Critical Journal Report "Genetika Mikroba" [PDF]

Citation preview

CRITICAL JOURNAL REPORT “GENETIKA MIKROBA” Dosen Pengampu : ENDANG SULISTYARINI GULTOM, Ssi, Msi, Apt.



DISUSUN OLEH : KELOMPOK 7



NAMA



: NURAFNI DIANA



(4191151010)



PELENTINA SIMANGUNSONG (4192451011) NOVA LINDA Y SINGA



(4193351016)



REGINA KEZIA A SITUMORANG KELAS



: PENDIDIKAN IPA B 2019



M.KULIAH



: MIKROBIOLOGI



(4193151009)



JURUSAN BIOLOGI PRODI PENDIDIKAN IPA FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM UNIVERSITAS NEGERI MEDAN 2021



1



KATA PENGANTAR



Puji syukur kami panjatkan kehadirat Allah SWT Tuhan Yang Maha Esa yang telah memberikan kami rahmat, kesehatan dan kesempatan, sehingga kami dapat menyusun atau menyelesaikan tugas CJR “Genetika Mikroba”. Penulisan ini disajikan secara ringkas dan sederhana sesuai dengan kemampuan yang kami miliki, dan tugas ini disusun dalam rangka memenuhi tugas KKNI pada mata kuliah Mikrobiologi. Dalam penyusunan tugas ini banyak kesalahan dan kekurangan, oleh karena itu kritik yang membangun dari semua pihak sangat kami harapkan demi kesempurnaan tugas ini, dan dalam kesempatan ini kami mengucapkan terimakasih kepada pihak-pihak yang telah membantu dan secara khusus kami berterimakasih kepada Ibu Dosen Pengampu dan seluruh pihak yang terkait karena telah memberikan bimbingannya kepada kami untuk menyelesaikan tugas ini hingga selesai.



Medan, September 2021



KELOMPOK 7



i



DAFTAR ISI



KATA PENGANTAR DAFTAR ISI BAB I PENDAHULUAN A. Rasionalisasi Pentingnya CJR B. Tujuan C. Identitas Jurnal BAB II RINGKASAN ISI JURNAL A. B. C. D. E.



Ringkasan Jurnal Pertama Ringkasan Jurnal Kedua Ringkasan Jurnal Ketiga Ringkasan Jurnal Keempat Ringkasan Jurnal Kelima



BAB III KEUNGGULAN PENELITIAN A. B. C. D.



Kegayutan antar Elemen Originalitas Temuan Kemutahiran Masalah Kohesi dan Koherensi Isi Penelitian



BAB IV KELEMAHAN ARTIKEL / HASIL PENELITIAN A. B. C. D.



Kegayutan antar Elemen Originalitas Temuan Kemutahiran Masalah Kohesi dan Koherensi Isi Penelitian



BAB V IMPLIKASI TERHADAP A. Teori B. Program Pembangunan di Indonesia C. Pembahasan dan Analisis BAB VI PENUTUP A. Kesimpulan B. Saran DAFTAR PUSTAKA ii



BAB I PENDAHULUAN A. Rasionalisasi Pentingnya CJR Mengkritik jurnal pada dasarnya adalah aktivitas untuk mendeskripsikan dan menganalisis isi jurnal yang ditulis orang lain. Kritik bisa berisi seluruh jurnal atau meringkasnya. Pada kritik jurnal dideskripsikan adalah poin-poin penting yang menurut pengkritik menarik dan penting disampaikan. Kemudian, poin-poin itu dianalisis dan dikritik akan mengurai dasar pijakan mengapa si penulis jurnal menulis naskah atau konsep itu; setuju tidaknya pengkritik terhadap apa yang ditulis penulis dengan menyampaikan alasan pengkritik .Pengkritik bisa menggunakan teori atau konsep lain dari para pakar lain (bisa dari buku atau jurnal lain). Biasanya pengkritik akan menyampaikan hal-hal positif dan hal-hal yang perlu diperbaiki lagi. Kritik jurnal sangat penting dilakukan, terutama untuk mahasiswa. Kritik jurnal dilakukan untuk menelaah dan meninjau kembali konsep yang disampaikan penulis jurnal atau teori yang disampaikan oleh pakar. Kritik jurnal juga dilakukan dalam rangka pengembangan konsep ilmu pengetahuan terutama di bidang pendidikan. Peninjauan kembali terhadap beberapa konsep mengenai hakikat, landasan dan asas-asas pendidikan sangat penting dilakukan untuk perkembangan ilmu pengetahuan terkhusus pendidikan. B. Tujuan Tujuan dari pembuatan Critical Journal Review (CJR) ini adalah mengembangkan budaya membaca, kemampuan berpikir sistematis dan kritis, kemampuan mengekspresikan pendapat dalam memandang suatu buku yang akan direview, kemampuan berfikir logis, kemampuan menulis karyailmiah, dan kemampuan menyampaikan, menggunakan dan mengaplikasikan ilmu mereview untuk menjadi suatu sistem yang terpada dalam pengembangan keilmuannya khsusnya dalam bidang mikrobiologi yang mecakup, Genetika Mikroorganisme. C. Identitas Jurna Identitas Jurnal ke 1 



  



Judul : ANALISIS KERAGAMAN GENETIK ISOLAT BAKTERI Xanthomonas Oryzae pv. Orizae DARI JAWA BARAT DAN JAWA TENGAH BERDASARKAN ANALISIS ARDRA GEN 16SrRNA Jurnal : FIT PATOLOGI INDONESIA Halaman : 53-60 Penulis : Yadi Suryadi, dkk iii







ISSN



:2339-2479



Identitas Jurnal ke 2 



   



Judul GENETIKA MILITUS Jurnal Halaman Penulis ISSN



: PEMBUATAN BERAS INSULIN MELALUI REKAYASA SEBAGAI ALTERNATIF PENCEGAHAN PENYAKIT DIABETES : Kajian pendidikan widya FKIP Universitas Dwijendra : 65-74 : I Putu Edy Purnawijaya : 2085-0018



Identitas Jurnal ke 3     



Judul : Analisis keragaman genetik bakteri dalam bioflok dengan teknik ARDRA gen 16S-rRNA Jurnal : Akuakultur Indonesia Halaman : 128-135 Penulis : Widanarni, dkk ISSN :-



Identitas Jurnal Ke 4     



Judul : Peningkatan Kemampuan Mikroba Pelarut Fosfat dan Kalium Melalui Teknik Mutasi Iradiasi Gamma Jurnal : Ilmiah Aplikasi Isotop dan Radiasi Halaman : 67-76 Penulis : D. K. T. Sukmadewi1*, I. Anas1 , R. Widyastuti1 , A. Citraresmini2 ISSN : 2527-6433



Identitas Jurnal Ke 5     



Judul Jurnal Halaman Penulis ISSN



: Explorasi Mikroba Beraroma dari Bahan Alam : Penelitian Pendidikan IPA : 136-143 : Prapapti Sedijadi, Dewa Ayu Citra Rasmi, Syamsul Bahri : 2407-795X



iv



v



BAB II RINGKASAN



A. Ringkasan Jurnal Pertama Bakteri Xanthomonas oryzae pv. oryzae merupakan patogen penyebab penyakit hawar daun bakteri (HDB) pada padi. Serangan penyakit HDB menyebabkan turunnya produksi padi dan dapat menyebabkan kehilangan hasil panen. Tahun 2010 luas lahan yang terserang penyakit HDB sebesar 54 796 ha dan serangan ini meningkat pada masa tanam 2010-2011 menjadi sebesar 64 123 ha (Direktorat Perlindungan Tanaman Pangan 2011). Pengendalian penyakit HDB melalui pengembangan varietas tahan HDB merupakan salah satu cara yang efektif, murah, dan mudah diterapkan pada petani. Keragaman genetika yang luas pada bakteri X. oryzae pv. oryzae di berbagai daerah di Indonesia memerlukan pengembangan varietas padi yang tahan dan harus disesuaikan dengan penyebaran galur atau patotipenya. Analisis keragaman genetik untuk karakterisasi patogen X. oryzae pv. oryzae dapat dilakukan menggunakan teknik molekuler karena cepat dan sensitif. Gen 16SrRNA dapat dilakukan dengan metode restriction fragment length polymorphism (RFLP) berdasarkan analisis pengukuran perbedaan panjang fragmen DNA yang dihasilkan oleh pemotongan enzim restriksi yang disebut amplified rDNA restriction analysis (ARDRA) (Schlegel et al. 2003). Berdasarkan pola pita yang dihasilkan dari pemotongan enzim restriksi, pohon filogenetika dapat direkonstruksi dan dapat mengelompokkan bakteri berdasarkan jarak genetikanya. Identifikasi keragaman genetika isolat bakteri X. oryzae pv. oryzae dari berbagai daerah di Indonesia, diharapkan dapat membantu pengembangan varietas padi tahan penyakit HDB. Tujuan penelitian ialah mengarakterisasi keragaman genetik 15 isolat X. oryzae pv. oryzae yang diperoleh dari beberapa daerah di Jawa Barat dan Jawa Tengah menggunakan analisis ARDRA. Isolat Xanthomonas oryzae pv. oryzae dan Isolasi DNA Sebanyak 15 isolat bakteri X. oryzae pv. oryzae yang berasal dari beberapa daerah di Jawa Barat dan Jawa Tengah (Tabel 1) diisolasi pada medium agar-agar Wakimoto (AW) (larutan sari kentang, 0.125 g Ca(NO3 )2 . 4H2 O, 0.5 g Na2 HPO4 . 12H2 O, 3.75 g sukrosa, dan 1.25 g pepton dengan pH 7-8). Isolat murni bakteri diremajakan pada agar-agar miring medium AW dan diinkubasi selama kurang 3-5 hari sampai muncul koloni berwarna kuning dan berlendir. Isolasi DNA genom bakteri dilakukan menggunakan metode Lazo et al. (1987) yang dimodifikasi. Amplifikasi Gen 16S-rRNA dan Pemotongan dengan Enzim Restriksi RsaI Hasil amplifikasi gen 16SrRNA dari masing-masing sampel dipotong dengan enzim restriksi RsaI yang mempunyai situs pemotongan (5’-GTAC). Reaksi pemotongan terdiri atas 10 µL produk PCR, 18 µL ddH2 O, 2 µL 10x bufer Tango, dan 1 µL enzim restriksi. Campuran tersebut diinkubasi pada suhu 37 °C selama ± 20 jam. 6



Hasil pemotongan dielektroforesis pada gel agarosa dengan metode yang sama untuk visualisasi amplikon PCR. Hasil visualisasi dijadikan data biner terhadap pola pita yang terbentuk dan dibuat pohon filogenetikanya menginkuti program MVSP 3.2 dengan metode unweighted pair group method arithmetic mean (UPGMA). ARDRA merupakan teknik RFLP yang digunakan untuk mengetahui perbedaan jenis bakteri, misalnya berdasarkan gen ribosomal DNA seperti 16SrRNA. Teknik ini menggunakan enzim restriksi untuk melihat polimorfisme dalam genom organisme. Situs enzim restriksi dari genom suatu kelompok organisme yang kemudian berubah karena mutasi atau berpindah karena genetic rearrangement dapat menyebabkan situs tersebut tidak lagi dikenali oleh enzim atau enzim restriksi akan memotong daerah lain yang berbeda. Proses ini menyebabkan terbentuknya fragmen-fragmen DNA yang berbeda ukurannya antara satu organisme dengan organisme lainnya. Polimorfisme ini selanjutnya digunakan sebagai dasar untuk membuat pohon filogenetika atau dendogram kekerabatan kelompok (Sasaki et al. 2004). Enzim restriksi yang digunakan untuk memotong produk PCR 16SrRNA dari 15 isolat X. oryzae pv. oryzae, yaitu RsaI. Enzim RsaI merupakan enzim endonuklease restriksi tetramerik atau memiliki sisi pengenalan empat basa sehingga bila penyebaran nukleotida terjadi secara acak pada organisme dengan G+C sekitar 50% maka sekitar 256 pb dapat diharapkan memiliki satu sisi pengenalan. Enzim restriksi tersebut menghasilkan sejumlah besar fragmen yang bervariasi ukurannya (Susilowati et al. 2010). Enzim restriksi RsaI memotong dengan sifat blunt end pada situs 5’...GT↓AC...3’ dan 3’...CA↑TG...5’. Pemotongan dengan RsaI pada isolat X. oryzae pv. oryzae yang diuji menghasilkan 13 pola pita ARDRA yang berbeda. Pengelompokan tersebut berdasarkan kesamaan di situs pemotongan enzim restriksi RsaI pada setiap spesies. Isolat X. oryzae pv. oryzae dengan kode 29d, 59pml, dan 60pml memiliki hasil pola pita yang sama sehingga dikelompokkan dalam satu pola pita. Kesamaan pola yang dihasilkan isolat X. oryzae pv. oryzae 59pml dan 60pml tersebut dapat disebabkan oleh kesamaan daerah asal kedua isolat tersebut, yaitu Pemalang. Isolat Xoo29d berasal dari Subang, namun memiliki pola pita yang sama dengan isolat 59pml dan 60pml. Hal ini dapat diartikan bahwa ketiga isolat tersebut memiliki kekerabatan yang sangat dekat meskipun berasal dari daerah yang berbeda. Hasil penelitian menunjukkan adanya keragaman genetika antar isolat yang diuji meskipun isolat diperoleh dari daerah yang sama atau berbeda lokasi khususnya di Jawa Barat dan Jawa Tengah. Dengan demikian, pergiliran tanaman akan semakin kompleks mengingat dominansi patotipe X. oryzae pv. oryzae akan berbeda antar lokasi di Indonesia. Keragaman genetik ini dilaporkan juga terjadi di Filipina oleh Ardales et al. (1996) yang melaporkan adanya perbedaan genetika yang cukup besar antar struktur populasi X. oryzae pv. oryzae yang diperoleh pada tingkat agroekosistem, area pengambilan contoh antar lapangan dan jenis kultivar.



7



Berdasarkan pohon filogenetika yang terbentuk, X. oryzae pv. oryzae isolat 1/96pml dan 61pml terdapat dalam satu percabangan dengan isolat 29d, 59pml, dan 60pml. Isolat 1/96pml dan 61pml berasal dari daerah yang sama dengan isolat 59pml dan 60pml, yaitu Pemalang. Meskipun memiliki pola pita yang berbeda, namun dapat diartikan bahwa isolat 1/96pml dan 61pml memiliki kekerabatan yang cukup dekat dengan isolat 29d, 59pml, dan 60pml. Selanjutnya, isolat X. oryzae pv. oryzae 5mgl (Doroyudan) memiliki satu percabangan dengan isolat 23d, 28d, 10sbg, dan 8myd. X. oryzae pv. oryzae 23d dan 28d berada dalam satu percabangan kecil. Kedua isolat tersebut berada dalam daerah yang berbeda, namun memiliki kekerabatan yang cukup dekat. X. oryzae pv. oryzae 10sbg dan 8myd juga berada dalam satu percabangan kecil yang lain. Kedua isolat X. oryzae pv. oryzae ini juga berasal dari daerah yang berbeda, namun memiliki kekerabatan yang cukup dekat. Percabangan lain yang terbentuk, yaitu isolat X. oryzae pv. oryzae 6klt, 3ind, dan 2kr. Isolat 6klt berasal dari Klaten, 3ind dari Indramayu, dan 2kr dari Karawang. Ketiga isolat ini memiliki kekerabatan yang juga cukup dekat meskipun berasal dari daerah yang berbeda. Isolat Xoo1kr yang berasal dari daerah yang sama dengan isolat 2kr (Karawang) terdapat dalam percabangan yang berbeda, namun masih dalam satu klaster besar yang sama. Isolat X. oryzae pv. oryzae 4mgl (Pabelan, Magelang) berada dalam klaster yang berbeda dengan isolat lain yang diuji. Hal ini menunjukkan kekerabatan isolat 4mgl dengan yang lainnya cukup jauh. Hasil ini dapat memudahkan dalam deteksi X. oryzae pv. oryzae di lapangan dan sekaligus untuk pengendalian penyakit (Onasanya et al. 2010). Sebanyak 15 isolat X. oryzae pv. oryzae yang diuji yang berasal dari beberapa daerah di Jawa Barat dan Jawa Tengah, secara genetika menunjukkan keragaman yang cukup tinggi. Berdasarkan analisis gen 16SrRNA, diperoleh sebanyak 13 pola pita ARDRA yang berbeda. Analisis pohon filogenetika menunjukkan bahwa antara isolat X. oryzae pv. oryzae yang berasal dari daerah yang berbeda dapat memiliki kekerabatan yang cukup dekat secara genetik. B. Ringkasan Jurnal Kedua Rekayasa genetika dalah suatu proses manipulasi gen yang bertujuan untuk mendapatkan organisme yang unggul. Secara ilmiah, rekayasa genetika adalah manipulasi genetik atau organisme. Rekayasa genetika merupakan proses buatan/sintesis dengan menggunakan teknologi DNA rekombinan. Hasil dari rekayasa genetika adalah sebuah organisme yang memiliki sifat yang diinginkan atau organisme dengan sifat unggul, organisme tersebut sering disebut sebagai organisme transgenik. Prinsip dasar teknologi rekayasa genetika adalah memanipulasi atau melakukan perubahan susunan asam nukleat dari DNA (gen) atau menyelipkan gen baru ke dalam struktur DNA organisme penerima. Gen yang diselipkan dan organisme penerima dapat berasal dari organisme apa saja. Misalnya gen dari bakteri bisa diselipkan di kromosom tanaman. Teknologi yang dikenal sebagai teknologi DNA rekombinan, atau dengan istilah yang lebih populer rekayasa genetika, ini melibatkan upaya perbanyakan gen



8



tertentu di dalam suatu sel yang bukan sel alaminya. Banyak defenisi yang telah mendeskripsikan pengertian teknologi DNA rekombinan adalah pembentukan kombinasi materi genetic yang baru dengan cara menyisipkan molekul DNA kedalam suatu vector sehingga memungkinkannya untuk terintegrasi dan mengalami perbanyakan didalam suatu sel organisme lain yang berperan sebagai sel inang. Pada dasarnya upaya untuk medapatkan sesuatu produk yang di inginkan melalui teknologi DNA rekombinan melibatkan beberapa tahapan tertentu. Tahapantahapan tersebut adalah isolasi DNA kromosom yang akan diklon, pemotongan molekul DNA menjadi sejumlah fragmen dengan berbagai ukuran, isolasi DNA vector, penyisipan fragmen DNA kedalam vector untuk menghasilkan molekul DNA rekombinan, reisolasi molekul DNA rekombinan dari sel inang, dan analisis DNA rekombinan. Bakteri Agrobacterium Agrobacterium adalah bakteri pathogen pada tanaman yang banyak digunakan untuk memasukkan gen asing kedalam sel tanaman untuk menghasilkan tanaman transgenic. Secara alami Agrobacterium dapat mengidentifikasi bagian tanaman yang terluka sehingga menyebabkan tumor mahkota empedu. Sebagian genus Agrobacterium menyebabkan tumor pada tanaman dikotil dan bisa juga pada tanaman monokotil. Spesies Agrobacterium tergolong bakteri gram negatif yang tergolong bakteri aerob dan mampu hidup baik sebagai saprofit maupun parasite. Agrobacterium berbentuk batang, berukuran 1,5 – 3,0 cm dalam bentuk tunggal atau berpasangan. Bakteri Agrobacterium dapat digunakan dalam teknik “#S rekombinaan pada padi. Bakteri ini digunakan untuk menyisipkan gen kedalam genon tanaman. Insulin Insulin adalah hormone yang diproduksi oleh organ pancreas yang dilepaskan kedalam aliran darah oleh beta sel yang ditemukan di daerah pulau Langerhans. Insulin dibentuk dari proinsulin yang bila kemudian distimulasi, terutama oleh peningkatan kadar glukosa darah akan terbelah untuk menghasilakn insulin dan peptide penghubung (C-peetide) yang masuk dalam aliran darah dalam jumlah ekuimolar. Insulin mempunyai beberapa pengaruh dalam jaringan tubuh. Insulin menstimulasi pemasukan asam amino kedalam sel kemudian meningkatkan sintesa protein. Insulin adalah hormon yang mengendalikan gula darah. Tubuh menyerap mayoritas karbohidrat sebagai glukosa (gula darah). Dengan meningkatnya gula darah setelah makan, pancreas melepaskan insulin yang membantu membawa gula darah kedalam sel untuk digunakan sebagai bahan bakar dalam proses metabolism atau disimpan sebagai lemak apabila kelebihan. Insulin menjaga keseimbangan glukosa dalam darah dan bertindak meningkatkan pengambilan glukosa oleh sel badan. Kegagalan badan untuk



9



menghasilkan insulin, atau jumlah insulin yang tidak mencukupi akan menyebabkan glukosa tidak dapat masuk kedalam sel untuk proses metabolism. Sehingga glukosa di dalam darah meningkat dan menyebabkan diabetes mellitus. a. Proses Pembuatan Insulin pada E.Coli dengan menggunakan teknologi DNA Rekombinan Sebagai suplayer insulin dari bakteri E.Coli Langkah pertama adalah dengan mengisolasi plasmid E. Coli. Plasmid adalah salah satu bahan genetic bakteri yang berupa untaian DNAberbentuk lingkaran kecil. Selain plasmid, bakteri juga memiliki kromosom. Langkah kedua,plasmid yang telah diisolir dipotong pada segmen tertentu menggunakan enzim restriksi endonuklease. Sementara itu DNA yang di isolasi dari sel pancreas dipotong pada suatu segmen untuk mengambil segmen pengkode insulin. Pemotongan dilakukan dengan enzim yang sama yaitu enzim retriksi. Langkah ketiga, DNA kode insulin dari pankreas tersebut disambungkan pada plasmid menggunakan bantuan enzim DNA ligase. Hasilnya adalah kombinasi DNA kode insulin dengan plasmid bakteri yang disebut DNA rekombinan. Langkah keempat, plasmid yang sudah mengandung DNA insulin disisipkan kembali ke sel bakteri. Bakteri E.Coli mengandung insulin dari teknik plasmid yang menggunakan teknologi DNA rekombinan. b. Proses penyisipan gen bakteri E.Coli (pembawa gen insulin) ke bakteri Agrobacterium tumefaciens (Sebagai vector) Pada proses penyisipan gen DNA berinsulin pada bakteri E. Coli ke bakteri Agrobacterium tumefaciens harus memperhatikan ukuran dari jenis bakteri. Pada bakteri E. Coli memiliki bentuk badan dan plasmid yang hampir sama dengan Agrobacterium tumefaciens, serta memiliki bentuk tubuh yang berbentu batang. Dari ukuran mereka yang hampir tersebutmaka gen pembawa insulin dari bakteri E.coli dapat disisipkan ke dalam plasmid bakteri Agrobacterium tumefaciens. Adapun langkahlangkahnya sebagai berikut. Pertama, mengeluarkan plasmid bakteri Agrobacterium tumefaciens. Kedua, mengisolasi gen DNA insulin yang ada pada bakteri E. Coli. Ketiga, memotong plasmid pada segmen tertentu menggunakan enzim restriksi endonuklease. Keempat, gen DNA dari bakteri E. Coli tersebut disambungkan pada plasmid Ti pada bakter Agrobacterium tumefaciens menggunakan enzim DNA ligase. Hasilnya adalah kombinasi DNA insulin dengan plasmid bakteri yang disebut DNA rekombinan. Kelima, DNA Rekombinan terbentuk disispkan kembali ke sel bakteri Agrobacterium tumefaciens. Keenam, bakteri Agrobacterium tumefaciens mengandung indulin dari teknik plasmid yang menggunakan teknologi DNA rekombinan. c. Penyisipan Gen Agrobacterium tumefaciens Berinsulin ke dalam Gen padi (Oriza Sativa) Ada beberapa langkah yang harus dilakukan dalam tahapan ini antara lain sebagai berikut. Pertama, melakukan sekuensing pada DNA tanaman untuk gen yang



10



akan diubah diidentifikasinya dan diperoleh dari organism donor /bakteri Agrobacterium tumefaciens. Sekuensing ini dapat dilakukan dengan mengacu pada informasi yang diketahui berkaitan dengan urutan dari gen yang akan dipilih, selanjutnya diikuti dengan pemindahan gen bakteri Agrobacterium tumefaciens. Kedua, gen yang diinginkan dikeluarkan dari bakteri Agrobacterium tumefaciens melalui penggunaan enzim spesifik yang dekenal dengan enzim restriksi. Langkah ketiga, gen yang diinginkan kemudian polimer melalui polymerase (hain rea tion, yaitu metode untuk memperkuat DNA dan menghasilkan sejumlah gen yang bisa diterapkan ke tanaman. Langkah Keempat, melakukan metode elektroporasi yaitu dikejutkan dengan listrik tegangan tinggi melalui larutan yang mengandung protoplas. Kejutan listrik ini menyebabkan sel membrane plasma (semipermiabel) untuk sementara tidak stabil dengan membentuk pori-pori kecil, melalui pori-pori ini, bakteri Agrobacterium tumefaciens yang mengandung insulin dapat masuk melalui proses difusi. Ada beberapa tahapan yang harus dilakukan yaitu sebagai berikut. DNA ang masuk ke nukleus akan diinjeksikan dalam bentuk transfer plasmid-Ti yang dipindah ke kromosom dan menjadi satu dalam DNA tanaman padi. Selanjutnya pemberian kejutan listrik dan injeksi, sel membran plasma terbentuk kembali. dinding sel juga terbentuk kembali melalui proses pembalikan. Kemudian sel-sel yang baru saja diubah tersebut kemudian menghasilkan jenis sel yang unik yang membentuk padi dengan terdapat gen Insulin didalamnya. Sel baru yang menjadi tanaman padi berinsulin, dapat terbentuk ketika sel tanaman padi sudah terinfeksi oleh bakteri yang telah membawa DNA rekombinan baru yang mengandung gen insulin, sehingga DNA yang mengandung gen insulin, berintroduksi ke sel tumbuhan dengan membawa gen baru pada kromosom tumbuhan, kemudian akan terjadi proses regenerasi tanaman dengan sifat baru. Tahapan selanjutnya akan menghasilkan beras yang mengandung insulin. C. Ringkasan Jurnal Ketiga Peningkatan produksi budidaya melalui penerapan budidaya intensif telah menjadi pilihan untuk menunjang perkembangan industri akuakultur. Sistem budidaya intensif, tingginya kepadatan ikan dan jumlah pakan yang diberikan akan menyebabkan terjadinya akumulasi limbah organik pada lingkungan budidaya. Peningkatan level limbah organik menyebabkan terjadinya peningkatan amonia dan nitrit yang berbahaya bagi spesies budidaya. Metode yang potensial untuk dikembangkan dalam rangka mengurangi limbah ini adalah teknologi bioflok (De Schryveret al., 2008). Teknologi bioflok ini didasarkan pada kemampuan bakteri heterotrof dalam memanfaatkan nitrogen organik dan anorganik menjadi biomassa bakteri melalui penambahan bahan karbon organik yang dapat meningkatkan C/N rasio perairan (Avnimelech, 2007; De Schryver et al., 2008; Ekasari et al., 2010). Flok bakteri tersusun atas campuran



11



berbagai jenis mikroorganisme (bakteri pembentuk flok, bakteri filamen, fungi), partikel-partikel tersuspensi, berbagai koloid dan polimer organik, berbagai kation dan sel-sel mati (De Schryver et al., 2008). Selain flok bakteri, berbagai jenis organisme lain juga ditemukan dalam bioflok seperti protozoa,rotifer, dan oligochaeta (Azim et al., 2007; Ekasari et al., 2010). Bakteri merupakan penyusun utama dan memegang peranan penting dalam sistem budidaya dengan teknologi bioflok (De Schryver, 2010). Informasi mengenai keragaman genetika bakteri bioflok sangat berguna untuk mengelola populasi bakteri dan mendapatkan bakteri yang potensial untuk dikembangkan,



dalam



rangka



meningkatkan



efektivitas



peran



bakteri



dan



pengembangan aplikasi teknologi bioflok.Aplikasi teknik molekular untuk menganalisis keragaman genetika mikroba baik yang dapat dikultur maupun tidak yaitu analisis gen 16S-rRNA dengan polymerase chain reaction (PCR). Gen 16S-rRNA merupakan gen yang terdapat pada semua prokariota dan memiliki bagian atau sekuen konservatif dan sekuen lainnya yang sangat bervariasi (Madigan et al., 2003). Analisis gen 16S-rRNA telah digunakan sebagai parameter sistematik molekular yang universal, representatif, dan praktis untuk mengkonstruksi kekerabatan filogenetik pada tingkat spesies (Madigan et al., 2003). Analisis keragaman genetika yang cepat, sederhana, dan murah untuk menelaah profil DNA gen 16S-rRNA hasil amplifikasi dari PCR dapat dilakukan dengan teknik amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA). Teknik ARDRA dilakukan dengan cara mengamplifikasi gen 16S-rRNA dengan primer yang disesuaikan dengan sampel DNA yang akan dianalisis (Marchesi et al., 1998). Marchesi et al. (1998) telah mendesain primer 63f dan 1387r untuk amplifikasi gen 16S-rRNA yang memungkinkan untuk menduga keragaman bakteri yang berasal dari lingkungan. Hasil amplifikasi 16S-rRNA ini kemudian dipotong dengan enzim restriksi. Pola hasil pemotongan dengan enzim restriksi ini dapat digunakan untuk memperkirakan status dan keragaman genetik dari jenis bakteri yang ada. Metode tersebut didasarkan pada prinsip pemotongan enzim restriksi yang spesifik pada bagian tertentu dari gen 16SrRNA sehingga dapat menunjukkan pohon filogenetika yang berbeda untuk setiap jenis prokariota. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keragaman genetika bakteri media pemeliharaan ikan nila pada teknologi budidaya bioflok. D. Ringkasan Jurnal Keempat



12



Materi genetic Bahan penelitian yang digunakan adalah mikroba tanah pelarut fosfat dan kalium koleksi Laboratorium Bioteknologi Tanah, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor. Isolat bakteri diremajakan pada media Nutrient Agar (NA), sedangkan isolat fungi diremajakan pada media Potato Dextrose Agar (PDA). Uji patogenitas yang telah dilakukan terhadap mikroba meliputi uji hipersensitif dan hemolisis. Uji hipersensitif pada bakteri menggunakan tanaman tembakau varietas Xanthy, sedangkan pada fungi menggunakan benih padi varietas Ciherang. Isolat yang bersifat nonpatogen, telah diuji kemampuannya dalam melarutkan fosfat dan kalium. Dari hasil tersebut dipilih satu isolat bakteri dan fungi paling unggul yaitu isolat BPK 5 dan isolat FPF 4. Bahan lain yang digunakan adalah media Pikovskaya dengan sumber fosfat Ca3PO4, media Alexandrov dengan feldspar dari Malang, Jawa Timur sebagai sumber kalium yang tidak larut, media blood agar, kloramfenicol. Iradiasi gamma Iradiasi gamma dan isolasi mikroba setelah iradiasi dilakukan dengan metode modifikasi. Mikroba yang akan diiradiasi mendapat perlakuan kering beku terlebih dahulu. Proses kering beku (freeze drying) dilakukan dengan penambahan bahan pelindung skim milk. Mikroba yang sudah mengalami proses kering beku (freeze drying) kemudian diiradiasi dengan sinar gamma dari sumber dengan 7 taraf dosis radiasi, yaitu 0; 1; 2,5; 5; 7,5; 10 dan 15 kGy. Pada penelitian ini digunakan dosis iradiasi dengan kisaran yang lebih tinggi yaitu mendekati dosis sterilisasi, dengan harapan daya adaptasi dan kemampuan dari mikroba tersebut juga akan semakin meningkat. Bakteri dan fungi yang telah diiradiasi kemudian diencerkan (dilusi) dan diinokulasikan menggunakan metode spread plate ke dalam media yang spesifik. Bakteri dikembangbiakan pada media Alexandrov karena kemampuan utamanya melarutkan kalium, sedangkan untuk fungi pada media Pikovskaya karena kemampuan utamanya melarutkan fosfat. Hasil isolasi bakteri diinkubasi selama 72 jam, sedangkan untuk fungi diinkubasi selama 120 jam. Bakteri dan fungi yang tumbuh diamati, zona beningnya, bentuk, warna, serta dihitung jumlah koloninya. Uji kemampuan mikroba pelarut fosfat dan kalium setelah iradiasi Jumlah populasi mikroba diseragamkan terlebih dahulu, untuk bakteri ± 108 SPK/mL dan fungi ±106 SPK/mL. Mikroba pelarut fosfat ditumbuhkan ke dalam media Pikovskaya dengan sumber fosfat Ca3PO4 sedangkan untuk mikroba pelarut kalium pada media Alexandrov dengan sumber kalium yaitu feldspar (KAlSi3O8) yang berasal dari Malang, Jawa Timur. Isolat bakteri diinkubasi selama 72 jam, sedangkan fungi selama 120 jam . Mikroba yang mampu melarutkan fosfat dan kalium akan membentuk zona bening yang muncul di sekitar koloni. Hasil indeks kelarutan fosfat dan kalium terbaik dari masing-masing dosis iradiasi diuji lebih lanjut kemampuannya dalam melarutkan fosfat dan kalium pada



13



media cair. Pengujian fosfat terlarut dengan menginokulasikan mikroba ke dalam media Pikovskaya cair. Kontrol negatif yang digunakan adalah media tanpa diinokulasikan mikroba, sedangkan untuk kontrol positif digunakan media yang diinokulasikan mikroba yang tidak diiradiasi. Perlakuan dalam media Pikovskaya cair yang diinokulasi dengan bakteri diinkubasi selama 168 jam dalam kondisi dikocok menggunakan shaker, sedangkan pada fungi tanpa dikocok. Sampel yang telah diinkubasi selama 168 jam kemudian disentrifus dengan kecepatan 2500 rpm selama 25 menit. Supernatan hasil sentrifus disaring menggunakan kertas saring. Hasil dari saringan tersebut kemudian dipipet sebanyak 5 ml ke dalam tabung reaksi dan ditambahkan dengan larutan pereaksi PB (asam borat 0,5 % ; amonium molibdat 0,38%; HCl 7,5%) kemudian ditambahkan 5 tetes larutan pereduksi Larutan tersebut kemudian diukur absorbansinya menggunakan spektrofotometer dengan panjang gelombang 660 nm. Sebelum pengukuran dibuat larutan standar menggunakan KH2PO4 [16], [17]. Pengujian kalium terlarut, dilakukan dengan menginokulasikan mikroba ke dalam media Alexandrov cair dan diinkubasi selama 168 jam dalam kondisi dikocok menggunakan shaker, sedangkan pada fungi tanpa dikocok. Sampel yang telah diinkubasi kemudian disentrifugasi dengan kecepatan 2500 rpm selama 25 menit. Supernatan hasil sentrifus disaring menggunakan kertas saring [3]. Hasil saringan dari supernatan tersebut diukur menggunakan flame fotometer untuk mengetahui kandungan kalium yang terlarut serta diukur pula pH akhir dari supernatan tersebut. Sebelum melakukan pengukuran disiapkan larutan standar K Analisis molekuler pada DNA bakteri dan fungi Bakteri dan fungi Bakteri dan fungi Bakteri dan fungi yang diuji pada tingkat molekuler adalah mutan bakteri dan fungi yang memiliki kemampuan paling unggul serta kontrol dari masing-masing bakteri dan fungi. Isolat mutan bakteri yang digunakan yaitu isolat 1 dosis 7,5 kGy, sedangkan untuk fungi digunakan isolat 1 dosis 2,5 kGy. Tahapan awal uji molekuler adalah ekstraksi DNA, yang selanjutnya diperbanyak dengan reaksi PCR (Polymerase Chain Reaction). Larutan reaksi PCR yang digunakan yaitu master mix (5 µL), primer forward 63F (0,4 µL), primer reverse 1387R (0,4 µl), template 1 µL (100 mg) dan NFW (3,2 µL). DNA hasil PCR selanjutnya mengalami proses pemurnian (elektroforesis) dan kemudian menjalani tahap sekuensing menggunakan primer 16S rRNA . Tahapan analisis DNA fungi adalah menumbuhkan pada membran selofan dan diinkubasi selama 5 hari. Setelah inkubasi dilakukan penggerusan sampai halus dan ditambahkan dengan 500 µL SDS buffer lisis. Suspensi tersebut dikocok bolak balik dan diinkubasi selama 30 menit. Suspensi tersebut kemudian diinkubasi dalam es selama 5 menit. Tahapan selanjutnya suspensi ditambahkan dengan 500 µL cloram isoprofanol. Suspensi disentrifus dengan kecepatan 12000 rpm selama 15 menit, kemudian diambil lapisan atasnya. Lapisan atas tersebut ditambahkan dengan 500 µL phenol cloroform isopropanol dan dikocok. Suspensi disentrifugasi dengan kecepatan 12000 rpm selama 15 menit. Lapisan atas ditambahkan 2 µL sodium acetat dan diinkubasi selama 12 jam. Setelah ekstraksi DNA dilanjutkan dengan tahap PCR 14



(Polymerase chain reaction). Larutan reaksi PCR yang digunakan yaitu template (6 µL), mix PCR (30 µL), primer ITS 4 (1,5 µL), primer ITS 5 (1,5 µL), dH2O 21 (µ. Tahapan yang dilakukan setelah PCR adalah elektroforesis dan kemudian disekuensing. Sekuen DNA yang didapatkan dari hasil sekuensing mutan bakteri dan fungi dikoreksi menggunakan software Mega 7.0 dan disambung (consensus) mengunakan BioEdit. Sekuen kontrol dan sekuen mutan disejajarkan (aligment) menggunakan program Mega 7.0 dan dilihat perubahan basa nitrogennya. E. Ringkasan Jurnal Kelima Penelitian ini didasari dari pengalaman pribadi ketika mengisolasi bakteri dari ikan asin yang ternyata diperoleh bakteri yang beraroma seperti ikan asin (tidak dipublikasikan). Timbul dugaan bahwa kemungkinan aroma pada bunga, buah atau jenis bahan alam lain juga terkait dengan keberadaan mikroba didalamnya. Studi literatur menunjukkan bahwa mikroba dapat menghasilkan senyawa volatile (bebrapa macam yeas menghasilkan senyawa beraroma (Vandamme, et. al., 2003). Termasuk didalamnya adalah senyawa yang memberi aroma khas pada bunga, buah atau tumbuhan tertentu. Sebagai contoh, aroma seperti bunga mawar dihasilkan oleh Rodotorulla minuta (yeast) dengan volatile citronellal, aroma kacang almond oleh Ischenoderma benzoinum (jamur) dengan volatil benzaldehyde, aroma jeruk oleh Pseudomonas sp (bakteri) dengan volatil isopulegol sedang aroma apel dan nanas oleh Clostridium butyricum (bakteri) dengan volatil asam butirat, lihat Table 1, yang menyajikan senyawa volatile yang dihasilkan oleh mikroba dan zat kimia yang dihasilkannya. Tiap jenis mikroba menghasilkan senyawa volatil yang berbeda. Citronellol dan geraniol termasuk senyawa monoterpen yang dapat dihasilkan oleh yeast Kluiveromyces lactis, dan dengan mengontrol medium dan suhu kultur produksinya dapat ditingkatkan. Senyawa volatil tersebut dapat berupa zat-zat yang menguntungkan, merugikan bahkan berbahaya bagi organism lain. Dilapornya senyawa volatile tertentu menjadi penanda keberadaan patogen tertentu yang dapat dideteksi dengan cepat menggunakan SEZI-MS. Isolasi Mikroba dari Bahan Alam Bahan atau sumber isolat adalah bunga mawar, bunga melati, bunga kamboja, batang sereh, buah kersen dan daun pandan. Bunga mawar diambil dari penduduk dekat botanical Garden, Narmada Lombok Barat. Sedang bahan lain dikumpulkan dari pasar local (Kebun roek dan Pasar perumnas, Mataram). Isolasi mikroba dilakukan tanpa sterilisasi untuk mengantisipasi adanya mikroba folosfer yang beraroma. Pemilihan bunga didasarkan pada puncak produksi aroma terjadi pada bunga yang baru saja mekar dari kuncup, yakni fase ke 4 perkembangan bunga. Satu gram bahan digerus menggunakan mortar dan pistil steril kemudian diencerkan dengan 1 ml aquadest steril, supernatant 20 L ditebar pada medium PDA + anti bakteri untuk mendapatkan isolate jamur dan pada medium Nutrient Agar + anti jamur untuk mendapatkan isolate bakteri. Medium PDA yang telah diinokulasi kemudian diinkubasi pada suhu ruang selama 48



15



jam, dan medium NA diinkubasikan selama 24 jam pada pada suhu 30o C. Individual koloni yang tumbuh dipindahkan ke medium baru, kemudian di lakukan panel test aroma untuk mengetahui jenis dan intensitas aroma secara kasar. Khusus untuk kersen, cairan buah diambil langsung 20 L dan ditebar pada medium. Isolat yang diperoleh, Jenis dan intensitas aroma Isolat bakteri yang diperoleh dari medium dengan penambahan anti jamur, diamati 24 jam setelah inokulasi bakteri, atau 48 jamsetelah inokulasi untuk jamur. Koloni tunggal kemudian di pindahkan ke medium baru dan dinkubasi lagi selama 24 jam untuk bakteri atau 48 jam untuk jamur, dilanjutkan dengan test panel aroma dari 4 panelist. Isolat Bakteri Secara keseluruhan, isolat bakteri beraroma positif (+) diperoleh 12 isolat (Tabel 2), dengan aroma dan level aroma bervariasi, dari aroma yang tidak jelas, dan beberapa isolate yang beraroma sedikit seperti inangnya namun dengan intensitas yang jauh lebih rendah dan tercampur dengan aroma lain yang cukup sulit untuk mendisripsikannya. Namun demikian aroma tersebut positif. Isolat-isolat yang diperoleh beraroma sedap, segar, manis, seperti salak, seperti alcohol, seperti ragi roti, dan beberapa isolate yang mirip dengan aroma iangnya. Isolat yang beroma yang tidak sedap (busuk) tidak diperhitungkan. Isolat bakteri Pdn2 dan Pdn3 memberi aroma yang khas lebih enak dibanding aroma isolate yang lain dan mempunyai intensitas aroma sedang, yakni aroma segar seperti tebu dan alcohol. Isolat Jamur Sebanyak 14 isolat jamur didapatkan dari bahan alam tersebut di atas dengan jenis aroma yang bervariasi dan tingkat aroma yang bervariasi. Hampir semua isolate mengemisikan aroma sedap/positif, namun sebagaimana pada isolate bakteri, intensitas aroma inang pada isolate sangat lemah hingga sedang. Kebanyakan isolate mengemisikan aroma campuran. Aroma ragi roti diperoleh 6 dari 14 isolat, aroma lakohol 2 dari 14 isolat, aroma Singapore didapatkan 6 dari 14 isolat. Sedangkan isolate yang mengemisikan aroma mirip aroma inangnya ditemukan 4 isolat dengan intensitas sangat lemah, yakni mawar, melati, sereh dan Singapore. Aroma yang bervariasi jenis dan intensitasnya tersebut, terdapat isolateisolat yang mempunyai aroma enak/sedap lebih dari isolate yang lain (dicetak miring). Persistensi Test Percobaan persistensi aroma dilakukan dalam rangka melihat kemungkinan untuk apakah senyawa yang beraroma dieksresian ke luar medium yang dapat membuat medium cair menjadi beraroma?. Dalam percobaan ini hanya digunakan isolate jamur, berhubung isolate bakteri beraroma busuk dalam medium cair. Untuk itu isolate ditumbuhkan pada medium cair nutrient Broth (NB) pada suhu 30oC selama 24 jam



16



untuk bakteri dan pada medium yeast malt (YM) suhu ruang selama 48 jam untuk jamur. Test panel aroma menunjukkan tidak tercium aroma sedap dari semua isolate jamur. Dari isolate bakteri tercium aroma busuk khas bakteri. Fenomena berbeda aroma dari aroma inang dan rendahnya intensitas aroma ini kemungkinan bahwa dalam proses produksi aroma dalam tumbuhan inangnya, misalnya pada bunga mawar, ada keterlibatan dari inang. Gen-gen yang diisolasi dari tanaman mawar seperti gen ODORANT1 ikut mengatur sitesis fragrant/aroma pada bunga petunia (Verdonk, et. al., 2005), gen OOMT1 - OOMT4 pada bunga mawar (Scalliet, et. al, 2002) dan gen shNUDX1 pada bunga mawar. terexpresi bersamaan dengan emisi aroma. Meskipun hasil analysis dari 200 senyawa, tidak satupun merupakan hasil emisi dari mikroba tunggal. Namun pertanyaan besar apakah gen tersebut benar-benar berasal dari tanaman mawar ataukah terisolasi dari bakteri yang terdapat pada bunga mawar, mengingat bahwa setiap tanaman biasanya megandung mikroba baik sebagai mikroba endofit ataupun filosfer. Selanjutnya melaporkan bahwa mikroba secara individu mampu menghasilkan senyawa folatil yang beraroma khas bunga, buah atau bagian lain dari inang. Sebagai contoh aroma sperti mawar diemisikan oleh yeast Rodotorulla minuta dengan senyawa citronellal, aroma kacang almond oleh fungi Ischnoderma benzoinum dengan senyawa benzaldehyde dan aroma coklat diemisikan oleh yeast kluyveromyces sp dengan senyawa Thaumatin dan monellin. Keberadaan senyawa volatile dapat digunakan untuk mendeteksi infeksi mikroba tertentu. Dengan demikian bahwa mikroba juga terlibat dalam dan bahkan menghasilkan senyawa beraroma sendiri. Aaroma yang paling sering didapatkan adalah aroma ragi roti, namun aroma segar seperti salak manis dan tebu juga dapat ditemukan. Masih tercium aroma pada subkultur murni mengidikasikan bahwa isolate-isolat tersebut membawa gen yang terlibat dalam biosintesis aroma meskipun dengan aroma yang tidak sama persis dengan aroma inang dan dengan intensitas sangat lemah hingga sedang. Dengan demikian dapat dikatakan bahwa adalah mungkin untuk mendapatkan isolate mikroba yang diisolasi dari bahan alam yang beraroma seperti inangnya dan menunjukkan bahwa aroma yang didapatkan tidak selalu mirip aroma inang, namun sedap atau positif. Perisistensi dari aroma tidak bertahan lama, setelah kultur kedua dalam medium cair, test panel tidak menunjukkan bahwa aroma yang sebelumnya diemisikan. Keterlibatan gen-gen/enzimenzim inang mungkin diperlukan. Dugaan sementara mungkin karena substratnya tidak tersedia. Kelompok peneliti kemudian mencoba untuk memberikan substrat extrak tebu /sari tebu atau sari tebu diperkaya yeast ekstrak dan garam. Dipilihnya tebu sebagai medium jamur karena sari tebu memiliki nutrisi yang lebih lengkap dibanding dengan hanya menabahkan gula. Penambahan sari tebu dengan ekspektasi bahwa isolate akan mensintesis senyawa folatil. Sari tebu diperoleh dari pedagang sari tebu di jln Arya Banjar Getas Mataram. Masing-masing isolate jamur (8 isolat) diiokulasikan ke dalam 8 ml medium 1 (sari tebu) atau medium 2 (sari tebu ditambahkan yeast 2% yeast ekstrak dan 5 gr/L NaCl). Dalam percobaan ini digunakan 20 ml tabung reaksi, dan



17



diinkubasikan pada suhu ruang selama 48 dan dilakukan dalam duplo. Setelah 48 jam setelah inokulasi, hasil percobaan menunjukkan bahwa semua tabung reaksi mengemisikan aroma sari tebu, seperti aroma mediumnya, namun dengan intensitas aroma lebih kuat dari medium tanpa isolat. Temuan ini membuka diskusi baru bagaimana meningkatkan intensitas yang aroma dan bagaimana memperoleh jenis aroma yang diinginkan. Memodifikasi media dengan peningkatan suplay carbon dan nitrogen dapat meningkatkan senyawa volatile. Dalam penelitian ini belum ditemukan formula yang tepat untuk meningkatkan aroma dan atau menentukan aroma yang diinginkan. Pendekata Rekayasa genetik untuk menghasilkan senyawa volaltil dapat pula dilakukan terhadap tanaman terkait, terhadap isolate yang ditemukan ataupun menggunakan mikroba model. Rekayasa terhadap tanaman terkait lebih dapat diyakinkan bahwa substrat serta gen-gen atau enzim-enzim yang terlibat dalam penyusunan senyawa folatil beraroma tersedia pada tanaman tersebut.



BAB III KEUNGGULAN PENELITIAN A. Kegayutan Antar Elemen Kegayutan antar elemen pada setiap jurnal cukup baik, dimulai dengan abstract berbahasa inggris disertai abstrak berbahasa Indonesia. Dari setiap paragraf dan setiap



18



submateri yang disajikan merupakan materi yang berkaitan satu sama lain. Kegayutan pada jurnal ini sudah baik karena materi dari setiap jurnal saling keterkaitan. B. Originalitas Temuan



Sebuah karya tulis dikatakan original apabila tidak ada elemen dalam karya tulis tersebut yang memiliki kesamaan persis dengan karya tulis lainnnya. Begitu pula dengan jurnal, Sebuah jurnal dikatakan original apabila semua elemen yang ada di dalam jurnal tersebut terbukti. Salah satu tolak ukur dalam keaslian sebuah jurnal adalah dilihat dari kutipan dan daftar rujukan. Jurnal ini merupakan jurnal yng original/asli karena setiap kutipan yang ada di dalamnya tertulis pada lembar rujukan. Keaslian tersebut di atas dapat dilihat pula melalui defenisi-defenisi yang ada di dalam jurnal. Setiap defenisi-defenisi yang dituliskan pada masing-masing jurnal sudah memuat defenisi simpulan atau defenisi yang dibuatnya sendiri berdasarkan rujukan defenisi dari para ahli yang sudah dituliskan sebelumnya. C. Kemutakhiran Isi Jurnal Meningkatkan kualitas pembelajaran adalah masalah yang terus diupayakan di dunia pendidikan hingga saat ini. Hasil belajar yang baik tetap menjadi tujuan utama dalam setiap pembelajaran. Oleh karena itu, kemutakhiran masalah dalam jurnal-jurnal ini dikategorikan mutakhir. D. Kohesi dan Koherensi Isi Penelitian Kohesi disebut juga keterpaduan bentuk, sedangkan koherensi disebut juga keterpaduan makna. Jurnal – jurnal ini adalah jurnal- jurnal yang kohesi di setiap pembahasannya. Hal ini kami katakan karena bentuk tulisan pada setiap paragraf yaitu kalimat dan kata-katanya berkaitan satu sama lain. Koherensi atau keterpaduan makna di dalam jurnal-jurnal juga baik. Hal ini karena di setiap paragraf dan kalimatnya jurnal-jurnal berpadu. Seperti halnya pada kohesi antar paragraf di dalam jurnal. BAB IV KELEMAHAN A.



Kegayutan Antar Elemen



Kegayutan antar elemen pada setiap jurnal cukup baik, hanya saja hanya sedikit kelemahan pada isi jurnal tersebut karena isi jurnal tersebut merupakan penelitian yang



19



dilakukan oleh sekelompok orang serta memiliki tabel-tabel dan penejelesan yang berkaitan dan padu,dan sulit dipahami. B.



Originalitas Temuan



Pada jurnal yang penulis gunakan tidak ditemukan sebuah kelemahan originital temuan. Hal itu dikerena jurnal yang diteliti penulis merupakan asli dan tertera seuah identitas jurnal dan belum memiliki versi lain. Selain itu materi yang disampaikan setiap jurnal memiliki catatn kaki sehingga membuktikan bahwa jurnal yang ditulis asli dan belum direvisi.Salah satu tolak ukur dalam keaslian sebuah jurnal adalah dilihat dari kutipan dan daftar rujukan. Jurnal ini merupakan jurnal yng original/asli karena setiap kutipan yang ada di dalamnya tertulis pada lembar rujukan C.



Kemutakhiran Isi Jurnal



Materi mtateri atau isi pembahasan jurnal yang disampaikan merupan pembahasan materi yang sesuai topik dan menggunakan sumber sumber terperaya dan para ahli namun hanya sedikit kelemahan jurnal tersebut yaitu dalam melakukan penelitian tidak dijabarkan secara jelas bagaimana proses penelitian genetika mikroba dan juga contoh-contoh permasalahn nya tidak tertera. Namun tetap jurnal yang digunakan penulis masih dikategorikan mutakhir. D.



Kohesi dan Koherensi Isi Penelitian



Jurnal – jurnal yang digunakan penulis adalah jurnal- jurnal yang kohesi di setiap pembahasannya. Hal ini kami katakan karena bentuk tulisan pada setiap paragraf yaitu kalimat dan kata-katanya berkaitan satu sama lain. Namun pada setiap jurnal hanya berfokus pada penelitian saja konsep-konsep pengetahuan yang ada. Koherensi atau keterpaduan makna di dalam jurnal-jurnal juga baik. Hal ini karena di setiap paragraf dan kalimatnya jurnal-jurnal berpadu. Seperti halnya pada kohesi antar paragraf di dalam jurnal. Oleh karena ini disimpulkan bahwa jurnal yang dipakai penulis ini cukup baik namun tetap memiliki kelemhan walau hanya sedikit.



BAB V IMPLIKASI



A. Teori



20



Teori yang digunakan dalam jurnal ini sangat mendalam yaitu mengenai genetika mikroorganisme. Genetika adalah suatu cabang ilmu yang membahas tentang sifat-sifat yang diturunkan oleh suatu organisme. Ciri khas bentuk kehidupan dari segi genetika adalah mempunyai “kesamaan” ciri-ciri progeni dan tetuanya. DNA merupakan bahan genetik yang menyimpan informasi genetik (sifat menurun ke generasi berikutnya) dan dapat dipindahkan. RNA berfungsi sebagai alat pengendali DNA dalam sintesis polipeptida (protein), dan tidak membentuk helix, kecuali RNA pada virus RNA ganda. Juga aplikasi – aplikasi dalam kehidupan sehari hari nya juga dijelaskan sehingga jika ingin menerapkannya atau mempraktekkan langsung maka dapat menggunakan jurnal ini sebagai referensi yang kuat B. Program pembangunan Indonesia Untuk program pembangunan di Indonesia jurnal ini bisa dijadikan sebagai referensi dalam penelitian. Terkhusus untuk peneliti muda dalam bidang mikrobiologi, bisa menjadikan ini menjai referensi dasar dalam penelitian tentang bakteri dan bertujuan untuk memberikan informasi kepada masyarakat Indonesia bahwa genetika adalah Genetika adalah suatu cabang ilmu yang membahas tentang sifat-sifat yang diturunkan oleh suatu organisme. Ciri khas bentuk kehidupan dari segi genetika adalah mempunyai “kesamaan” ciri-ciri progeni dan tetuanya. C. Pembahasan dan Analisis Setelah melakukan kritikan terhadap jurnal ini maka analisis terhadap kelompok kami adalah bahwa jurnal ini sangat cocok digunakan jika ingin mengetahui Studi tentang genetika mikroorganisme. Dari segi pembahasan dan analisis juga sudah relevan dan juga kelima jurnal ini pendalaman materi nya sangat luas mulai dari penurunanpenurunan



rumus yang dilengkapi gambar- gambar yang mendukung pemahaman



pengguna ketika membaca dsn memahami jurnal ini.



BAB VI PENTUTUP



21



A. Kesimpulan Dari jurnal yang telah dianalisis oleh penulis disimpulkan bahwa Rekayasa genetika adalah suatu segi baru studi genetika yang menjanjikan pada masyarakat baik perkembangan yang menguntungkan maupun kemungkinan timbulnya akibat-akibat yang membawa bencana. Genetika mikrobia telah mengungkapkan bahwa gen terdiri dari DNA, suatu pengamatan yang melekat dasar bagi biologi molekuler. Genetika bakteri mendasari perkembangan rekayasa genetika, suatu teknologi yang bertanggung jawab terhadap perkembangan di bidang kedokteran.



DAFTAR PUSTAKA



Widanarni*, D. N. (2013). Analisis keragaman genetik bakteri dalam bioflok dengan teknik ARDRA gen 16S-rRNA. Jurnal Akuakultur Indonesia , 12 (2), 128–135.



22



D. K. T. Sukmadewi, I. A. (Desember 2019). Peningkatan Kemampuan Mikroba Pelarut Fosfat dan Kalium Melalui Teknik Mutasi Iradiasi Gamma Enhancing the Microbial Ability of Phosphate and Potassium Solubilizing by Using Gamma Irradiation Technique. Ilmiah Aplikasi Isotop dan Radiasi , Vol 15, No 2.



Suryadi, Y., Susilowati, D. N., Lestari, P., Sutoro, S., Manzila, I., Kadir, T. S., Albani, S. S., & Artika, I. M. (2014). Analisis Keragaman Genetik Isolat Bakteri Xanthomonas oryzae pv. oryzae dari jawa Barat dan Jawa Tengah Berdasarkan Analisis Ardra Gen 16srrna. Jurnal Fitopatologi Indonesia, 10(2), 53–60. https://doi.org/10.14692/jfi.10.2.53 Purnawijaya, I Putu Edy. (2015). Pembuatan Beras Insulin Melalui Rekayasa Genetika sebagai Alternatif Pencegahan Penyakit Diabetes Miltus. Jurnal Kajian Pendidikan Widya Accarya FKIP Universitas Dwijendra. 65-74. Sedijadi , Prapapti, dkk. 2018. Explorasi Mikroba Beraroma dari Bahan Alam. Jurnal Penelitian Pendidikan IPA. Universitas Mataram, Indonesia. Vol 5 No 2 hal 136-143



23