Resume - Mikrobiologi - Refina Meydinahawa - 1217060059 - Agroteknologi - Kelas B [PDF]

Citation preview

Rabu, 08 September 2021 Nama : Refina Meydinahawa Nim : 1217060059 Jurusan : Agroteknologi Kelas : B



Resume Mikrobiologi Kajian Dalam Perspektif Islam



Bab 1 Pendahuluan



A. Mikroorganisme Dalam surah Al – Mu’minūn ayat 12 – 14 Allah Swt menjelaskan perkembangan kejadian manusia mulai dari sel hidup ( nutfah / sperma ) yang uniseluler ( bersel tunggal ) mikroskopis sampai makhluk ( manusia ) baru yang multiseluler ( bersel banyak ) wujudnya makro.



"Dan sesungguhnya Kami telah menciptakan manusia dari suatu sari pati (berasal) dari tanah. Kemudian Kami jadikan sari pati air mani (yang disimpan) dalam tempat yang kokoh (rahim). Kemudian air mani kami jadikan segumpal darah, lalu segumpal darah itu Kami jadikan segumpal daging, dan segumpal daging itu Kami jadikan tulang belulang, lalu tulang belulang itu Kami bungkus dengan daging, Kemudian Kami jadikan dia makhluk yang (berbentuk) lain. Maka Maha Sucilah Allah, Pencipta Yang Paling Baik."



Nutfah merupakan cairan yang di dalamnya mengandung banyak sel tunggal mikroskopis yang dapat bergerak sebagai bakal kehidupan yang apabila bertemu dengan sel telur akan menjadi embrio makhluk hidup. Dalam surah Yunus ayat 61 kata mikro atau benda kecil (zarah) disebut dalam teks



"Kamu tidak berada dalam suatu keadaan dan tidak membaca suatu ayat dari Al Qur'an dan kamu tidak mengerjakan suatu pekerjaan, melainkan Kami menjadi saksi atasmu di waktu kamu melakukannya. Tidak luput dari pengetahuan Tuhanmu biarpun sekecil zarah (atom) di bumi ataupun di langit. Tidak ada yang lebih kecil dan tidak (pula) yang lebih besar dari itu, melainkan (semua tercatat) dalam kitab yang nyata (Lauh Mahfudh)" Tafsir Al-Azhar menjelaskan tafsir zarah adalah benda kecil yang tidak dapat dibagi Iagi. Atom saja masih dipecah menjadi neutron, proton, dan elektron. Zarah sudah paling kecil, tidak ada yang lebih kecil daripada zarah. Zarah yang sangat kecil itu tidak luput dari perhatian Allah Swt baik yang ada di bumi maupun yang ada di langit. Prof. Hamka mengakhiri penafsiran ayat ini dengan menyatakan bahwa ayat ini baru dapat ditafsirkan dengan jelas sehingga dapat diterima akal manusia pada abad ke-19 setelah Pasteur dan lain - lainnya memperjelas keberadaan kuman (mikroorganisme) dan pada abad ke-20 setelah orang mengetahui atom (abad atom). Konsep zarah sebagai wujud zat atau substansi materi yang paling kecil yang disebutkan dalam Al-Quran merupakan petunjuk ke arah studi mikromateri, mikroelektronik, mikroorganisme dan mikrokosmos lainnya yang seyogianya dipelajari oleh muslim sebagai ulil albab. Konsep sel sebagai materi fungsional terkecil ternyata tidak dapat dipertahankan. Mikroorganisme sebagai organisme sel tunggal merupakan bukti akan adanya materi fungsional di bawah sel. Itulah materi zarah. Al - Qur'an menunjuk pada konsep zarah sebagai materi terkecil, dengan demikian masih ada substansi potensial dalam suatu zat yang lebih kecil dari sel. Sel terdiri dari 3 lapis dinding sel (ekto-meso dan endoderm), sitoplasma terdiri dari berbagai organel fungsional serta bagian inti sel (nukleus) di dalamnya terdapat benang-benang kromosom dan dalam benang



kromosorn terdapat gen - gen dan gen tersusun dari 3 jenis asam amino. Al - Qur'an memberikan penjelasan proses perkembangan penciptaan manusia secara mikrobiologis sebagaimana dalam surah Az-Zumar ayat 6.



Terjemah menurut Al-Quran dan Terjemah penerbit Madinah sebagai berikut : "Dia menciptakan kamu dari seorang diri kemudian Dia jadikan daripadanya istrinya dan Dia menurunkan untuk kamu delapan ekor yang berpasangan dari binatang ternak. Dia menjadikan kamu dalam perut ibumu kejadian demi kejadian dalam kegelapan. Yang (berbuat) demikian itu adalah Allah, Tuhan kamu, Tuhan yang mempunyai kerajaan. Tidak ada Tuhan (yang berhak disembah) selain Dia, maka bagaimana kamu dapat dipalingkan." Para penerjemah dan mufasir masih memakai interpretasi ilmu umum berdasarkan teks dan pemikiran yang berkembang pada masanya, seperti 8 ekor ternak yang berpasangan adalah pasangan ternak unta, sapi, domba, dan kambing. Kajian ilmuwan mikrobiologi (embriologi) telah menemukan bukti-bukti ilmiah sehingga terjemah dan tafsir berubah karena imajinasi umum pun pada zaman sekarang akan dapat lebih menerima. Berdasarkan akar kata, mikrobiologi dapat diuraikan sebagai mikros berarti kecil, bios berarti hidup, dan logos berarti ilmu Jasad renik ciptaan Allah Swt lazim disebut mikroba atau mikroorganisme atau zarah renik. Kajian meliputi makhluk hidup yang termasuk dalam Eukariot sepeni kerajaan Protista (protozoa, algae) dan fungi, dan Prokariot yang termasuk kerajaan monera (bakteri dan archae), serta virus meskipun virus tidak terlalu tepat disebut makhluk hidup. Setelah beberapa abad orang Barat belajar dan mendapat pencerahan dari ilmuwan muslim yang mengembangkan ilmu hikmah di Andalusia dan Bagdad, mereka mengembangkan ilmu - ilmu umum itu di negaranya, sehingga di bidang mikrobiologi orang Belanda yang bernama Anthony van Leeuwenhoek (1632 - 1723), pada tahun 1673 berhasil membuat alat optik untuk membantu penglihatan yang disebut mikroskop. Dengan bantuan alat ini perkembangan kajian mikroorganisme menjadi lebih cepat. Diakui oleh orang barat bahwa Ibnu Haytham (965-1039) adalah ilmuwan muslim yang pertama memikirkan, meneliti, dan menulis buku tentang optik yang bernama Kitab al-Manazir atau Book of Optics. Beliau yang mendasari



pengembangan dan penemuan alat - alat optik melalui penelitian dengan metode ilmiah yang sama dengan metode ilmiah modern. Dalam mikrobiologi, Ibnu Sina nama lengkapnya Abu 'Ali al - Husayn ibn 'Abd Allah ibn Sina atau (981-1037) atau 7 abad sebelum Anthony van Leeuwenhoek dan Louis Pasteur serta sarjana Barat lainnya memikirkan mikroorganisme, Ibnu Sina telah berhasil menyusun ensiklopedia tentang kedokteran yang terkenal Al-Qanun Fi AlThibb (Inggris: the Canon of Medicine) dan buku Kitab As-Shifa. Al-Qanun Fi AlThibb merupakan ensiklopedia kedokteran terdiri dari 14 jilid, dan buku Kitabul AsShifa atau Book of Healing. berisi bukan mengenai kesehatan, Obat atau kedokteran, tetapi berisi pemikiran Ibnu Sina mengenai sains yang menyeluruh dan filosofi. Arti kata syifa memang berarti Obat/ menyembuhkan (healing), tetapi memiliki arti lain, yaitu satiation, completion atau wholeness. Kata wholesome tooth sama artinya dengan healthy tooth atau gigi yang sehat. Dalam the Canon of Medicine Ibnu Sina, antara lain telah memformulasi hipotesis adanya mikroorganisme dan mendeteksi penyakit yang disebabkan oleh mikroorganisme. Al-Qanun Fi AlThibb adalah buku pertama yang mendeskripsi prosedur percobaan atau penelitian di bidang kesehatan dan kedokteran. Tindakan kuratif dengan pemberian obat harus berdasarkan hasil penelitian eksperimen. Percobaan yang dilakukan untuk pengujian suatu perlakuan (treatment) telah menerapkan rancangan Randomized Block atau metode kontrol dan prinsip pengacakan. ibnu Sina telah memperkenalkan uji kemujaraban obat. Prinsip penelitian klinis dan keefektifan penyembuhan dengan obat yang dideskıipsi oleh İbnu Sina merupakan dasar penelitian klinis dan farmasi modern. Prinsip penelitian mikroorganisme yang dikenal selama ini adalah yang diperkenalkan oleh Robert Koch, sehingga disebut Fostulat Koch (1843-1910). Fostulat Koch yang selama ini kita kenal ternyata mirip dengan prosedur penelitian bidang medis dan farmakologi yang telah dikembangkan oleh Ibnu Sina kedelapan abad sebelumnya. Demikan hebat dan produktifnya seorang Ilmuwan muslim kelahiran Bukhara (ketika itu wilayah Iran) yang bernama Ibnu Sina. Produktivitas pemikirannya tidak terlepas dari sifat beliau yang hati dan pikirannya tak jauh dari Allah Pemberi Ilmu. Disebutkan, bahwa apabila Ibnu Sina, pada saat menuliskan pemikirannya, menemui kebuntuan pikiran, maka beliau meninggalkan tempat kerjanya, lalu mengambil air wudu dan kemudian salat sampai pikirannya jernih kembali untuk dapat melanjutkan memikirkan karya tulisnya. Hal itu menunjukkan bahwa beliau adalah ilmuwan yang benar-benar Islami. Sehingga kita yakin Ilmu yang dikembangkan beliau bukan hanya secara aksiologi islami, tetapi juga secara epistemologi adalah islami. Sebagai muslim yang hafiz Quran pada usia 10 tahun itu telah banyak memikirkan



makhluk hidup yang tidak kasat mata. Jika Allah menyebutkan dalam surah AlBaqarah penggalan ayat 26:



"...sesungguhnya Allah tidak malu memberikan perumpamaan dari seekor lalat atau binatang yang lebih besar (kecil) lagi..." Allah tidak malu dengan memberikan perumpamaan apa pun kepada orang fasik yang tidak mau beriman dan yang cenderung menghinakan Al-Quran. Karena apa pun masalah yang díberikan oleh Allah dalam Al-Quran pasti mengandung sesuatu yang sangat penting bagi manusia. Setelah diteliti oleh ilmuwan biologi ternyata adalah bentuk tunggal dari kata ba'udh yang ditafsirkan dalam al-Mishbah "kutu" atau nyamuk dalam terjamah the Noble Qur'an dan lalat dalam tafsir lain, memiliki sifat menggigit menyakitkan berbau busuk, berbelalai, binatangnya kecil, tetapi dapat menusuk menembus kulit gajah atau unta sehingga dapat mati karena digigit binatang kecil itu. Bukan karena giginya atau tusukannya yang menyebabkan kematian gajah atau unta tersebut. Akan tetapi, ternyata sekarang terbukti sambil menusuk atau menggigit binatang itu mengeluarkan cairan yang mengandung bibit mikroorganisme yang dapat mematikan manusia atau binatang (protozoa: plasmodium nyamuk malaria, atau Trypanosoma lalat Tsetse) Dalam surah Yasin ayat 36 diberitahukan adanya makhluk yang belum atau tidak diketahui oleh orang pada saat ayat diturunkan zaman Rasulullah atau yang belum diketahui sampai sekarang. Mikroorganisme golongan virus baru diketahui oleh manusia pada awal abad ke-20. Oleh karena itu, Maha benar Allah yang berfirman dalam ayat 36 itu. ُ ِ‫اج ُكلَّهَا ِم َّما تُ ۢ ْنب‬ َ‫ت ااْل َرْ ضُ َو ِم ْن اَ ْنفُ ِس ِه ْم َو ِم َّما اَل يَ ْعلَ ُموْ ن‬ َ َ‫ُسب ْٰحنَ الَّ ِذيْ َخل‬ َ ‫ق ااْل َ ْز َو‬ "Maha suci Tuhan yang telah menciptakan pasangan-pasangan semuanya, baik dari apa yang ditumbuhkan oleh bumi dan dari diri mereka maupun dari apa yang tidak mereka ketahui" Tafsir makhluk yang tidak diketahui di sini bukan makhluk yang tergolong makhluk gaib (makhluk halus: jin dan malaikat) yang tidak akan dapat dilihat dengan mata manusia, tetapi makhluk yang belum diketahui karena kecilnya (super mikroorganisme). Makhluk tersebut pada zaman rasul atau zaman kita ini belum terasa interaksinya dengan manusia. Makhluk yang belum berinteraksi dengan manusia pada zaman rasul, misalnya bakteri dan virus. Bakteri dan virus baru diketahui berinteraksi dengan manusia ketika terasa pengaruhnya. Efek interaksi tersebut ada yang menyebabkan efek baik atau positif (membantu pembusukan bahan organik) ada juga yang negatif (menyebabkan sakit atau kerusakan). Keberadaan bakteri baru diketahui pada zaman Ibnu Sina (abad X),



sedangkan keberadaan virus baru diketahui pada awal abad XX, bahkan berbagai tipe virus baru diketahui pada awal abad ke-21 ini, seperti virus flu burung (Virus H5N1). Diyakini akan muncul makhluk mikro yang lainnya pada masa yang akan datang. Demikian keajaiban Al - Qur'an yang kita saksikan dari ayat / bukti dalam khazanah hewan kecil. Sebagai muslim yang hapal Al - Qur'an, Ibnu Sina menafakuri ayat dalam Al - Qur'an memeras pikirannya dalam bidang mikrobiologi sehingga mampu memberikan solusi pencegahan dan tindakan penyembuhan bagi orang yang terserang penyakit akibat mikroorganisme, seperti penanganan bagaimana mencegah penularan penyakit tuberculosis (TBC). Ibnu Sina telah mengembangkan teknik karantina atau tindakan isolasi bagi penderita penyakit TBC yang menular tersebut. Suatu prosedur medis yang sekarang dipraktikkan. Fostulat penelitian klinis dan farmasi yang disusun oleh Ibnu Sina adalah sebagai berikut.       



Obat yang dicoba harus berkualitas sama atau bebas dari ramuan yang berbeda Obat merupakan obat untuk satu macam penyakit. Obat harus dicobakan pada dua macam penyakit yang berbeda. Hal ini untuk mengetahui adanya bias efikasi (kemujaraban yang kebetulan). Kualitas obat harus seimbang dengan tingkat keparahan/serangan penyakit. Pencatatan dari waktu ke waktu harus dilakukan untuk mengobservasi perkembangan sehingga tidak ada kesangsian dalarn kesimpulan. Pengaruh obat harus sama dalam banyak hal pada suatu penyakit yang sama. Jika pengaruh obat tidak sama berarti itu hanyalah kejadian kebetulan saja. Percobaan atau observasi obat harus dilakukan pada badan manusia, karena kalau dilakukan terhadap binatang akan terjadi perbedaan efek.



Fostulasi yang disusun oleh Ibnu Sina sudah cukup jelas menjadi landasan bagi penelitian di bidang biologi secara umum dan kesehatan manusia khususnya. Ibnu Sina telah mendeteksi penyakit tuberurlosis (TBC). Disebutkan penyakit TBC disebabkan oleh jasad renik yang dapat menular melalui udara atau pernapasan. Untuk mencegah penularan, Ibnu Sina telah memberikan petunjuk bahwa orang yang sakit harus diisolasi dalam suatu ruangan karantina (sekarang: Sanatorium). Sarjana muslim Ibnu Rushdi (Abu'I - Walid Muhammad ibn Ahmad Rushdi), yang lahir di Cordoba, Andalusia (Spanyol) (1126-1198) telah berhasil menulis ensiklopedia kedokteran yang berjumlah 7 jilid bernama Kitabu al-Kulliyat fi alThibb dalam bahasa Inggris disebut General Rules of Medicine. Dalam buku tersebut Ibnu Rushdi menyatakan orang tidak akan terserang penyakit cacar (smallpox) untuk kedua kalinya. Hal itu menunjukkan Sarjana muslim di abad pertengahan sudah memikirkan/meneliti kehidupan mikroorganisme. Perkembangan mikrobiologi cukup pesat di wilayah Islam Andalusia. Pada abad ke-



14. Ketika wabah penyakit menular (Bukonik hitam) melanda wilayah Andalusia, Ibnu Khatima telah menarik kesimpulan bahwa penyakit tersebut disebabkan oleh mikroorganisme yang menginfeksi organ badan. Perkembangan ilmu mikrobiologi di dunia Barat sangat pesat dengan ditemukannya mikroskop oleh Anthony. Dengan mikroskop dapat dilihat bentuk jasad renik yang sebelumnya masih diragukan keberadaannya. Mikroskop buatan Anthony tersebut dapat membesarkan benda kecil sampai pembesaran 300 kali. Dari air yang tergenang di halaman atau dari suatu kontainer air yang kotor setelah beberapa hari tidak diganti dapat diamati kehidupan beraneka organisme kecil atau hewan kecil bersel satu. Mikrobiologi adalah ilmu dasar yang sangat penting dalam program studi ilmu-ilmu kesehatan dan kedokteran atau profesi dan praktisi lainnya yang terkait dengan kehidupan dan lingkungan. Dalam kehidupan muslim, memiliki/menguasai pengetahuan mikrobiologi adalah sunah atau sangat mungkin menjadi fardu kifayah. Di antara muslim harus ada yang memiliki pengetahuan dan keterampilan di bidang mikrobiologi mengingat adanya tuntutan seperti dalam ayat 172 dan 173 surah Al-Baqarah. Dapat menyebabkan pembiakan ribosom (teori pembentukan RNA). Perkembangan organik molekul menjadi protosel dijelaskan dengan hipotesis RNA: Molekul sederhana dapat bereplikasi sendiri. Teori Bubble, Model Hibrida, Deep-Hot Biosphere Model of Gold dan teori-teori lainnya telah memprediksi tentang terjadinya kehidupan secara kimiawi dan fisika. Teori munculnya kehidupan tersebut didasarkan pada adanya unsur-unsur kimia yang tersedia berlimpah di lingkungan atmosfer. Atmosfer terdiri dari 78% gas nitrogen, 21% gas oksigen, dan 1% lagi dari berbagai gas, di antaranya gas C02 sebesar 0,03%. Unsur nitrogen di udara merupakan gas bebas. Gugus amina (NH2) secara pemikiran sederhana, adalah penyusun asam amino dan asam amino adalah penyusun zat protein (daging). Gas nitrogen di atmosfer yang persentasenya 78% itu ternyata tidak mudah bersenyawa. Gas tersebut baru dapat bersenyawa menjadi molekul apabila ada kekuatan listrik yang sangat tinggi di angkasa (halilintar), atau melalui simbiosis bakteri akar dari genus Rhizobium. Mudah dimengerti bagi orang yang mengerti kimia, jika Allah berfirman kehidupan berawal di perairan. Dari teori kimia terbentuknya substansi protein yang merupakan penyusun badan hewan sangat memungkinkan terjadi di permukaan air. Gumpalan gumpalan molekul protein yang berasal dari persenyawaan dan polimerisasi molekul berkandungan nitrogen itu adalah substansi yang tidak bernyawa (tanpa ruh), sedangkan protozoa atau binatang bersel tunggal itu dapat berenang, melayang hilir mudik di air karena hidup atau bernyawa. Pertanyaan yang muncul, bagaimana menghidupkan gumpalan protein yang secara kimiawi dapat direkayasa oleh ilmuwan kimia tadi? Dapatkah ilmuwan mengaktifkan gumpalan protein (daging) menjadi seperti protozoa yang aktif (hidup)? Ternyata



ilmuwan manapun tidak dapat menjawab darimana datangnya ruh. Sama halnya dengan ke mana ruh ketika manusia atau hewan mati. Pada rangkaian proses embriologi manusia sebagaimana dijelaskan dalam surah Al-Mu'minun ayat 12 sampai 14, dan pada bagian akhir proses perkembangan janin/embrio akhir ayat 13 dan ayat 14 : َ‫ك هّٰللا ُ اَحْ َسنُ ْالخَالِقِ ْي ۗن‬ َ ‫ثُ َّم اَ ْن َشأْ ٰنهُ َخ ْلقًا ٰا َخ ۗ َر فَتَبَا َر‬ "Kemudian Kami mewujudkan makhluk lain. Maka Maha banyak keberkahan Allah, Pencipta Yang Terbaik"



"Mewujudkan makhluk lain"diartikan setelah Allah meniupkan ruh ciptaan - Nya, sehingga terwujud makhluk baru yang sama wujudnya seperti induknya. Dengan demikian, adanya makhluk hidup ditandai dengan adanya ruh pada jasad organik. Tidak ada saintis yang dapat menghidupkan karena ruh adalah urusan Allah Swt. Manusia diberi ilmu tentang ruh ini hanya sedikit sebagaimana firman Allah dalam surah Bani Israil ayat 85: ‫ح قُ ِل الرُّ وْ ُح ِم ْن اَ ْم ِر َرب ِّْي َو َمٓا‬ ِ ۗ ْ‫َويَسْٔـََٔ”لُوْ نَكَ َع ِن الرُّ و‬ ‫اُوْ تِ ْيتُ ْم ِّمنَ ْال ِع ْل ِم اِاَّل قَلِ ْياًل‬ "Dan mereka bertanya kepadamu tentang ruh, Katakanlah: Ruh termasuk urusan Tuhanku, dan tidaklah kamu diberi pengetahuan kecuali sedikit" Makhluk yang berderajat rendah (derajat rendah berdasarkan kelengkapan organ biologis), mulai dari wujud makhluk uniseluler yang hidupnya diragukan apakah termasuk makhluk hidup atau mati, tetapi aktivitasnya terbukti seperti virus. Kemudian makhluk hidup bersel tunggal yang selnya tidak memiliki inti yang disebut prokariot (bakteri dan archae). Archae adalah mikroorganisme yang bertahan hidup pada kondisi lingkungan yang keras seperti pada mata air panas yang asam, di lingkungan di bawah permukaan es antartika. Dalam teori Deep - Hot Biosphere Model of Gold archae ini merupakan makhluk pionir kehidupan di mana makhluk lain tidak mampu bertahan hidup. Evolusi berjalan, struktur dan anatomi makhluk meningkat menjadi makhluk sel tunggal yang berinti yang disebut eukariot. Dimulai dengan golongan protista berasal dari kata dalam bahasa Yunani protiston berarti yang paling pertama, makhluk pertama. Contoh makhluk ini adalah protozoa (ameba) dan alga (plankton dalam air). Dengan adanya plankton sebagai Bab 3 Kajian Mikrobiologi Berita dan isyarat perintah mempelajari mikroorganisme dalam Al - Qur'an, di antaranya terdapat dalam surah Al-Mu'minun ayat 13:



"Kemudian Kami jadikan saripati itu air mani (yang disimpan) dalam tempat yang kokoh (rahim)." Membicarakan sperma pada mulanya orang akan menganggap sesuatu yang tabu, kurang sopan untuk dibicarakan apalagi menjadi bahan kajian/diteliti. Akan tetapi, apabila kita perhatikan ayat lain seperti 17 sunah Aj-Ghasyiyah:



"Maka apakah mereka tidak memperhatikan unta bagaimana dia diciptakan." Bagi pemelihara atau peternak unta, untuk Mengembangbiakan ternaknya tidak ada jalan lain kecuali mengawinkan induk-induk binatang ternaknya. Pada saat itulah berkembang kajian tentang induk dan pejantan yang baik. Bagaimana cara mengawinkan ternak peliharaan dengan baik Rasulullah pernah ditanya oleh seorang petani yang sedang menyilangkan bunga pohon kurma. Beliau ditanya oleh petani itu tentang bagaimana cara menyilangkan(mengawinkan) pohon kurma. Rasul menjawab "antum a'lamu biumuri dunyakum". Kajian tentang reproduksi (embriologi) tidak terlepas dari mikrobiologi karena melibatkan mikroorganisme yang disebut spermatozoid yang bersifat mikroskopis. Sperma bergerak/berenang dalam rahim seperti protozoa dalam medium cair. Kajian tentang zarah (mikroorganisme) dari golongan bakteri dan bahkan virus telah dilakukan oleh muslim leluhur kita di abad pertengahan. Ibnu Sina di Iran (dalam AlQonun fi At-Thibb) dan Ibnu Rushdi (dalam Kitabu al-Kulliyat fi al-Thibb) di Cordova telah banyak menulis tentang ilmu kedokteran. Ilmu kedokteran adalah ilmu terapan yang berbasis salah satunya pada ilmu dasar mikrobiologi. Ilmuwan-ilmuwan itu banyak menulis tentang penyakit yang disebabkan oleh mikroorganisme. Ibnu Sina menulis tentang TBC dan Ibnu Rushdi membuat pernyataan tentang smallpox (cacar) Sekarang terbukti TBC disebabkan oleh bakteri Mycobacterium tuberculosa, sedangkan smallpox disebabkan oleh virus Variola vera. Meskipun mungkin secara tekstual tidak ada dalam surah atau ayat tertentu, tetapi intelektual mereka berbasis pada pribadinya selaku Ulul albab yang hafiz. Suatu kehormatan dan menjadi amal yang baik jika muslim sekarang melanjutkan penelitian tentang bakteri dan virus karena kegiatan itu adalah pekerjaan ulama muslim leluhur kita yang saleh. Membangun sanatorium adalah melanjutkan penemuan Ibnu Sina dan memproduksi virus untuk imunisasi adalah melanjutkan penemuan Ibnu Rushdi. Jika penafsiran ta'wil ayat 4-5 surah Al - A'la dibenarkan, bahwa rumput yang tumbuh



itu adalah bahan BBM, maka golongan mikroorganisme dari tumbuhan (alga atau ganggang) sudah diisyaratkan dalam Al-Quran.



"dan yang menumbuhkan rumput - rumputan, lalu dijadikan - Nya rumputrumputan itu kering kehitam - hitaman." Tafsir Al-Maraghi menjelaskan bahwa al-mar'a adalah segala sesuatu yang tumbuh di bumi, berupa aneka jenis tumbuhan, dan al-ghutsa adalah endapan arus banjir berupa rumput - rumputan dan tumbuhan serta humus, sedangkan ahwa adalah kehitam hitaman warnanya. Al-Ghutsa dapat dita'wil sebagai hasil perubahan kimiawi dari rerumputan jenis pertama yang tumbuh di muka bumi, yaitu berbagai jenis rumput golongan alga. Al-ghutsa merupakan blackish floodwater yaitu cairan crude Oil minyak kasar. Sampai saat ini diketahui rumput-rumputan yang kandungan minyak dieselnya tinggi adalah alga atau disebut juga ganggang. Dengan demikian, lengkaplah bidang kajian mikrobiologi disebutkan atau diinformasikan di dalam kitab suci umat Islam. Subhanallah, benar Al-Qur'an adalah mukjizat Rasulullah yang bersifat adaptif dan diterima oleh akal manusia yang hidup di semua zaman. Dalam mikrobiologi modern pun kajian mikrobiologi meliputi hewan dan tumbuhan yang kecil (mikroskopis), yaitu: 1. 2. 3. 4. 5.



Bakteri; Cendawan/jamur tingkat rendah dan ragi (Khamir); Algae/ganggang sederhana; Protozoa (hewan sel satu); Virus (makhluk ultra mikroskopis).



Sesuai dengan kondisi dan sifat hewan dan tumbuhan mikro yang wujud di alam raya ini, tubuh mikroorganisme yang tersusun dari sel, maka sel mikroorganisme terbagi ke dalam dua kategori sel, yaitu prokariot dan eukariot. A. Organisasi Sel : Sel Prokariot dan Eukariot Sel merupakan unit dasar dari kehidupan. Berdasarkan organisasi struktur selnya, semua sel hidup dibagi menjadi dua kelompok: prokariot dan eukariot. Hewan, tumbuhan, jamur, protozoa dan alga, semuanya memiliki tipe sel eukariot. Hanya bakteri yang memiliki tipe sel prokariot. Sel prokariot umumnya lebih kecil dan lebih sederhana daripada sel eukariot. Sel prokariot strukturnya lebih sederhana karena ukurannya lebih kecil. Makin kecil suatu sel, makin besar rasio permukaan: volume(area permukaan dari sel dibandingkan



dengan volumenya). Sebagai contoh: sel yang berdiameter 2 um memiliki rasio permukaan : volume, sekitar 3 : 1, sementara sel yang berdiameter 20 um memiliki rasio permukaan : volume yang sekitar 0,3 : 1. Rasio permukaan : volume yang besar karena sel prokariot yang lebih kecil, artinya hara dapat dengan mudah dan cepat mencapai bagian dalam dari segala arah. Pada sel eukariot yang lebih besar memiliki area permukaan yang lebih sempit bila dibandingkan dengan volumenya artinya hara tidak dapat cepat berdisfusi ke bagian dalam sel. Hal tersebut menjawab pertanyaan mengapa sel eukariot memerlukan beragam organel tertentu untuk melaksanakan metabolisme, menyediakan energi dan transpor zat kimia di seluruh sel, tetapi keduanya harus melaksanakan proses hidup yang sama. Beberapa karakteristik yang membedakan antara sel prokariot dan eukariot, antara lain sebagai berikut. 1. Bahan Inti Sel Eukariot a. Dibungkus oleh membran nukleus yang berpori yang dihubungkan ke retikulum endoplasma. b. Berisi satu pasang atau lebih kromosom yang tersusun dari asam deoksiribonukleat yang berhubungan dengan protein histon. c. Terdapat nukleolus. d. Bahan inti sel disebut nukleus. 2. Bahan inti sel prokariot a. Tidak dibungkus oleh membran inti. b. Biasanya berisi sebuah kromosom sirkular yang berisi asam deoksiribonukleat (DNA) yang berhubungan dengan protein semacarn histon. c. Tidak ada nukleolus. d. Bahan inti sel disebut nukleoid. 3. Pembelahan sel eukariot a. Dengan mitosis. b. Sel kelamin pada organisme diploid dihasilkan melalui meiosis. 4. Pembelahan sel prokariot a. Biasanya dengan pembelahan biner, bukan mitosis. b. Organisme merupakan haploid. Tidak diperlukan meiosis. 5. Membran sitoplasma sel eukariot a. Membran sitoplasma merupakan fosfolipid dua lapis cair yang berisi sterol dan karbohidrat. b. Dapat melakukan endositosis (fagositosis dan pinositosis) dan eksositosis.



6. Membran sitoplasma sel prokariot a. Membran sitoplasma merupakan fosfolipid dua lapis cair tanpa karbohidrat dan biasanya tidak mengandung sterol. Beberapa bakteri berisi molekul semacam sterol yang disebut hopanoid. b. Tidak dapat melakukan endositosis dan eksositosis. 7. Struktur dalam sitoplasma sel eukariot a. Ribosom mengandung subunit 60S dan 40S. b. Membran internal mcmbungkus organel - organel, seperti mitokondria, badan golgi, retikulum endoplasma dan lisosom. c. Kloroplas merupakan organel untuk fotosintesis. d. Berkas mitosis yang terlibat dalam mitosis hadir selama pembelahan sel. e. Terdapat Sitoskeleton yang berisi mikrotubul, mikrofilamen aktin dan filamen intermediat. Semua struktur tersebut memainkan peranan dalam membentuk sel, sehingga sel dapat bergerak, pergerakan organel dalam sel dan pembelahan sel. 8. Struktur dalam sel prokariot a. Ribosom 70S mengandung subunit 50S dan 30S. b. Tidak terdapat membran internal. c. Tidak terdapat kloroplas. Fotosintesis biasanya terjadi pada lipatan atau struktur tambahan dari membran sitoplasma d. Tidak terdapat berkas mitosis. e. Hanya berisi protein semacam aktin, sepanjang dinding sel yang berkontribusi terhadap bentuk sel. 9. Enzim respirasi dan untaian transpor elektron sel eukariot terdapat di dalam mitokondria 10. Enzim respirasi dan untaian transpor elektron sel prokariot terdapat pada membran sitoplasma. 11. Dinding sel eukariot a. Sel tumbuhan, alga, dan jamur memiliki dinding sel, biasanya berisi selulosa atau kitin, tidak pernah mengandung peptidoglikan. b. Sel hewan dan protozoa tidak memiliki dinding sel.



12. Dinding sel prokariot a. Sebagian besar Eubacteria memiliki dinding sel yang berisi peptidoglikan. b. Archaebacteria memiliki dinding sel yang berisi protein, karbohidrat kompleks atau molekul yang khas, tetapi tidak sama dengan peptidoglikan. 13. Organel Lokomotor sel eukariot Dapat memiliki flagella atau silia. Flagella dan silia merupakan organel yang terlibat dalam pergerakan dan pada sel eukariot terdiri dari rangkaian mikrotubul geser yang dibungkus oleh membran. Rangkaian mikrotubul mengikuti susunan 2 x 9 + 2. 14. Organel lokomotor sel prokariot Beberapa memiliki flagella, yang masing-masing berisi fibril berputar tunggal dan tidak dibungkus oleh membran. Tidak memiliki silia. 15. Jenis Organisme sel eukariot Binatang, tumbuhan, alga, protozoa, dan jamur. 16. Jenis organisme sel prokariot bakteri (Eubacteria dan Archaebacteria). Karena virus merupakan aseluler dan memiliki karakteristik baik makhluk hidup maupun benda mati, virus tidak dimasukkan baik ke dalam prokariot maupun eukariot. Virus akan didiskusikan lebih lanjut dalam bab tersendiri. B. Klasifikasi Sistem Tiga Domain Sistem tiga domain diajukan oleh Woese dan yang lainnya. suatu model evolusioner dari klasifikasi yang didasarkan pada perbedaan bagian nukleotida pada RNA ribosom (rRNA) juga struktur lipid membran dan kesensitifannya terhadap antibiotik Perbandingan struktur rRNA lebih bermanfaat, karena molekul rRNA secara alami melaksanakan fungsi yang sama. Strukturnya berubah sangat sedikit dengan pertambahan waktu. Sehingga kesamaan dan ketidaksamaan dalam segmen nukleotida merupakan indikasi yang baik untuk mengetahui bagaimana hubungan atau tidak ada hubungan dari sel dan organisme yang berbeda Sistem tersebut mengusulkan bahwa sel tertua menghasilkan tiga tipe sel yang berbeda. masing - masing menunjukkan suatu domain (tempat/kekuatan). Tiga domain tersebut. antara lain Archaea (Archaebacteria). Bacteria (Eubacteria) dan Eukarya (Eukaryotes). Eukarya selanjutnya dibagi menjadi 4 kerajaan, yaitu : Protista. Fungi. Animalia. dan Plantae.



1. Archaea (Archaebacteria) Archaea memiliki karakteristik sebagai berikut. a. Archaea merupakan sel prokariot. b. Tidak seperti Bacteria dan Eukarya, Archaea memiliki membran yang tersusun oleh rantai hidrokarbon bercabang yang menempel ke gliserol dengan hubungan ether. c. Dinding sel Archaea tidak mengandung peptidoglikan. d. Archaea tidak sensitif terhadap beberapa antibiotika yang berpengaruh terhadap Bacteria, tetapi sensitif terhadap beberapa antibiotika yang berpengaruh terhadap Eukarya. e. Archaea berisi rRNA yang khas bagi Archaea yang ditunjukkan dengan hadirnya daerah molekuler yang membedakan dengan rRNA dari Bacteria dan Eukarya. Archaea sering hidup pada lingkungan ekstrem yang meliputi methanogens, halophile ekstrem dan hyperthermophile. Archaebacteria dapat hidup di Antartika yang dingin dan ada pula yang dapat hidup dan berkembang di lingkungan air, mata air panas. 2. Bacteria (Eubacteria) Bacteria memiliki karakteristik sebagai berikut. a. Bacteria merupakan sel prokariot. b. Seperti Eukarya, bacteria memiliki membran yang berisi rantai asam lemak tak bercabang yang menempel pada gliserol oleh hubungan ester. c. Dinding sel Bacteria, tidak seperti Archaea dan Eukarya, tersusun oleh peptidoglikan. d. Bacteria sensitif terhadap antibiotika antibakteri tradisional, tetapi resisten terhadap banyak antibiotika yang memengaruhi Eukarya. e. Bacteria tersusun oleh rRNA yang khas bagi Bacteria yang ditunjukkan oleh hadirnya daerah molekuler yang berbeda dari rRNA kepunyaan Archaea dan Eukarya. Bacteria meliputi mycoplasma, cyanobacteria, bakteri gram positif dan bakteri gram negatif. 3. Eukarya (Eukaryotes) Eukarya memiliki karakteristik sebagai berikut. a. Eukarya memiliki sel eukariot. b. Seperti Bacteria, Eukarya memiliki membran yang tersusun oleh rantai asam lemak tak bercabang yang terikat ke gliserol oleh hubungan ester. c. Tidak semua Eukarya memiliki sel dengan dinding sel, tetapi bagi Eukarya yang berdinding sel, dinding sel tidak tersusun oleh peptidoglikan. d. Eukarya resisten terhadap antibiotika antibakteri tradisional, tetapi sensitif terhadap kebanyakan antibiotika yang mempengaruhi sel eukariot.



e. Eukarya tersusun oleh rRNA yang khas bagi Eukarya yang ditunjukkan oleh hadirnya daerah molekuler yang berbeda dati rRNA pada Arhaea dan Bacteria. Eukarya dibagi menjadi kerajaan - kerajaan sebagai berikut: 1. Kerajaan Protista  Protista didominasi oleh organisme eukariot uniseluler yang sederhana. Contohnya yaitu: jamur lendir, euglenoid, alga, dan protozoa. 2. Kerajaan Jamur  Jamur merupakan organisme uniseluler atau multiseluler dengan tipe sel eukariot. Selnya memiliki dinding sel, tetapi tidak tersusun menjadi jaringan. Jamur tidak melaksanakan fotosintesis dan memerlukan hara melalui penyerapan. Contohnya meliputi jamur berkantung, jamur berkelompok, ragi dan kapang. 3. Kerajaan Plantae  Tumbuhan merupakan organisme multiseluler yang tersusun oleh sel eukariot. Selnya tersusun ke dalam jaringan dan memiliki dinding sel. Tumbuhan memperoleh hara dari fotosintesis dan penyerapan. Contohnya meliputi: lumut, paku-pakuan, konifer, dan tumbuhan berbunga. 4. Kerajaan Animalia  Binatang merupakan organisme multiseluler yang tersusun oleh sel eukariot. Selnya tersusun ke dalam jaringan dan tidak memiliki dinding sel. Binatang tidak melakukan fotosintesis dan mendapat hara terutama dari memakan. Contohnya meliputi : karang. cacing, serangga, dan vertebrata.



Bab 7 Protozoa Pada penggalan ayat 26 dalam surah Al-Baqarah, binatang kecil (nyamuk atau lalat) oleh Allah dijadikan perumpamaan. Mungkin tujuan Allah adalah agar binatang tersebut dijadikan bahan untuk dipikirkan oleh muslim.



'...sesungguhnya Allah tidak malu memberikan perumpamaan dari seekor lalat/nyamuk atau binatang yang lebih kecil lagi "



Seperti makhluk lainnya yang dijadikan tamsil pasti ada hikmah yang terdapat dari disebutkannya makhluk itu. Ternyata pada nyamuk Anopheles terdapat spesies protozoa, yaitu Plasmodium yang menyebabkan penyakit malaria dan ditularkan melalui gigitan nyamuk Anopheles betina yang terinfeksi. Pada lalat terdapat protozoa Trypanosoma brucei gambiens menyebabkan sakit tidur afrika. Protozoa ini ditularkan melalui gigitan lalat Tsetse yang terinfeksi. Kajian ilmiah terbukti lalat dan nyamuk merupakan binatang Perantara (vektor) bagi kehidupan protozoa. Beberapa jenis nyamuk menjadi sangat penting pengaruhnya pada kehidupan manusia dan hewan lainnya. Penyakit malaria dan demam berdarah ditularkan oleh nyamuk. Maha Benar Allah yang telah menurunkan ayat suci-Nya dengan kandungan informasi bagi kemaslahatan manusia. Tinggal kita memikirkan dan mempelajari bagaimana perihal kehidupan nyamuk itu. Protozoa merupakan mikroorganisme eukariot uniseluler yang kehilangan dinding selnya dan termasuk ke dalam kerajaan Protista. Terdapat sekitar 20.000 spesies protozoa, ada yang menyebabkan penyakit. Protozoa sebagian besar hidup pada tanah dan air. Organisme bersel tunggal yang mencerna makanannya dalam vacuola makanan. Flagella digunakan untuk bergerak atau memangsa makanan. Hidupnya banyak di perairan atau dalam tanah yang lembap. Penganrh kehidupannya tidak terlalu nyata terasa oleh makhluk lain seperti halnya pengaruh yang disebabkan oleh jasad renik bakteri atau fungi. Akan tetapi, ada juga golongan protozoa ini yang cukup terkenal dan ditakutkan manusia, yaitu plasmodium dari nyamuk malaria. Plasmodium yang disebarkan oleh nyamuk malaria berkembang pada sel darah merah hewan multisel atau manusia. Plasmodium menyerang eritrosit dan memecahkan butiran sel datah merah. Pada saat sel darah merah pecah, badan manusia menjadi panas (demam).



Protozoa berasal dari kata Yunani, yaitu dari kata Proto yang berarti pertama dan kata zoa berarti hewan. Protozoa bersifat heterotrofik dan masuk dalam kerajaan Protista bersama Alga yang seperti tanaman. Organisme mikroskopik yang ukurannya antara 10-50 µm, tetapi ada juga yang dapat dilihat dengan mata telanjang karena ukurannya mencapai 0,5 mm. Kebanyakan protozoa berkembang dalam fase-fase kehidupan dalam bentuk trofozoit dan siste. Siste adalah satu bentuk kehidupan protozoa yang mengalami kondisi lingkungan yang kurang kondusif untuk kehidupan protozoa, seperti kurang makanan, temperatur tinggi atau kondisi kurang air (kering). Dalam bentuk siste protozoa dapat bertahan hidup dan dapat berkembang di luar media hidupnya.



A. Klasifikasi Klasifikasi protozoa didasarkan pada mobilitasnya/bergeraknya, meskipun pertimbangan seperti itu dirasakan kurang tepat atau sempurna. Klasifikasi dengan sistem lama menentukan terdapat empat fila berdasarkan cara bergeraknya. Keempat fila tersebut adalah sebagai berikut. 1. 2. 3. 4.



Mastigofora (bergerak dengan flagela). Sarcodina (membentuk pseudopodia) contohnya: Ameba. Ciliaphora (memiliki silia). Sporozoa (seperti cincin).



Klasifikasi tersebut tidak filogenik (menggambarkan rangkaian evolusi), tetapi berdasarkan cara atau alat bergeraknya. Klasifikasi tradisional itu cukup mudah, klasifikasi yang baru menyatukan Sarcodina dan Mastigophora menjadi satu filum, yaitu Sarcomastigophora. Dalam filum Sarcomastigophora. Sarcodina dan Mastigophora menjadi subfilum. Sporozoa dibagi menjadi 4 fila yaitu Apicomplexa, Microspora, Ascetospora, Myxospora, dan Ciliaphora. Protozoa sebagai mikroorganisme bersel tunggal ada yang hidup soliter atau sendiri ada juga yang membentuk koloni. Hidup berenang bebas atau melekat pada medium tempat hidupnya. Ditemukan juga protozoa yang hidup berupa lorica seperti foraminifera. Terdapat juga yang hidup terbungkus benda yang melekat pada tubuhnya. Ada juga protozoa yang berfigmen. Hidupnya ada yang bersifat parasite, seperti tripanosoma ada juga yang bersimbiosis dengan organisme lainnya misalnya Joenia. Terdapat protozoa yang mmangsa mikroorganisme lainnya, yaitu bakteri, fungi mikroskopik, dan Alga. Karena makanannya mikroorganisme tersebut, maka populasi mikroba bakteri, fungi, dan



Alga sampai batas tertentu perkembangannya dapat dihambat oleh protozoa. B. Perkembangbiakan Protozoa berproduksi aseksual dengan cara: 1. Pembelahan 2. Schizogony



3. Bertunas



: Satu sel membelah menjadi dua sel. : Pembelahan berganda, nukleus membelah beberapa kali sebelum pembelahan sel. Satu sel membelah menjadi beberapa sel anak. : Membentuk tunas dan melepaskan diri dari sel induknya.



Beberapa protozoa juga bereproduksi seksual dengan cara fusi gametgametnya seperti pada Plasmodium. Bentuk vegetatif yang aktif makan dan bereproduksi dari protozoa disebut trophozoite. Pada kondisi tertentu, beberapa protozoa menghasilkan bentuk pertahanan yang disebut kista sehingga dapat bertahan pada lingkungan yang tidak menguntungkan.



C. Contoh Protozoa 1. Sarcomastigophora (Amoebaflagellata) Ameba (subphylum Sarcodina) bergerak dengan pemanjangan semacamlobus dengan memanjangkan sitoplasmanya yang disebut dengan pseudopodia. a. Entamoeba histolytica yang menyebabkan disentri ameba. Organisme ini menghasilkan kista pelindung yang melintasi keluar usu inang yang terinfeksi dan termakan oleh inang berikutnya (rute tinja-oral). b. Acanthamoeba dapat menginfeksi mata, sumsum tulang belakang dan otak berpindah melalui kista yang hidup di air, yang terbawa ketika berenang pada air yang terkontaminasi, melintasi membrane mukosa. 2. Flagellata (subphylum Mastigophora) Bergerak dengan flagella, beberapa juga memiliki membrane bergelombang. a. Giardia lamblia dapat menyebabkan infeksi usus besar yang disebut giardiasis. Kista keluar dari usus inang terinfeksi dan tertelan oleh inang berikutnya (rute tinja-oral) b. Trichomanas vaginalis menginfeksi vagina dan saluran kencing laki-laki. Protozoa ini tidak menghasilkan tahap kista dan biasanya menular oleh kontak seksual. c. Trypanosoma brucei gambiens menyebabkan sakit tidur afrika dan protozoa ini ditularkan melalui gigitan lalat Tsetse yang terinfeksi.



3. Ciliophora Ciliata bergerak dengan cilia.  Ciliata yang pathogen hanya Balantidium coli yang menyebabkan infeksi semacam diare. Kista melintasi keluar usus inang terinfeksi dan tertelan oleh inang berikutnya (rute tinja-oral). 4. Apicomplexan Apicomplexan tidak bergerak pada bentuk dewasa, bereproduksi secara aseksual dan seksual, dan sering memiliki siklus hidup yang kompleks untuk berpindah dari satu inang ke inang lainnya. Protozoa ini memiliki organel yang kompleks yang dinamakan apikal kompleks yang mengandung enzim yang digunakan untuk memasuki jaringan inang. Spesies Plasmodium menyebabkan malaria dan ditularkan melalui gigitan nyamuk Anopheles betina yang terinfeksi. Protozoa ini bereproduksi aseksual dengan schizogony pada sel hati manusia dan sel darah merah, tetapi juga bereproduksi seksual dengan gamet-gamet pada nyamuk. Toxoplasma gondii merupakan apicomplexan intraseluler lainnya dan menyebabkan toxoplasmosis. Protozoa ini dapat menginfeksi kebanyakan mamalia. Protozoa ini dapat menular melalui kista dari tinja kucing yang terinfeksi dengan cara terhirup atau tertelan. Protozoa ini bereproduksi secara seksual dan aseksual atau dengan memakan daging mentah binatang yang terinfeksi. Toxoplasmosis biasanya pada manusia dengan respons imun normal, tetapi dapat menginfeksi Otak, jantung, atau paru-paru manusia yang tertekan imunnya. Protozoa ini dapat menular melalui bawaan orang tuanya dan menginfeksi sistem saraf anak-anak yang terinfeksi. Cryptosporidium merupakan parasit intraseluler yang menyebabkan diare, meskipun orang yang tertekan imunnya dapat juga menyebabkan infeksi pernapasan dan pendarahan lambung. Protozoa ini ditularkan melalui rute tinja-oral.