Bioteknologi Farmasi - Kelompok 3 - Ncbi [PDF]

Citation preview

LAPORAN RESMI PRAKTIKUM BIOTEKNOLOGI FARMASI



PENGENALAN NCBI Dosen Pengampu : Isna Jati Aisyah, S.Si., M.Sc



KELOMPOK



:3



TGL PRAKTIKUM : 15 September 2020 ANGGOTA



: 1. Arum Dwi Kurniawati



(23175168A)



2. Ammandha Widyaharinta P. (24185590A) 3. Putri Diana



(24185606A)



4. Muhammad Ichsanuddin



(24185607A)



5. Annisa Nurdinia Sari



(24185609A)



6. Tita Novarini



(24185613A)



LABORATORIUM BIOTEKNOLOGI FARMASI FAKULTAS FARMASI UNIVERSITAS SETIA BUDI SURAKARTA 2020



PENGENALAN NCBI A. TUJUAN Menentukan prosentase kecocokan nucleotide insulin (INS) antara manusia dan hewan. B. DASAR TEORI NCBI (National Center for Biotechnology Information) merupakan server yang memuat data base tentang informasi kesehatan dan bioteknologi. Data base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, Protein, senyawa aktif dan taksonomi. Disamping data base, NCBI juga menyediakan berbagai macam software untuk analisis DNA, protein 3D, pencarian primer, pencarian conserve domain dan lain sebagainya. NCBI merupakan salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya dibidang kesehatan yang terlengkap dan diakui oleh para peneliti di dunia. NCBI memiliki database dan software (analysis tools) yang sering digunakan untuk analisis adalah sebagai berikut ; a. DNA-RNA TOOLS b. Sequance analysis c. Struktur protein d. PubChem Overview NCBI merupakan suatu intuisi yang menyediakan sumber informasi terkait perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik dan mengembangkan software penganalisis data genom. Situs NCBI dapat di akses pada : www.ncbi.nlm.nih.gov. Data base dan sofrware : 1. Entrez Entrez merupakan sistem pencarian informasi dalam NCBI yang menyediakan akses terintegrasi untuk melakukan sekuensing, pemetaan(mapping), taksonomi dan data struktural. 2. Nucleotide database Database nukleotida merupakan suatu koleksi sekuen dari beberapa sumber, termasuk diantaranya GenBank, Reference Sequence (RefSeq0, Third Party Annotation (TPA) dan protein Data Bank (PDB).



3. Blast BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu program untuk pencarian kemiripan sekuen (sequence similarity) dan merupakan alat dalam identifikasi gen dan karakter genetik. C. CARA KERJA 1. Nukleotide INS Manusia dengan Gen Babi Hutan



Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian



Pilih search nukleotida, kemudian ketik insulin(INS) kemudian KLIK search



Hasil pencarian, muncul berbagai pilihan urutan gen pengkode INS



Pilih urutan gen pengkode insulin manusia (homo sapiens) dengan cara discroll ke bawah , KLIK pengkodean yang kita inginkan



Klik link FASTA untuk memperoleh sekuen nukleotida dari INS dalam bentuk FASTA



hasil pencarian urutan gen dalam bentuk FASTA, lalu di copy



APLIKASI BLAST Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian , kemudian klik BLAST



Tampil beberapa pilihan pensejajaran, pilih nucleotide BLAST, KLIK



Masukkan urutan gen dalam format FASTA ke kolom dengan cara copy paste urutan gen yang telah dicari



Masukkan urutan gen yang telah dicari sebelumnya



Tekan BLAST



Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi babi hutan di deskripsi



Kemudian liat hasil di penjajaran



2. Nukleotide INS Manusia dengan Kelinci Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian



Pilih search nukleotida, kemudian ketik insulin(INS) kemudian KLIK search



Hasil pencarian, muncul berbagai pilihan urutan gen pengkode INS



Pilih urutan gen pengkode insulin manusia (homo sapiens) dengan cara discroll ke bawah , KLIK pengkodean yang kita inginkan



Klik link FASTA untuk memperoleh sekuen nukleotida dari INS dalam bentuk FASTA



hasil pencarian urutan gen dalam bentuk FASTA, lalu di copy



APLIKASI BLAST Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian , kemudian klik BLAST



Tampil beberapa pilihan pensejajaran, pilih nucleotide BLAST, KLIK



Masukkan urutan gen dalam format FASTA ke kolom dengan cara copy paste urutan gen yang telah dicari Masukkan urutan gen yang telah dicari sebelumnya



Tekan BLAST



Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi kelinci di deskripsi



Kemudian liat hasil di penjajaran



3. Nukleotide INS Manusia dengan Monyet Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian



Pilih search nukleotida, kemudian ketik insulin(INS) kemudian KLIK search



Hasil pencarian, muncul berbagai pilihan urutan gen pengkode INS



Pilih urutan gen pengkode insulin manusia (homo sapiens) dengan cara discroll ke bawah , KLIK pengkodean yang kita inginkan



Klik link FASTA untuk memperoleh sekuen nukleotida dari INS dalam bentuk FASTA



hasil pencarian urutan gen dalam bentuk FASTA, lalu di copy



APLIKASI BLAST Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian , kemudian klik BLAST



Tampil beberapa pilihan pensejajaran, pilih nucleotide BLAST, KLIK



Masukkan urutan gen dalam format FASTA ke kolom dengan cara copy paste urutan gen yang telah dicari



Masukkan urutan gen yang telah dicari sebelumnya



Tekan BLAST



Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi monyet di deskripsi



Kemudian liat hasil di penjajaran



4. Nukleotide INS Manusia dengan Gen Gorilla



Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian



Pilih search nukleotida, kemudian ketik insulin(INS) kemudian KLIK search



Hasil pencarian, muncul berbagai pilihan urutan gen pengkode INS



Pilih urutan gen pengkode insulin manusia (homo sapiens) dengan cara discroll ke bawah , KLIK pengkodean yang kita inginkan



Klik link FASTA untuk memperoleh sekuen nukleotida dari INS dalam bentuk FASTA



hasil pencarian urutan gen dalam bentuk FASTA, lalu di copy



APLIKASI BLAST Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian , kemudian klik BLAST



Tampil beberapa pilihan pensejajaran, pilih nucleotide BLAST, KLIK



Masukkan urutan gen dalam format FASTA ke kolom dengan cara copy paste urutan gen yang telah dicari



Masukkan urutan gen yang telah dicari sebelumnya



Tekan BLAST



Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi gorilla di deskripsi



Kemudian liat hasil di penjajaran



5. Nukleotide INS Manusia dengan Gen Burung kolibri



Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian



Pilih search nukleotida, kemudian ketik insulin(INS) kemudian KLIK search



Hasil pencarian, muncul berbagai pilihan urutan gen pengkode INS



Pilih urutan gen pengkode insulin manusia (homo sapiens) dengan cara discroll ke bawah , KLIK pengkodean yang kita inginkan



Klik link FASTA untuk memperoleh sekuen nukleotida dari INS dalam bentuk FASTA



hasil pencarian urutan gen dalam bentuk FASTA, lalu di copy



APLIKASI BLAST Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian , kemudian klik BLAST



Tampil beberapa pilihan pensejajaran, pilih nucleotide BLAST, KLIK



Masukkan urutan gen dalam format FASTA ke kolom dengan cara copy paste urutan gen yang telah dicari



Masukkan urutan gen yang telah dicari sebelumnya



Tekan BLAST



Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi burung kolibri di deskripsi



Kemudian liat hasil di penjajaran



6. Nukleotide INS Manusia dengan Gen singa laut



Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian



Pilih search nukleotida, kemudian ketik insulin(INS) kemudian KLIK search



Hasil pencarian, muncul berbagai pilihan urutan gen pengkode INS



Pilih urutan gen pengkode insulin manusia (homo sapiens) dengan cara discroll ke bawah , KLIK pengkodean yang kita inginkan



Klik link FASTA untuk memperoleh sekuen nukleotida dari INS dalam bentuk FASTA



hasil pencarian urutan gen dalam bentuk FASTA, lalu di copy



APLIKASI BLAST Ketik (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) pada lokasi pencarian , kemudian klik BLAST



Tampil beberapa pilihan pensejajaran, pilih nucleotide BLAST, KLIK



Masukkan urutan gen dalam format FASTA ke kolom dengan cara copy paste urutan gen yang telah dicari



Masukkan urutan gen yang telah dicari sebelumnya



Tekan BLAST



Kemudian tunggu (proses), klik hasil prediksi singa laut di deskripsi



Kemudian liat hasil di penjajaran



D. HASIL 1. Nukleotide INS Manusia dengan Gen Babi Hutan



2. Nukleotide INS Manusia dengan Kelinci



3. Nukleotide INS Manusia dengan Monyet



4. Nukleotide INS, Manusia dengan Gorilla



5. Nukleotide INS Manusia dengan Burung Kolibri



6. Nukleotida INS manusia transkrip 4 dengan singa laut



E. PEMBAHASAN National Center for Biotechnology Information (NCBI, Pusat Nasional Informasi Bioteknologi) adalah bagian dari United States National Library of Medicine (NLM), sebuah cabang dari National Institutes of Health (NIH). NCBI menyimpan serangkaian basis data yang relevan untuk bioteknologi dan biomedis dan merupakan sumber penting bagi alat-alat dan layanan bioinformatika. Database utama seperti GenBank untuk urutan DNA dan PubMed, database bibliografi untuk literatur biomedis. Pada praktikum kali ini kami menguji kesamaan antara nukleotide insulin (INS) manusia dengan hewan di NCBI. Hewan yang kami uji kesamaan nukleotidenya dengan manusia adalah babi hutan, kelinci, monyet, , ,dan. Pada nukleotide INS manusia dengan babi hutan didapatkan hasil adanya kecocokan sebanyak 86,09%. Perbedaan dari nukleotide tersebut adalah adanya ketidaksamaan basa nitrogennya. Jika diuraikan sebagai berikut pada kolom pertama terdapat 5 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa T, G, G, A, dan T sedangkan nukleotide pasangannya yaitu babi hutan secara berturut-turut terdapat basa C, C, C, G, dan C. Lalu pada kolom kedua terdapat 9 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa A, A, G, -, T, A, A, A, dan T sedangkan nukleotide pasangannya yaitu babi hutan didapatkan secara berturut-turut terdapat basa C, G, -, G, C, G, C, G, dan G. pada kolom ketiga terdapat 8 perbedaan, pada nucleotide manusia terdapat basa C, A, A, A, A, A, C, dan A, sedangkan pada babi hutan basa nucleotidenya adalah G, G, G, C, G, G, T dan G. pada kolom ke empat terdapat 16 perbedaan, pada nucleotide manusia terdapat basa G, T, G, -, T, G, A, G, G, C, T, A, G, C, A, dan C. sedangkan babi hutan basa nukleotidenya adalah A, C, T, C, A, -, C, A, -, -, -, -, -, -, dan G. pada kolom kelima terdapat 8 perbedaan. Pada nucleotide manusia terdapat basa T, C, T, T, T, A, A, dan T, sedangkan babi hutan basa nukleotidenya adalah C, G, C, C, C, G, G, dan C. pada kolom keenam terdapat 1 perbedaan, pada manusia nucleotide manusia terdapat basa C sedangkan basa nucleotide babi hutan adalah T. Pada nukleotide INS manusia dengan kelinci didapatkan hasil adanya kecocokan sebanyak 86,12%. Perbedaan dari nukleotide tersebut adalah adanya ketidaksamaan basa nitrogennya. Jika diuraikan sebagai berikut pada kolom pertama terdapat 10 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa T, C, A, G, -, T, G, A, A, dan A sedangkan nukleotide pasangannya yaitu kelinci secara berturut-turut terdapat basa A, T, T, -, G, C, C, G, T, dan G. Lalu pada kolom kedua terdapat 8 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa T, C, A, A, A, C, A, dan G sedangkan nukleotide pasangannya yaitu kelinci didapatkan secara berturut-turut terdapat basa G, G, G, G, C, T, T, dan C. Lalu pada kolom ketiga terdapat 9 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa C, A, C, T, T, G, T, A, dan A sedangkan nukleotide pasangannya yaitu kelinci didapatkan secara berturut-turut terdapat basa T, G, G, C, C, A, C, G dan G. Lalu pada kolom keempat terdapat 11 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa T, C, G, G, T, T, T, A, A, C, dan T sedangkan nukleotide pasangannya yaitu kelinci didapatkan secara berturut-turut terdapat basa C, G, C, T, G, C, C, G, G, T, dan C. Terakhir pada kolom kelima terdapat 1 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa C sedangkan nukleotide pasangannya yaitu kelinci terdapat basa G. Pada nukleotide INS manusia dengan monyet didapatkan hasil adanya kecocokan sebanyak 94,39%. Perbedaan dari nukleotide tersebut adalah adanya ketidaksamaan basa nitrogennya. Jika diuraikan sebagai berikut pada kolom pertama terdapat 6 perbedaan



yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa A, G, A, A, A, dan G sedangkan nukleotide pasangannya yaitu monyet secara berturut-turut terdapat basa G, C, G, G, C, dan A. Lalu pada kolom kedua terdapat 1 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa A sedangkan nukleotide pasangannya yaitu monyet didapatkan G. Lalu pada kolom ketiga terdapat 3 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa T, G, dan C sedangkan nukleotide pasangannya yaitu monyet didapatkan secara berturut-turut terdapat basa C, T, dan C. Lalu pada kolom keempat terdapat 5 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa C, T, T, A, dan A sedangkan nukleotide pasangannya yaitu monyet didapatkan secara berturut-turut terdapat basa G, C, C, G, dan G. Terakhir pada kolom kelima terdapat 1 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa T sedangkan nukleotide pasangannya yaitu monyet terdapat basa C. Pada nukleotide INS manusia dengan gorilla didapatkan hasil adanya kecocokan sebanyak 98%. Perbedaan dari nukleotide tersebut adalah adanya ketidaksamaan basa nitrogennya. Jika diuraikan sebagai berikut pada kolom kedua terdapat 2 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa A dan A sedangkan nukleotide pasangannya yaitu gorilla secara berturut-turut terdapat basa G dan C. Lalu pada kolom kelima hanya terdapat 1 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa T sedangkan nukleotide pasangannya yaitu gorilla didapatkan basa C. Lalu pada kolom keenam terdapat 2 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa A dan C sedangkan nukleotide pasangannya yaitu gorilla terdapat basa G dan T. Lalu pada kolom ketujuh terdapat 3 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa G, G dan T. sedangkan nukleotide pasangannya yaitu gorilla didapatkan secara berturut-turut terdapat basa T, T dan C. sedangkan pada kolom satu, tiga, empat, dan delapan memiliki pasangan basa nitrogen yang sama atau cocok. Pada nukleotide INS manusia dengan burung kolibri didapatkan hasil adanya kecocokan sebanyak 99%. Yang menunjukkan bahwa termasuk satu susunan nukleotida yang sama maka susunan nukleotidanya bisa saling berikatan hamir sempurna sehingga akan terbentuk grafik plot yang tidak terputus. Sedangkan jika susunan nukleotidanya memiliki kesamaan 100% menunjukkan menunjukkan satu identik sehingga akan terbentuk ikatan nukleotidanya berikatan semuanya tetapi akan terlihat grafik dot plot akan terpotong jauh. Perbedaan dari nukleotide tersebut adalah adanya ketidaksamaan basa nitrogennya. Jika diuraikan sebagai berikut pada kolom kelima hanya terdapat 1 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia terdapat basa G sedangkan nukleotide pasangannya yaitu burung kolibri tidak terdapat basa. Lalu pada kolom keenam terdapat 2 perbedaan yaitu pada nukleotide manusia tidak terdapat basa sedangkan nukleotide pasangannya yaitu burung kolibri terdapat basa C.. Pada nukleotida INS manusia dengan singa laut didapatkan hasil adanya kecocokan sebanyak 86,43%. Perbedaan dari nukleotida tersebut adanya ketidaksamaan basa nitrogennya. Jika diuraikan sebagai berikut pada kolom pertama terdapat 7 perbedaan yaitu pada nukleotida manusia terdapat basa G, T, G, G, C, G, dan T sedangkan nukleotida pasangannya yaitu singa laut secara berturut-turut terdapat basa C, C, A, T, T, C, dan G. lalu pada kolom kedua terdapat 10 perbedaan, yaitu pada nukleotida manusia terdapat basa A, -, C, T, G, A, C, A, A, dan T sedangkan pada nukleotida singa laut yaitu C, A, -, C, T, G, T, C, G, dan G. kemudian pada kolom ketiga terdapat 9 perbedaan yang dimana pada



nukleotida manusia terdapat basa A, G, A, A, A, A, G, C, dan A sedangkan pada nukleotida singa laut terdapat basa G, A, G, G, G, G, C, T, dan G. kemudian pada kolom keempat terdapat 12 perbedaan pada nukleotida manusia terdapat basa T, T, G, C, G, G, C, G, T, -, -, dan A sedangkan pada nukleotida singa laut terdapat basa C, C, A, G, C, C, G, -, -, T, G, dan G. kemudian pada kolom kelima terdapat 7 perbedaan pada nukleotida manusia terdapat basa T, T, T, T, A, C, dan T sedangkan pada nukleotida singa laut terdapat basa C, G, G, C, G, T, dan C. kemudian pada kolom keenam terdapat 1 perbedaan pada nukleotida manusia terdapat basa C, sedangkan pada nukleotida singa laut terdapat basa T. Pada praktikum ini dapat disimpulkan bahwa prosentase kecocokan Nukleotide INS manusia dengan babi hutan adalah 86,09%. Nukleotide INS manusia dengan kelinci 86,12%. Nukleotide INS manusia dengan monyet 94,39%. Nukleotide INS manusia dengan gorilla 98%. Nukleotide INS manusia dengan burung kolibri 99%. Nukleotide INS manusia dengan singa laut 86,43%. F. KESIMPULAN Pada praktikum ini dapat disimpulkan bahwa prosentase kecocokan Nukleotide INS manusia dengan babi hutan adalah 86,09%. Nukleotide INS manusia dengan kelinci 86,12%. Nukleotide INS manusia dengan monyet 94,39%. Nukleotide INS manusia dengan gorilla 98%. Nukleotide INS manusia dengan burung kolibri 99%. Nukleotide INS manusia dengan singa laut 86,43%. G. DAFTAR PUSTAKA Miftakhunnafisah W. 2010. Pengenalan NCBI untuk Analisis DNA, Protein, dan Senyawa Kimia. Malang : Laboratorium Biosistem Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam. http://science.lecture.ub.ac.id/ [DIAKSES PADA 21 SEPTEMBER 21.00 WIB] Witasari LD. 2010. Buku Petunjuk Drylab Biosel. https://dhiantika.staff.ugm.ac.id/ [DIAKSES PADA 21 SEPTEMBER 21.00 WIB]