAC CAG ACA CAC GAC CGG GUA GUG AAA Ser – Glu – Asp – Pro – Leu – His – Asp – Gln – Thr – His – Asp – Arg – Val – Val- Lys CCG UUU CUU AAG UGG GGU GGU CAC GUG CGA CGG AUA GUC UUU CAC Pro – Phe – Leu – Lys – Trp – Gly – Gly – His – Val – Arg – Arg – Ile – Val – Phe- His CAC CGA CCA CAC CGA UUA CGG GAC CGG GUG UUC AUA GUG AUU 3’ His – Arg – Pro – His – Arg – Leu – Arg – Asp – Arg – Val – Phe – Ile – Val – Ile tahapan translasi : -



Inisiasi Inisiasi diawali dengan mengumpulnya mRNA, tRNA, yang membawa asam amino pertama dan dua unit ribosom, sub-unit ribosom kecil mengikat mRNA dan tRNA yang membawa asam amino, kemudian sub-unit ribosom besar menempel.



-



Elongasi Proses ini adalah pola yang terus-menerus dengan molekul tRNA kompleks dan molekul baru mengikat ribosom dan rantai asam amino tubuh. RNA polimerase membentuk molekul RNA keluar dari nukleotida membuat sebuah rantai yang tumbuh dari 5’ ke 3’.



-



Terminasi Translasi akan berakhir pada salah satu dari tiga kodon terminasi (UAA, UGA, UAG) yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Ketiga sinyal pengehentian ini disebut release faktor pada kodon terminasi (stop kodon).



b. Jika A* pada keadaan normalnya diganti (subtitusi) dengan T , maka DNA nya 5’



ATG GTG CAT TAC ACT CCT GAG GAG TAG TCT GCC GTT ACT GCC CTG



TGG GGC AAG GTG AAC GTG GAT GAA GTT GGT GGT GAG GCC CTG GGC AGG CTG CTG GTG GTC TAC CCT TGG ACC CAG AGG TTC TTT GAG TCC TTT GGG GAT CTG TCC ACT CCT GAT GCT GTT ATG GGC AAC CCT AAG GTG AAG GCT CAT GGC AAG AAA GTG CTC GGT GCC TTT AGT GAT GGC CTG GCT CAC CTG GAC AAC CTC AAG GGC ACC TTT GCC ACA CTG AGT GAG CTG CAC TGT GAC AAG CTG CAC GTG GAT CCT GAG AAC TTC AGG



CTC CTG GGC AAC GTG CTG GTC TGT GTG CTG GCC CAT CAC TTT GGC AAA GAA TTC ACC CCA CCA GTG CAG GCT GCC TAT CAG AAA GTG GTG GCT GGT GTG GCT AAT GCC CTG GCC CAC AAG TAT CAC TAA3’  Untuk mRNAnya dan asam aminonya adalah 5’



UAC CAC GUA AUG UGA GGA CUC CUC AUC AGA CGG CAA UGA CGG Tyr – His – Val – Met – End – Gly – Leu – Leu – Ile – Arg – Arg – Gln – End- Arg



GAC ACC CCG UUC CAC UUG CAC CUA CUU CAA CCA CCA CUC CGG GAC Asp – Thr – Pro – Phe – His – Leu – His – Leu – Leu- Gln – Pro – Pro – Leu – Arg – Asp CCG UCC GAC GAC CAC CAG AUG GGA ACC UGA GUC UCC AAG AAA CUC Pro – Ser – Asp – Asp – His – Gln – Met – Gly – Thr – End – Val – Ser – Lys – Lys- Leu AGG AAA CCC CUA GAC AGG UGA GGA CUA CGA CAA UAC CCG UUG GGA Arg – Lys – Pro – Leu – Asp – Arg – End – Gly – Leu – Arg – Gln – Tyr – Pro–Leu- Gly UUC CAC UUC CGA GUA CCG UUC UUU CAC GAG CCA CGG AAA UCA CUA Phe – His – Phe – Arg – Val – Pro – Phe – Phe – His – Glu – Pro – Arg – Lys – Ser – Leu CCG GAC CGAGUG GAC CUG UUG GAG UUC CCG UGG AAA CGG UGU GAC Pro – Asp – Arg – Val – Asp – Leu – Leu – Glu – Phe – Pro –Trp – Lys – Ag –Cys – Asp UCA CUC GAC GUG ACA CUG UUC GAC GUG CAC CUA GGA CUC UUG AAG Ser – Leu – Asp – Val – Thr – Leu – Phe – Asp – Val – His – Leu – Gly –Leu –Leu - Lys UCC GAG GAC CCG UUG CAC GAC CAG ACA CAC GAC CGG GUA GUG AAA Ser – Glu – Asp – Pro – Leu – His – Asp – Gln – Thr – His – Asp – Arg – Val – Val Lys CCG UUU CUU AAG UGG GGU GGU CAC GUG CGA CGG AUA GUC UUU CAC PrO – Phe – Leu – Lys – Trp – Gly – Gly – His – Val – Arg – Ag – Ile – Val – Phe- His CAC CGA CCA CAC CGA UUA CGG GAC CGG GUG UUC AUA GUG AUU3’ His – Arg – Pro – His – Arg – Leu – Arg – Asp – Arg – Val – Phe – Ile – Val – Ile Ketika A disubstitusikan (diganti) menjadi T menyebabkan terjadinya perubahan pembacaan asam amino, dari yang pada keadaan normal terbaca sebagai phenilalanin, saat terjadi substitusi menjadi isoleusin. Hal ini menghasilkan rantai yang tidak dikenali oleh tubuh dan menyebabkan protein nonfungsional menumpuk ( menjadi penyakit dalam tubuh seperti kanker).



c.Jika T* pada keadaan normalnya dihilangkan (delisi). Jelaskan dan tuliskan apa yang akan terjadi 5’



ATG GTG CAT TAC ACT CCT GAG GAG AAG CTG GCC GTT ACT GCC CTG TGG



GGC AAG GTG AAC GTG GAT GAA GTT GGT GGT GAG GCC CTG GGC AGG CTG CTG GTG GTC TAC CCT TGG ACC CAG AGG TTC TTT GAG TCC TTT GGG GAT CTG TCC ACT CCT GAT GCT GTT ATG GGC AAC CCT AAG GTG AAG GCT CAT GGC AAG AAA GTG CTC GGT GCC TTT AGT GAT GGC CTG GCT CAC CTG GAC AAC CTC AAG GGC ACC TTT GCC ACA CTG AGT GAG CTG CAC TGT GAC AAG CTG CAC GTG GAT CCT GAG AAC TTC AGG CTC CTG GGC AAC GTG CTG GTC TGT GTG CTG GCC CAT CAC TTT GGC AAA GAA TTC ACC CCA CCA GTG CAG GCT GCC TAT CAG AAA GTG GTG GCT GGT GTG GCT AAT GCC CTG GCC CAC AAG TAT CAC TAA 3’  Untuk mRNAnya dan asam amino 5’



UAC CAC GUA AUG UGA GGA CUC CUC GAC AGA CGG CAA UGA CGG



Tyr – His – Val – Met – End – Gly – Leu – Leu – Asp – Arg – Arg – Gln – End- Arg GAC ACC CCG UUC CAC UUG CAC CUA CUU CAA CCA CCA CUC CGG GAC Asp – Thr – Pro – Phe – His – Leu – His – Leu – Leu -Gln – Pro – Pro – Leu – Arg – Asp CCG UCC GAC GAC CAC CAG AUG GGA ACC UGA GUC UCC AAG AAA CUC Pro – Ser – Asp – Asp – His – Gln – Met – Gly – Thr – End – Val – Ser – Lys –Lys- Leu AGG AAA CCC CUA GAC AGG UGA GGA CUA CGA CAA UAC CCG UUG GGA Arg – Lys – Pro – Leu – Asp – Arg – End – Gly – Leu – Arg – Gln – Tyr – Pro–Leu- Gly UUC CAC UUC CGA GUA CCG UUC UUU CAC GAG CCA CGG AAA UCA CUA Phe – His – Phe – Arg – Val – Pro – Phe – Phe – His – Glu – Pro – Arg – Lys – Ser – Leu CCG GAC CGAGUG GAC CUG UUG GAG UUC CCG UGG AAA CGG UGU GAC Pro – Asp – Arg – Val – Asp – Leu – Leu – Glu – Phe – Pro –Trp – Lys – Ag –Cys – Asp UCA CUC GAC GUG ACA CUG UUC GAC GUG CAC CUA GGA CUC UUG AAG Ser – Leu – Asp – Val – Thr – Leu – Phe – Asp – Val – His – Leu – Gly –Leu –Leu - Lys UCC GAG GAC CCG UUG CAC GAC CAG ACA CAC GAC CGG GUA GUG AAA Ser – Glu – Asp – Pro – Leu – His – Asp – Gln – Thr – His – Asp – Arg – Val – Val- Lys



CCG UUU CUU AAG UGG GGU GGU CAC GUG CGA CGG AUA GUC UUU CAC PrO – Phe – Leu – Lys – Trp – Gly – Gly – His – Val – Arg – Ag – Ile – Val – Phe- His CAC CGA CCA CAC CGA UUA CGG GAC CGG GUG UUC AUA GUG AUU3’ His – Arg – Pro – His – Arg – Leu – Arg – Asp – Arg – Val – Phe – Ile – Val – Ile Penghilangan (delisi) ini mengakibatkan bergesernya basa-basa sehingga terjadi perubahan pembacaan asam amino dan mengakibatkan hampir seluruh asam amino yang terbaca berubah dari kondisi normal. Hal ini menghasilkan rantai yang tidak dikenali oleh tubuh dan menyebabkan protein nonfungsional menumpuk ( menjadi penyakit dalam tubuh seperti kanker, anemia,hemofilia, buta warna, dll ).